陸祖谷幼時(shí)父在濮院經(jīng)商，故生于濮院，少年時(shí)遷回嘉興城內(nèi)。母吳氏能詩(shī)善畫(huà)，著有《淡水室詩(shī)草》。祖谷幼承母教，4歲時(shí)聽(tīng)講唐詩(shī)、幼學(xué)故事，六七歲讀《孝經(jīng)》、《論語(yǔ)》，8歲聽(tīng)講南樓老人陳書(shū)夜紡授經(jīng)故事，即能作五言律詩(shī)。清光緒十六年(1890)入縣學(xué)，考中秀才。19歲時(shí)開(kāi)始學(xué)《九章算術(shù)》及《幾何原本》，隨后與同縣鄭棐諶合創(chuàng)游藝齋算術(shù)社，有社員50余人，精研數(shù)學(xué)。二十一至二十四年，連續(xù)3次考取嘉興府經(jīng)解第一名；二十五至三十一年，又先后3次考取嘉興府算學(xué)第一名。這一期間，研究經(jīng)學(xué)和算學(xué)均有著述，如《毛詩(shī)鄭箋異義考》、《圓理括囊詳解》及《算罔論輯釋》等�！　�

陸祖谷自20歲后，一面精研經(jīng)學(xué)算術(shù)，一面就館授徒。光緒三十二年(1906)，應(yīng)嘉興府學(xué)堂之聘，掌教國(guó)文、經(jīng)學(xué)、算術(shù)。次年辭府學(xué)職，轉(zhuǎn)任嘉興高等小學(xué)堂堂長(zhǎng)。三十四年任教于秀水高等小學(xué)校，是年應(yīng)本省拔萃科試，以第一名拔貢選送禮部。宣統(tǒng)二年(1910)，入北京應(yīng)期考于保和殿，殿試取一等第一名，引見(jiàn)后奉旨以七品小京官用，吏部分發(fā)到郵傳部電政司行走。祖榖目睹時(shí)局混亂，政治腐敗，到部10日即萌退志，次月即請(qǐng)假出都，回嘉興秀水高小及省立第二中學(xué)繼續(xù)任教。民國(guó)成立后，專(zhuān)教省立第二中學(xué)國(guó)文及文字學(xué)(曾兼女子師范教員)，歷時(shí)15年。1912年4月，章太炎等在北京創(chuàng)立統(tǒng)一黨，嘉興統(tǒng)一黨分部于同年7月成立，陸祖谷被推舉任部長(zhǎng)；此后，統(tǒng)一黨相繼改名為共和黨和進(jìn)步黨，仍繼續(xù)任嘉興分部長(zhǎng)。1915年嘉興圖書(shū)館成立，出任名譽(yù)館長(zhǎng)，主持館務(wù)13年。1919年7月，嘉興學(xué)聯(lián)為陳列國(guó)貨演劇籌款，遭軍警彈壓，祖榖因支持學(xué)生愛(ài)國(guó)運(yùn)動(dòng)，亦被士兵以槍柄擊倒，當(dāng)即致電浙江省當(dāng)局抗議，要求保護(hù)學(xué)生，嚴(yán)懲兇手。同年10月，當(dāng)選為嘉興教育會(huì)會(huì)長(zhǎng)，直至1927年。1923年5月還被選為嘉興平民教育會(huì)會(huì)長(zhǎng)。1927年，受聘為浙江省圖書(shū)館指導(dǎo)員，編《浙江省善本書(shū)類(lèi)要》，撰《浙江省圖書(shū)館善本書(shū)目題識(shí)》，考訂館藏宋元以迄明代善本，別擇精審。1929年起，復(fù)任嘉興圖書(shū)館館長(zhǎng)，直至1937年日本侵略軍占領(lǐng)嘉興，前后共歷8年。在此期間，祖榖等建圖書(shū)館新樓，辟保存石刻的專(zhuān)室，并致力搜集全國(guó)地方志，搜羅地方文獻(xiàn)，使嘉興縣圖書(shū)館成為藏書(shū)詳備的一個(gè)縣級(jí)圖書(shū)館。1936年主持舉辦嘉興縣首屆文獻(xiàn)展覽，編寫(xiě)“地方掌故”、“鄉(xiāng)賢遺書(shū)”、“石刻”3類(lèi)目錄，并刊印一些前輩的著作。

1937年，抗日戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)，陸祖谷避居安徽休寧，后客居上海，曾在弟子所辦的邠社講授詩(shī)經(jīng)。太平洋戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)后，回嘉興蟄居。

陸祖谷積學(xué)深詣，受到北京大學(xué)校長(zhǎng)蔡元培賞識(shí)，曾3次(1920年、1921年、1924年)聘他赴北大任教，以母年老固辭；復(fù)敦請(qǐng)入國(guó)學(xué)研究院，仍未應(yīng)聘，專(zhuān)心一意服務(wù)地方文化教育事業(yè)達(dá)40余年。著作尚有《周禮札記》、《漢書(shū)霍光傳補(bǔ)注》、《字例大凡》、《正弦表》、《八線圖解》等。其藏書(shū)和著作，除一部分在蘇州圖書(shū)館外，都已捐贈(zèng)嘉興市圖書(shū)館。

事跡收錄于《中國(guó)歷代人物年譜考錄》正編卷10，《中國(guó)歷代名人室名別號(hào)辭典》（增訂本）。