父某，以外科著名。生子三人，世守其業(yè)。杜鐘駿是長子，生而穎異，既畢治群經(jīng)，又精研《內(nèi)經(jīng)》、《難經(jīng)》、《本草》、《傷寒》、《金匱》諸書。弱冠懸壺于揚州彌勒庵橋之火星廟，凡去求醫(yī)者，必妥為診治，所寫方案洋洋數(shù)百言。每遇庸醫(yī)束手、爭議較大的病例，都能援引古代名醫(yī)論著，闡述大義，故名聲鵲起。杜鐘駿性喜吟詠，與當(dāng)時詩友方定生、王小汀、戴陶甫等往復(fù)唱和。尤精弈學(xué)。因浙江寧紹臺道道員吳引孫招入浙江，以府經(jīng)歷（主管文書的屬官）的身份參加兩次海運，被褒獎為候補知縣，攝淳安、諸暨等縣事。在任期間，他勤政愛民，兼致力于禁煙，民受其惠。公務(wù)之余，杜鐘駿博覽群書，對醫(yī)理尤為精通。

光緒三十四年（1908）春，光緒臨終前半年，其病勢已十分嚴(yán)重，宮中御醫(yī)無良方可施，清廷急忙征召江蘇名醫(yī)陳秉鈞、曹元恒來京入宮診視。五月初八日又向直隸、兩江、湖廣、山東、河南、山西等督撫發(fā)出電旨：“入春以來，皇上欠安。在京各醫(yī)，診治無效。希尊處精選名醫(yī)，資送迅速來京，恭候傳診�！闭憬�巡撫馮汝骙推薦杜鐘駿：“浙江候補知縣杜鐘駿，脈理精細(xì)，人極謹(jǐn)慎，堪備請脈”。各省還保舉呂用賓、周景濤、施煥、張鵬年、陳秉鈞等名醫(yī)。內(nèi)務(wù)府將六位醫(yī)官排班，每人一天，輪流請脈開方。因為六人輪流值日，以致醫(yī)出多門，方劑日更，不能持續(xù)辯證施治。杜鐘駿感到十分不解，曾提出自己的困惑：“六日開一方，彼此不相聞問，有此辦法否？我輩此來，滿擬治好皇上之病，以博微名。及今看來，徒勞無益，希望全無，不求有功，先求無過。似此醫(yī)治，必不見功，將來誰執(zhí)其咎？”但未獲理睬。他為光緒帝診病，歷時三月有余，由于內(nèi)廷關(guān)系復(fù)雜，日換一醫(yī)，最終未能收效，實為遺憾和無奈之事。事后杜鐘駿曾撰《德宗請脈記》一書，記載了他為光緒帝診病的經(jīng)過。

光緒帝去世后，杜鐘駿離京客居上海，后至奉天任巡按使署財政顧問。適逢總統(tǒng)袁世凱胃痛甚劇，慕杜鐘駿之名，邀其前往診治。杜鐘駿借鑒金李杲的《脾胃論》，對袁采用脾胃合治之法，升清降濁，雙管齊下，一帖而痛釋，數(shù)帖而病盡瘳。袁世凱非常佩服，語左右說：不意中藥之功效如此，今而后不偏信西藥矣。也許因此得到袁世凱信任，杜鐘駿不久被簡任存記道尹，任命為公認(rèn)的肥缺淮關(guān)監(jiān)督，但在任不過一年多，即為有力者排擠離去。

杜鐘駿離職后又到京城，此時他已名聲大噪，延診者踵為之接。接診行醫(yī)之余，杜鐘駿潛心著述，除《德宗請脈記》外，還著有《白喉問答》、《抉癮芻言》、《管窺一得》、《藥園醫(yī)案》等。杜鐘駿晚年僑居杭州，寄情山水，詩酒自娛。有《藥園詩集》問世。民國十一年去世，年七十一。

光緒三十三年(1907)，杜鐘駿任浙江節(jié)署戎政文案之職。同年，光緒帝病重，征召海內(nèi)名醫(yī)。受浙江巡撫馮星巖的舉薦，杜鐘駿來京為光緒帝診病。杜鐘駿撰著的《德宗請脈記》一書，記載了他為光緒帝診病的經(jīng)過。

據(jù)《德宗請脈記》記述，杜鐘駿與同被征來的幾位名醫(yī)，在內(nèi)務(wù)府大臣帶領(lǐng)下，至仁壽殿為光緒帝診病。由于是初次為皇上診脈，加之快步疾行叩頭行禮，杜鐘駿不免氣促欲喘，有片刻屏息不語�；噬暇椭�急地發(fā)問道：“你瞧我脈怎樣？”杜鐘駿便將脈象所見、病證分析、治法方藥的思路一一說明。光緒帝聽后，表示贊同，說：“汝言極是，既照此開方，不必更動。”杜鐘駿由儒而醫(yī)，對《內(nèi)經(jīng)》和中醫(yī)理論有精深造詣，對理法方藥有深刻的理解和恰當(dāng)?shù)倪\用，這從他對光緒帝復(fù)雜病情的分析、處理，可見一斑。

杜鐘駿入京一年多，至光緒帝駕崩，才返回家鄉(xiāng)。清朝滅亡后，杜鐘駿又被袁世凱招至京師，擔(dān)任督淮，歷時一年多。后來，杜鐘駿行醫(yī)于京城，因醫(yī)術(shù)精湛而求醫(yī)者眾多，有起死回生的醫(yī)名。

杜鐘駿著有《杜氏醫(yī)書五種》(又名《藥園醫(yī)書五種》)，五種醫(yī)書為《藥園醫(yī)案》、《抉癮芻言》、《白喉問答》、《德宗請脈記》及《管窺一得》。杜氏對一些病的治法有所發(fā)明，例如對白喉病的病因、治法，有獨到之處。杜鐘駿對當(dāng)時已傳入中國的西醫(yī)理論也有了解，并對中西醫(yī)學(xué)有初步的對比研究。在他所著的《管窺一得》中，對中西醫(yī)學(xué)、中西藥性、檢疫、微生蟲(即微生物及寄生蟲)、細(xì)菌等有關(guān)問題都有所論述。