1987年7月，獲得學(xué)士學(xué)位 (陜西師范大學(xué)生物學(xué)專業(yè))。

1990年7月，獲得碩士學(xué)位 (云南大學(xué)污染生態(tài)學(xué)方向) 。

1994年7月，獲得博士學(xué)位 (云南大學(xué)進(jìn)化生態(tài)學(xué)方向)。

1997年8月至1998年10月，博士后研究暨訪學(xué)美國西伊利諾伊大學(xué)（Western Illinois University） 。

多次應(yīng)俄羅斯（1996）、美國（1996，1998）、瑞典（1999）等國學(xué)術(shù)組織的邀請(qǐng)講學(xué)或合作研究

現(xiàn)任云南大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院副院長、中國礦業(yè)大學(xué)兼職教授。云南大學(xué)理科學(xué)術(shù)委員會(huì)副主任。兼任生態(tài)學(xué)與環(huán)境科學(xué)系系主任、生態(tài)學(xué)與地植物學(xué)研究所所長。

第十屆云南省政協(xié)委員，九三學(xué)社云南省委青年工作委員會(huì)副主任，九三學(xué)社云南省委員會(huì)副主任委員。

2017年6月，九三學(xué)社云南省第十一次代表大會(huì)，段昌群當(dāng)選九三學(xué)社云南省第八屆委員會(huì)副主任委員。

2018年1月30日，政協(xié)云南省第十二屆委員會(huì)常務(wù)委員會(huì)第一次會(huì)議通過，任命：段昌群為云南省政協(xié)人口資源環(huán)境委員會(huì)副主任（兼職）。

美國生態(tài)學(xué)會(huì)、國際環(huán)境誘變協(xié)會(huì)會(huì)員，美國紐約科學(xué)院院士，教育部高等學(xué)校環(huán)境科學(xué)類教學(xué)指導(dǎo)委員會(huì)委員、中國生態(tài)學(xué)會(huì)教育委員會(huì)副主任，云南大學(xué)（理工）學(xué)術(shù)委員會(huì)副主任，昆明市規(guī)劃委員會(huì)和滇池保護(hù)委員會(huì)專家組成員，中國科協(xié)人才庫水土保持學(xué)科學(xué)術(shù)帶頭人。

主持主持“十二五”國家重大科技專項(xiàng)水專項(xiàng)滇池項(xiàng)目第三課題““滇池流域農(nóng)田面源污染綜合控制與水源涵養(yǎng)林保護(hù)關(guān)鍵技術(shù)及工程示范”（2012ZX07102-003），作為首席科學(xué)家。

主持“十一五”國家重大科技專項(xiàng)水專項(xiàng)滇池項(xiàng)目第四課題“滇池流域面源污染調(diào)查與系統(tǒng)控制研究及工程示范課題”（2009ZX07102-004），作為首席科學(xué)家。

主持國家“973”項(xiàng)目“縱向嶺谷生態(tài)系統(tǒng)變化與西南跨境生態(tài)安全”專題（2003CB145103）“縱向嶺谷區(qū)受損生態(tài)系統(tǒng)恢復(fù)方式與機(jī)制”， 2003-2008。

主持國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目 (30270284) “植物在污染條件下種群衰退的分子生態(tài)預(yù)警”，2002-2006。

主持云南自然科學(xué)基金重點(diǎn)項(xiàng)目(2002C0001Z) “云南無公害蔬菜評(píng)價(jià)指標(biāo)體系與控制機(jī)理研究”， 2002- 2005。

主持云南大學(xué)重點(diǎn)科研項(xiàng)目（2002SM010Z）“云南土壤有害元素高背景值異常區(qū)域內(nèi)重要植物產(chǎn)品的安全性研究”， 2002- 2005。

主持國家攀登計(jì)劃特別支持項(xiàng)目[國科基字(2000)026]“滇中高原山地典型退化生態(tài)系統(tǒng)的水土保持功能及修復(fù)的生態(tài)機(jī)理研究”， 2001-2003。

主持云南省自然科學(xué)基金重點(diǎn)項(xiàng)目(2000C0001P) “滇中高原水土流失的生態(tài)過程及生態(tài)治理基礎(chǔ)研究”， 2001-2003。

主持教育部高等學(xué)校骨干教師資助計(jì)劃項(xiàng)目[教技司（2000-65）] （GG-180-10673-2001）“重金屬抗性植物的綜合抗逆性及其污染區(qū)生態(tài)恢復(fù)植物的遴選技術(shù)路線研究”，2000-2003。

主持云南省委統(tǒng)戰(zhàn)部委托政協(xié)提案調(diào)查項(xiàng)目[云統(tǒng)發(fā)2000-38] “云南生物資源的經(jīng)濟(jì)貢獻(xiàn)能力與突破產(chǎn)業(yè)利用瓶頸的對(duì)策”2000-2001。

主持省院省校合作項(xiàng)目 [云教2000-26]“滇池流域社區(qū)社會(huì)經(jīng)濟(jì)生態(tài)系統(tǒng)運(yùn)行機(jī)制與居民行為方式對(duì)滇池污染的影響及對(duì)策”子課題—— “滇池環(huán)境容量與社會(huì)經(jīng)濟(jì)結(jié)構(gòu)優(yōu)化分析”，2001-2002。

主持國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目 （39970142）“植物在對(duì)污染適應(yīng)過程中對(duì)其它脅迫環(huán)境的適應(yīng)性與進(jìn)化潛能”，（2000.1-2002.12）。

主持國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目（39760018）“植物在污染條件下種群建立過程中遺傳多樣性的變化和適應(yīng)動(dòng)態(tài)”（1998-2000）。

主持國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目（39460019）“植物在污染條件下CAM和ADH 分子生態(tài)分化與植物的微進(jìn)化” （95.1-97.12）。

主持教育部國家理科人才培養(yǎng)基地創(chuàng)建名牌課程項(xiàng)目“大學(xué)生態(tài)學(xué)系列課程教學(xué)內(nèi)容的優(yōu)化配置”（1999-2000）。

2007年8月22日，獲國家教育部授予的第三屆高等學(xué)校教學(xué)名師獎(jiǎng)。

2004年2月，“植物在對(duì)污染適應(yīng)過程中種群生態(tài)遺傳結(jié)構(gòu)的變化”獲得云南省自然科學(xué)成果一等獎(jiǎng)（項(xiàng)目主持人，第一完成者）。

2004年1月，獲全國保護(hù)母親河先進(jìn)個(gè)人稱號(hào) （國家環(huán)境總局，共青團(tuán)中央等聯(lián)合頒發(fā)）。

2002年12月，被云南省人民政府授予“云南省中青年學(xué)術(shù)和技術(shù)帶頭人”稱號(hào)。

2002年11月，被教育部評(píng)為“高等學(xué)校優(yōu)秀骨干教師”。

2002年10月, 云南大學(xué)中青年教師課堂教學(xué)比賽一等獎(jiǎng)。

2003年3月，云南大學(xué)優(yōu)秀教學(xué)成果一等獎(jiǎng)。

2003年2月，“建國以來生態(tài)環(huán)境問題在中國政治生活中影響作用的演進(jìn)”成果，獲云南省優(yōu)秀社會(huì)科學(xué)成果二等獎(jiǎng)（項(xiàng)目主持人，第一完成人）。

2002年10月，參編教材《污染生態(tài)學(xué)》（王煥校主編，高等教育出版社，2000年）獲全國高校優(yōu)秀教材二等獎(jiǎng)。2002年9月，云南大學(xué)伍達(dá)觀優(yōu)秀教師獎(jiǎng)。