2003年11月30日，孔令文與小林清芽在東京舉行結婚儀式。

談起和小林清芽的相識，孔令文說，他和朋友們一起喝酒時，他一個朋友和小林覺很熟，提到了小林覺，他這個朋友后來就介紹孔令文和小林覺認識了，認識小林覺后，孔令文就見到了小林清芽，小林清芽雖說是小林覺的女兒，但那時才剛開始學圍棋。

小林覺和她的姐姐小林千壽一起在東京八重洲開辦了一個圍棋教室，孔令文也經(jīng)常到那里研究、教棋，和小林清芽的接觸時間長了，了解多了，雙方自然就發(fā)生了關系。

被問到對父親聶衛(wèi)平先生的評價時，孔令文表示：“心目中的我父親？這個問題的確有很多人問過。其實最簡單地答是，因為我自己也是個棋手，所以要說我心目中的他，應該是對他的一種尊敬。當年他打擂臺賽的時候，我不懂棋，但是也有印象，我理解父親的那種超越一般人的愛國心和為國爭光的動力，以及他所付出的努力。”

“其實關于我的成長，說實話，我更想談我的母親。我有一個偉大的母親。我現(xiàn)在能做這些中日交流，或說能夠作為做一個棋手去下棋，都源于我的母親，她讓我可以幸福地成長。如果當初我一直生活得很艱苦，有可能我對我父親的情感就不光是埋怨了，對他更加不好的感覺都可能會有。我現(xiàn)在跟父親也算是父子吧，但這句話說得挺怪異。雖然，也可以同樣父子的感情來交往或接觸。他2013年病了以后，的確也讓我很擔心。”

“雖然不能說是被逼到日本。但是，那時候有條件或能力跟圍棋有聯(lián)系的，也只有日本。要不然我母親什么特長都沒有。或者說，這也是一種緣分。我去了日本，在那邊長大。以至現(xiàn)在才能夠做中日交流，我希望自己在這方面能做出更多的貢獻。這是我一個很堅定的目標。而對于此，我相信我的父母都會支持�！�