他九歲喪父，后師從他的叔父、著名天文學家余風溪先生在安慶、天柱、祁門書院就讀，苦學有成。1893年，他參加潛山縣童子試，名列第一，遂入縣學，獲得官府的定額補貼，其身份為秀才；1897年，被選上拔貢，入太學，同年赴京師參加朝考，補直隸州判。1901年赴山東省單縣為官。1902年，他邀幕于山東省布政使吳贊廷署內(nèi)擔任文案，專司機要，主稿奏疏。他憑借才干和勤勉而深得信任，1907年，被任命為山東省單縣知縣。1910年，他因祖母去世，他以“丁艱”遭父母喪事為由，辭官歸里。辛亥革命爆發(fā)后回歸故里，任潛山縣臨時參議會議長，繼任安徽省臨時參議會議員。1912年后，歷任懷寧、南陵、蕪湖知縣，蕪湖道尹、淮泗道尹。

余誼密在蕪湖任職期間，由于蕪湖為商埠，外僑依仗強勢，往往違章自由購地，以至糾紛迭起，主權漸失。余誼密組織撰寫租界條例，并設局清丈，編訂冊籍，規(guī)定民間買賣易主，必須查明確無私涉外僑事始準立約。一時使外僑懾服，行為收斂。

余誼密任職蕪湖達8年之久，政務之余，能留意地方史志。在南陵、蕪湖任所，曾監(jiān)修兩縣縣志，并親為后志作序。

1926年，余誼密任安徽省政務廳長，并代暑省政數(shù)月。1928年3月，余誼密被選任省政府委員，兼任財政廳廳長。1929年辭職。1930年，主持皖省賑務。次年，赴上海出席全國賑濟會議，因車禍折右股，就醫(yī)年余漸復后，居家休養(yǎng)。

余誼密胞侄余大化(中共潛山特支書記)致力于革命。余誼密得知后，橫加干涉，申斥說：“你是縉紳子弟，要讀書求仕，研究經(jīng)史，光榮先祖，不該放下書本，成天宣傳什么打倒這個，打倒那個，這都是過激黨的口號，長此下去，當心你的腦袋!”大化置之不理，余誼密即與他斷絕來往。大化遇難后，胞弟化民投身革命，不幸身遭官莊團練圍捕。余誼密得悉后，手諭官莊團練：“社會敗類，家庭逆子，殺！”故使化民于1930年冬在官莊戈元梅樹灣被殺害示眾。

1930年，中國工農(nóng)紅軍在大別山活動頻繁，威震一時。余誼密倡導并捐巨款購置槍枝彈藥，組織團防，命其弟余誼寅擔任聯(lián)防隊官莊團練頭頭，命次子周覺出任潛山縣保安大隊副，率隊配合國民黨二十五路軍對黃柏地區(qū)進行了三個月的“清剿”。共產(chǎn)黨便衣隊、游擊隊、赤衛(wèi)隊及農(nóng)會會員，黨政干部及其家屬，約200多人慘遭殺害。

1935年1月底，余誼密從省府安慶回老家過春節(jié)。中國工農(nóng)紅軍第二十八軍政委高敬亭得悉后，于2月12日(一說14日)拂曉，遣八十二師手槍團的兩個分隊和特務營的三個連共300余人，自湖北黃岡經(jīng)岳西鷂落坪趕到官莊附近，由四名便衣隊員計入余誼密臥室，活捉了余誼密及其次子余周覺等。13日(一說16日)在壇畈簸箕巖處決了余誼密。

余誼密曾整理其叔父余鳳溪遺著《天文韻言》。自著有《疏園詩集》，共260首。

辛亥革命爆發(fā)后，余誼密尚能識時順勢，積極擁護民主革命，因而被推選為潛山縣臨時縣議會議長。在此期間，他主持修通了高河－馬廟－育兒村－源潭－龍井關公路，打通了潛山縣通往安慶的南大門，奠定了潛山縣社會發(fā)展的交通基礎。他還曾試圖革除田賦積弊，澄清貪污，徹查地方學產(chǎn)，但終因任期較短，且積重難返，收效甚微。

任蕪湖縣知事期間。由于蕪湖為商埠，外僑依仗強勢，往往違章自由購地，以至糾紛迭起，主權漸失；他上任后便組織撰寫租界條例，并設局清丈，編訂冊籍，規(guī)定民間買賣易主，必須查明確無私涉外僑事始準立約。此舉使外僑懾服，行為收斂，有效地維護了國家主權。蕪湖卜家店、官陡門等地出現(xiàn)蝗蟲災害，他一面組織農(nóng)民撲滅，一面派員收購，計收有數(shù)百斤之多，深得當?shù)匕傩盏膿碜o和愛戴。

余誼密先生還是位地方志學者，又是一位詩人和書法家。他在南陵和蕪湖的另一重要政績就是纂修兩縣縣志。民國期間，蕪湖縣唯一的一部縣志，就是在他的任期內(nèi)編纂出版的。這部縣志填補了清嘉慶以后一百多年蕪湖無縣志的空白，保存了作為安徽最早通商城市的大量史料，很有特色。他在世時，曾著有《疏園初編》和《疏園再編》兩本詩集，收錄了近體詩、古體詩千余首。1980年，他的孫子在臺灣又搜集匯成了《疏園遺作集存》，此為詩文合璧的書稿。余英時先生專門為這本書稿作了序。這位學界泰斗肯為之作序，說明了他對余誼密詩作的推崇。