1987年7月，獲得學士學位 (陜西師范大學生物學專業(yè))。

1990年7月，獲得碩士學位 (云南大學污染生態(tài)學方向) 。

1994年7月，獲得博士學位 (云南大學進化生態(tài)學方向)。

1997年8月至1998年10月，博士后研究暨訪學美國西伊利諾伊大學（Western Illinois University） 。

多次應俄羅斯（1996）、美國（1996，1998）、瑞典（1999）等國學術(shù)組織的邀請講學或合作研究

現(xiàn)任云南大學生命科學學院副院長、中國礦業(yè)大學兼職教授。云南大學理科學術(shù)委員會副主任。兼任生態(tài)學與環(huán)境科學系系主任、生態(tài)學與地植物學研究所所長。

第十屆云南省政協(xié)委員，九三學社云南省委青年工作委員會副主任，九三學社云南省委員會副主任委員。

2017年6月，九三學社云南省第十一次代表大會，段昌群當選九三學社云南省第八屆委員會副主任委員。

2018年1月30日，政協(xié)云南省第十二屆委員會常務委員會第一次會議通過，任命：段昌群為云南省政協(xié)人口資源環(huán)境委員會副主任（兼職）。

美國生態(tài)學會、國際環(huán)境誘變協(xié)會會員，美國紐約科學院院士，教育部高等學校環(huán)境科學類教學指導委員會委員、中國生態(tài)學會教育委員會副主任，云南大學（理工）學術(shù)委員會副主任，昆明市規(guī)劃委員會和滇池保護委員會專家組成員，中國科協(xié)人才庫水土保持學科學術(shù)帶頭人。

主持主持“十二五”國家重大科技專項水專項滇池項目第三課題““滇池流域農(nóng)田面源污染綜合控制與水源涵養(yǎng)林保護關(guān)鍵技術(shù)及工程示范”（2012ZX07102-003），作為首席科學家。

主持“十一五”國家重大科技專項水專項滇池項目第四課題“滇池流域面源污染調(diào)查與系統(tǒng)控制研究及工程示范課題”（2009ZX07102-004），作為首席科學家。

主持國家“973”項目“縱向嶺谷生態(tài)系統(tǒng)變化與西南跨境生態(tài)安全”專題（2003CB145103）“縱向嶺谷區(qū)受損生態(tài)系統(tǒng)恢復方式與機制”， 2003-2008。

主持國家自然科學基金項目 (30270284) “植物在污染條件下種群衰退的分子生態(tài)預警”，2002-2006。

主持云南自然科學基金重點項目(2002C0001Z) “云南無公害蔬菜評價指標體系與控制機理研究”， 2002- 2005。

主持云南大學重點科研項目（2002SM010Z）“云南土壤有害元素高背景值異常區(qū)域內(nèi)重要植物產(chǎn)品的安全性研究”， 2002- 2005。

主持國家攀登計劃特別支持項目[國科基字(2000)026]“滇中高原山地典型退化生態(tài)系統(tǒng)的水土保持功能及修復的生態(tài)機理研究”， 2001-2003。

主持云南省自然科學基金重點項目(2000C0001P) “滇中高原水土流失的生態(tài)過程及生態(tài)治理基礎(chǔ)研究”， 2001-2003。

主持教育部高等學校骨干教師資助計劃項目[教技司（2000-65）] （GG-180-10673-2001）“重金屬抗性植物的綜合抗逆性及其污染區(qū)生態(tài)恢復植物的遴選技術(shù)路線研究”，2000-2003。

主持云南省委統(tǒng)戰(zhàn)部委托政協(xié)提案調(diào)查項目[云統(tǒng)發(fā)2000-38] “云南生物資源的經(jīng)濟貢獻能力與突破產(chǎn)業(yè)利用瓶頸的對策”2000-2001。

主持省院省校合作項目 [云教2000-26]“滇池流域社區(qū)社會經(jīng)濟生態(tài)系統(tǒng)運行機制與居民行為方式對滇池污染的影響及對策”子課題—— “滇池環(huán)境容量與社會經(jīng)濟結(jié)構(gòu)優(yōu)化分析”，2001-2002。

主持國家自然科學基金項目 （39970142）“植物在對污染適應過程中對其它脅迫環(huán)境的適應性與進化潛能”，（2000.1-2002.12）。

主持國家自然科學基金項目（39760018）“植物在污染條件下種群建立過程中遺傳多樣性的變化和適應動態(tài)”（1998-2000）。

主持國家自然科學基金項目（39460019）“植物在污染條件下CAM和ADH 分子生態(tài)分化與植物的微進化” （95.1-97.12）。

主持教育部國家理科人才培養(yǎng)基地創(chuàng)建名牌課程項目“大學生態(tài)學系列課程教學內(nèi)容的優(yōu)化配置”（1999-2000）。

2007年8月22日，獲國家教育部授予的第三屆高等學校教學名師獎。

2004年2月，“植物在對污染適應過程中種群生態(tài)遺傳結(jié)構(gòu)的變化”獲得云南省自然科學成果一等獎（項目主持人，第一完成者）。

2004年1月，獲全國保護母親河先進個人稱號 （國家環(huán)境總局，共青團中央等聯(lián)合頒發(fā)）。

2002年12月，被云南省人民政府授予“云南省中青年學術(shù)和技術(shù)帶頭人”稱號。

2002年11月，被教育部評為“高等學校優(yōu)秀骨干教師”。

2002年10月, 云南大學中青年教師課堂教學比賽一等獎。

2003年3月，云南大學優(yōu)秀教學成果一等獎。

2003年2月，“建國以來生態(tài)環(huán)境問題在中國政治生活中影響作用的演進”成果，獲云南省優(yōu)秀社會科學成果二等獎（項目主持人，第一完成人）。

2002年10月，參編教材《污染生態(tài)學》（王煥校主編，高等教育出版社，2000年）獲全國高校優(yōu)秀教材二等獎。2002年9月，云南大學伍達觀優(yōu)秀教師獎。