陸祖谷幼時父在濮院經(jīng)商，故生于濮院，少年時遷回嘉興城內(nèi)。母吳氏能詩善畫，著有《淡水室詩草》。祖谷幼承母教，4歲時聽講唐詩、幼學故事，六七歲讀《孝經(jīng)》、《論語》，8歲聽講南樓老人陳書夜紡授經(jīng)故事，即能作五言律詩。清光緒十六年(1890)入縣學，考中秀才。19歲時開始學《九章算術》及《幾何原本》，隨后與同縣鄭棐諶合創(chuàng)游藝齋算術社，有社員50余人，精研數(shù)學。二十一至二十四年，連續(xù)3次考取嘉興府經(jīng)解第一名；二十五至三十一年，又先后3次考取嘉興府算學第一名。這一期間，研究經(jīng)學和算學均有著述，如《毛詩鄭箋異義考》、《圓理括囊詳解》及《算罔論輯釋》等�！　�

陸祖谷自20歲后，一面精研經(jīng)學算術，一面就館授徒。光緒三十二年(1906)，應嘉興府學堂之聘，掌教國文、經(jīng)學、算術。次年辭府學職，轉(zhuǎn)任嘉興高等小學堂堂長。三十四年任教于秀水高等小學校，是年應本省拔萃科試，以第一名拔貢選送禮部。宣統(tǒng)二年(1910)，入北京應期考于保和殿，殿試取一等第一名，引見后奉旨以七品小京官用，吏部分發(fā)到郵傳部電政司行走。祖榖目睹時局混亂，政治腐敗，到部10日即萌退志，次月即請假出都，回嘉興秀水高小及省立第二中學繼續(xù)任教。民國成立后，專教省立第二中學國文及文字學(曾兼女子師范教員)，歷時15年。1912年4月，章太炎等在北京創(chuàng)立統(tǒng)一黨，嘉興統(tǒng)一黨分部于同年7月成立，陸祖谷被推舉任部長；此后，統(tǒng)一黨相繼改名為共和黨和進步黨，仍繼續(xù)任嘉興分部長。1915年嘉興圖書館成立，出任名譽館長，主持館務13年。1919年7月，嘉興學聯(lián)為陳列國貨演劇籌款，遭軍警彈壓，祖榖因支持學生愛國運動，亦被士兵以槍柄擊倒，當即致電浙江省當局抗議，要求保護學生，嚴懲兇手。同年10月，當選為嘉興教育會會長，直至1927年。1923年5月還被選為嘉興平民教育會會長。1927年，受聘為浙江省圖書館指導員，編《浙江省善本書類要》，撰《浙江省圖書館善本書目題識》，考訂館藏宋元以迄明代善本，別擇精審。1929年起，復任嘉興圖書館館長，直至1937年日本侵略軍占領嘉興，前后共歷8年。在此期間，祖榖等建圖書館新樓，辟保存石刻的專室，并致力搜集全國地方志，搜羅地方文獻，使嘉興縣圖書館成為藏書詳備的一個縣級圖書館。1936年主持舉辦嘉興縣首屆文獻展覽，編寫“地方掌故”、“鄉(xiāng)賢遺書”、“石刻”3類目錄，并刊印一些前輩的著作。

1937年，抗日戰(zhàn)爭爆發(fā)，陸祖谷避居安徽休寧，后客居上海，曾在弟子所辦的邠社講授詩經(jīng)。太平洋戰(zhàn)爭爆發(fā)后，回嘉興蟄居。

陸祖谷積學深詣，受到北京大學校長蔡元培賞識，曾3次(1920年、1921年、1924年)聘他赴北大任教，以母年老固辭；復敦請入國學研究院，仍未應聘，專心一意服務地方文化教育事業(yè)達40余年。著作尚有《周禮札記》、《漢書霍光傳補注》、《字例大凡》、《正弦表》、《八線圖解》等。其藏書和著作，除一部分在蘇州圖書館外，都已捐贈嘉興市圖書館。

事跡收錄于《中國歷代人物年譜考錄》正編卷10，《中國歷代名人室名別號辭典》（增訂本）。