中統(tǒng)元年（1260），世祖即位于開(kāi)平城，弟阿里不哥也在漠北和林稱(chēng)汗，兄弟爭(zhēng)位。掌管陜西政務(wù)的大臣劉太平、霍魯懷和屯駐六盤(pán)山的蒙古軍主將渾都海等都擁護(hù)阿里不哥。五月，世祖所遣陜西、四川宣撫使廉希憲至京兆（今西安），捕劉太平等下獄，并遣使傳旨命渾都海入朝，渾都海不奉命，殺使者，起兵響應(yīng)阿里不哥。時(shí)京兆無(wú)兵備，希憲急命良臣率秦、鞏之軍討伐渾都海。良臣起初還以未得詔旨為辭推托，希憲隨宜將自己所佩虎符、銀印授之，稱(chēng)奉有密旨，命他為總帥，統(tǒng)領(lǐng)陜西漢軍守備沿河一帶，于是受命出兵。渾都海見(jiàn)京兆方面有備，率部西去，七月，與阿里不哥所遣阿蘭答兒統(tǒng)率的軍隊(duì)會(huì)于甘州（今張掖），即合兵東進(jìn)，并遣人策動(dòng)隴、蜀諸將，來(lái)勢(shì)甚猛。良臣軍與諸王合丹等及蒙古官八春統(tǒng)率的軍隊(duì)會(huì)合，與敵軍相拒于刪丹（今山丹）。

九月，大戰(zhàn)耀碑谷，兩軍對(duì)陣時(shí)，適大風(fēng)揚(yáng)沙，白晝晦暗，良臣乘機(jī)命軍士下馬持短兵沖敵陣左，繞出陣后，再潰其陣右而出，八春軍則從正面攻之，大敗敵軍，獲阿蘭答兒、渾都海，解送京兆處斬。此戰(zhàn)粉碎了阿里不哥據(jù)有關(guān)隴地區(qū)的企圖，對(duì)世祖統(tǒng)治地位的穩(wěn)固確立起了很大作用。

二年，入朝于上都，世祖盛贊其戰(zhàn)功，良臣謙稱(chēng)自己只是奉行統(tǒng)兵諸王的成算而已，益受嘉獎(jiǎng)，詔就佩已給虎符，授鞏昌路同簽都總帥（授官制文見(jiàn)王惲《中堂事記》），軍民官皆聽(tīng)其節(jié)制。至元元年（1264），奉命代兄忠臣出領(lǐng)屯戍青居的鞏昌軍。青居（順慶府）是當(dāng)時(shí)東川蒙古軍大本營(yíng)，由鞏昌總帥領(lǐng)本部軍佐蒙古征南都元帥欽察同戍，與大獲山城（閬州）元帥楊大淵、運(yùn)山城（蓬州）元帥張大悅、大良城（廣安）元帥蒲元圭所部軍聯(lián)成一片，合稱(chēng)東川四帥府。宋將昝萬(wàn)壽率戰(zhàn)船200艘溯嘉陵江來(lái)襲青居，良臣擊退之。三年，授閬、蓬、廣安、順慶等路征南都元帥，與欽察同為東川四府最高統(tǒng)兵官。四年九月，良臣以鈞魚(yú)城險(xiǎn)絕難攻，奏請(qǐng)?jiān)诒平�其地的母章德山建立城寨，以控扼釣魚(yú)城宋軍，詔從之，于是將青后鞏昌軍南移九十里，夾嘉陵江東西筑武群、母章德兩城（今武勝南）戍之，“晝則出邏設(shè)伏，夜則畫(huà)地分守”；五年三月，改母章德山城為定遠(yuǎn)城，武群山城為武勝城。出兵攻重慶，敗宋將朱禩孫之軍。六年，授東川副統(tǒng)軍。八年，侄惟正顧念他多年在外領(lǐng)兵作戰(zhàn)勞頓，向朝廷請(qǐng)求由自己代替他，于是良臣回鞏昌。九年，復(fù)授為鞏昌便宜都總帥，兼本路諸軍奧魯總管。

當(dāng)時(shí)，元朝已占領(lǐng)四川三分之二地區(qū)，至元八年于成都分立行省治之。九年，四川行省也速帶兒統(tǒng)兵征建都（今西昌地區(qū)），成都防守虛弱，簽省嚴(yán)忠范又失于戒備，宋嘉定知府咎萬(wàn)壽乘機(jī)來(lái)攻，大敗元軍，進(jìn)入成都外城，擄居民而去。忠范等省官竟棄城逃。十年，世祖以良臣熟悉四川軍事政治情勢(shì)，召入朝，委以蜀事，授為樞密副使、西川行樞密院事（時(shí)罷行省，復(fù)立西川行院），遣赴成都。十一年，世祖頒詔大舉攻宋，西川行院亦奉旨出兵攻嘉定等地，并傳詔招降嘉定安撫使咎萬(wàn)壽；萬(wàn)壽不從，益修城壕，繕甲兵，憑險(xiǎn)堅(jiān)守。十二年，良臣率軍向嘉定諸山城發(fā)起猛攻，預(yù)計(jì)宋人在城外設(shè)有埋伏，事先大搜山谷，清除了伏兵，遂進(jìn)圍嘉定，殲滅出城逆戰(zhàn)的宋軍。五月，昝萬(wàn)壽遣部將奉書(shū)乞降，良臣為之保奏，請(qǐng)免其死，詔準(zhǔn)之，并授簽書(shū)行院事。取嘉定后，良臣與西川行院也速帶兒等統(tǒng)兵順流而下，招降了沿江紫云（今犍為）、敘州（今宜賓）、瀘州（今瀘川）諸城，進(jìn)因重慶。東川行院兵亦南下合圍。良臣分領(lǐng)本部兵攻忠州，并令部將到涪州策應(yīng)，以阻斷下游宋軍對(duì)重慶的救授。十三年，宋合州安撫、制置副使張玨突圍入重慶，加強(qiáng)了防守，并遣部將收復(fù)了瀘州和涪州。

元軍久攻重慶不克，解圍而去。十四年，良臣與西川行院諸軍回師攻瀘州，自春至冬，經(jīng)過(guò)激烈戰(zhàn)斗，始破其城。十五年春，再次圍攻重慶，張玨拒降，率兵出城抗敵，良臣與之戰(zhàn)，被射中四箭。

次日，諸將督軍士猛攻，宋都統(tǒng)趙安開(kāi)城門(mén)迎降，遂取重慶。張玨猶率兵巷戰(zhàn)，敗，乘舟遁，被元軍追獲。良巨入城后，禁士卒俘掠，發(fā)粟賑饑，安輯人民。不久，夔州等城皆降，元朝占領(lǐng)了四川全境（僅釣魚(yú)城至次年初始降）。四月，詔令良臣率立功蒙、漢軍官及降臣入覲。十六年正月，良臣奏言：“西川軍官父死子繼勤勞四十年，乞顯加爵秩�！痹t從其請(qǐng)。時(shí)罷東、西川行院，復(fù)立四川行省，乃授良臣為中書(shū)左丞、行四川中書(shū)省事。良臣陳奏治蜀十五事，皆被采納。回到成都后，著手興復(fù)遭受長(zhǎng)期成禍嚴(yán)重破壞的四川地區(qū)。同年七月，四川行省罷，改授安西王相，不受。十八年夏，病卒。