艾滋病是威脅人類健康的最重大挑戰(zhàn)之一， 嚴(yán)重危害著社會(huì)進(jìn)步與經(jīng)濟(jì)增長。 艾滋病疫苗研發(fā)一直都是世界級科學(xué)難題。多年來，孫彩軍一直致力于新型HIV疫苗的研發(fā)，在HIV疫苗抗原的優(yōu)化，克服預(yù)存疫苗載體的免疫干擾以及不同載體HIV疫苗的聯(lián)合應(yīng)用等進(jìn)行了大量的科研工作。

孫彩軍在廣州生物醫(yī)藥與健康研究院工作學(xué)習(xí)期間取得了以下成果：已參與發(fā)表13篇論文，其中8篇英文SCI論文，5篇中文核心期刊論文，其中作為第一作者已發(fā)表4篇SCI論文；申請2項(xiàng)中國專利和1項(xiàng)國際PCT專利，其中1項(xiàng)為第一發(fā)明人；負(fù)責(zé)和參與10余項(xiàng)科研項(xiàng)目的申請，實(shí)驗(yàn)，考核，結(jié)題等系列工作，其中作為項(xiàng)目負(fù)責(zé)人有5項(xiàng)基金。

廣州生物醫(yī)藥與健康研究院和其他單位正合作研發(fā)基于Ad5載體的新型艾滋病疫苗策略，動(dòng)物實(shí)驗(yàn)表明該策略可以有效防治HIV病毒的粘膜途徑感染。流行病數(shù)據(jù)顯示我國的HIV流行趨勢正在從高危人群向普通人群擴(kuò)散, 而這種擴(kuò)散主要就是通過粘膜途徑感染（性接觸），因此該成果將對阻斷HIV在我國普通人群的流行具有重大的社會(huì)科學(xué)意義。該成果已在本領(lǐng)域引起了較為廣泛的影響，例如2009年和2011年得以在世界AIDS疫苗大會(huì)上兩次得到展示，孫彩軍作為第一作者還獲得了2011年世界AIDS疫苗大會(huì)的Conference scholarship。