1954年，法國在越南的軍事力量，因?yàn)榈爝吀畱?zhàn)役的失敗而瓦解。而后，根據(jù)日內(nèi)瓦會議的決議，越南實(shí)行南北分治。1955年，越南共和國（南越）政府成立，將前越南自由邦陸軍收編。此時(shí)，阮文紹已經(jīng)是一名中校了。而后，他歷任陸軍軍官學(xué)校校長、步兵第1師師長、步兵第5師師長。并因在1963年參與推翻總統(tǒng)吳庭艷的軍事政變而晉升為準(zhǔn)將。

隨后的兩年中，他被任命為陸軍第4軍軍長、總參謀長，而后被提升為陸軍中將并擔(dān)任國防部長。

1965年6月14日，阮文紹被軍事強(qiáng)人們推選為軍事革新會議的首領(lǐng)，并成為國家領(lǐng)導(dǎo)委員會主席，換言之，就是國家元首。

1967年9月3日，他在競選中贏得了38%的選票，成功當(dāng)選新一任南越總統(tǒng)，并一直擔(dān)任到1975年首都西貢陷落的前夕。1970年4月曾出兵配合美軍入侵柬埔寨，1974年1月又侵犯中國西沙群島，都以失敗告終。

阮文紹統(tǒng)治的貪腐程度被控遠(yuǎn)甚他的前任。和1963年軍事政變的領(lǐng)袖阮高祺不同，阮文紹建立了一個(gè)政黨——全國社會民主戰(zhàn)線，通過架空國會，使政治權(quán)力極大地集中于政府的行政分支。為了防備總統(tǒng)的統(tǒng)治受到威脅，他的同盟者被安插進(jìn)重要的軍政崗位。

在1971年，阮文紹參加了改選，但是他貪腐的惡名，使他的政治對手認(rèn)為選舉將會被操縱，從而拒絕參加。作為唯一的候選人，阮文紹順利當(dāng)選。

在任內(nèi)，除了乞求美國干預(yù)外，對國內(nèi)軍事、政治、經(jīng)濟(jì)束手無策。在北越發(fā)動的1975年春季攻勢三大戰(zhàn)役中（西原戰(zhàn)役、順化—峴港戰(zhàn)役、胡志明戰(zhàn)役）中，指揮拙劣，所部100萬軍隊(duì)被30萬北越軍隊(duì)徹底打垮。在北越軍隊(duì)打到首都西貢前夕，這個(gè)口口聲聲宣布“失去了總統(tǒng)阮文紹，軍隊(duì)里還有三星將軍阮文紹，人民仍有一個(gè)士兵——阮文紹， 我發(fā)誓要與兄弟們士兵們肩并肩一起抗?fàn)幭氯ァ！?的人辭職潛逃到臺灣，將權(quán)力移交給副總統(tǒng)陳文香，后者在1975年4月21日接任，也就是1975年4月30日南越向北越人無條件投降的九天之前。

阮文紹移居到臺灣，隨后定居在英國的薩里，最后美國麻薩諸塞州的波士頓接納他居住一直到2001年9月29日他去世。晚年除了喋喋不休的指責(zé)美國沒有救他外沒有別的事做。