1985年7月-1989年7月 江西中醫(yī)藥學院獲學士學位

1989年7月-1992年7月 中國中醫(yī)科學院中藥研究所獲碩士學位

1992年7月-1995年7月 北京大學醫(yī)學部（原北京醫(yī)科大學）獲博士學位

1995年7月-1997年11月 中國中醫(yī)科學院中藥研究所生藥室副主任

1997年11月-2000年7月 中國中醫(yī)科學院中藥研究所副所長

2000年7月-2002年11月 中國中醫(yī)科學院中藥研究所代所長

2008月10月-2015年8月  中國中醫(yī)科學院副院長

2002年11月- 中國中醫(yī)科學院中藥研究所所長

2015年8月-  中國中醫(yī)科學院常務副院長

政協(xié)第十三屆全國委員會常務委員。

2018年1月24日，政協(xié)第十二屆全國委員會常務委員會第二十四次會議通過，任命黃璐琦為中國人民政治協(xié)商會議第十三屆全國委員會委員。

2018年3月14日，全國政協(xié)十三屆一次會議第四次全體會議，選舉黃璐琦為政協(xié)第十三屆全國委員會常務委員。

主要從事中藥資源學和分子生藥學研究，先后負責國家級和部局級課題20余項，獲國家科技進步二等獎3項，省部級一等獎2項，二等獎7項。在1995年，提出“分子生藥學（Molecular Pharmacognosy）”這一新學科的設想，編著了專著《分子生藥學》和新世紀全國高等中醫(yī)藥院校創(chuàng)新教材《分子生藥學》，迄今全國己有多所高校開設該課程。1999年起擔任博士生導師，培養(yǎng)碩士、博士研究生70余名。在國內(nèi)外一級刊物發(fā)表論文300余篇，著作12部，專利2項。

先后獲“全國優(yōu)秀科技工作者”、“中國藥學發(fā)展獎”、“中國青年五四獎章”、“中國青年科技獎”、“新世紀百千萬人才工程國家級人選”、“中國中醫(yī)藥十大杰出青年”、“衛(wèi)生部有突出貢獻中青年專家”、“中央國家機關(guān)十大杰出青年”、“北京十大杰出青年”等榮譽稱號，享受“國務院政府特殊津貼”。

黃璐琦1992年報考了北京醫(yī)科大學的博士研究生，師從樓之岑院士、誠靜容先生和樂崇熙研究員�，F(xiàn)在為北京師范大學的聘請教授。一種“精益求精”的精神激勵著他把栝樓屬的研究擴大到世界范圍。眾所周知，栝樓屬是藥用價值和經(jīng)濟價值都很高的植物，如天花粉（有抗癌、抗艾滋病作用）即來源于此屬。為了調(diào)查國內(nèi)栝樓屬的藥用植物，他單身一人到 云南、 四川、 貴州、 廣西等地的深山老林。還查閱了 英國、 美國、澳大利亞、 泰國、 馬來西亞、 日本等標本室借來的標本，整理出世界范圍的栝樓屬植物名錄，并在研究過程中，發(fā)現(xiàn)了新種植物，使這一領(lǐng)域的研究達到了國際先進水平。畢業(yè)論文被專家評價為“目前對世界性栝樓屬最全面系統(tǒng)的研究，取得了創(chuàng)造性成果”，并因此獲得北京醫(yī)科大學特等獎學金。之后，他回到 中國中醫(yī)科學院中藥研究所工作，經(jīng)過十幾年的苦心鉆研，他終于繼承和發(fā)揚了老師們的學術(shù)思想和學術(shù)成就，使得中國人在栝樓屬方面的研究領(lǐng)先于國際水平，解決了被世界葫蘆科專家C. Jeffrey稱之為“東亞地區(qū)葫蘆科中最難處理的分類學難題”。

在進行栝樓屬方面的研究時，黃璐琦發(fā)現(xiàn)有很多問題用傳統(tǒng)技術(shù)和方法已經(jīng)無法很好地解決，而分子水平的研究則很可能為這門古老學科帶來新的生機。1996年，他以《展望分子生物技術(shù)在生藥學中的應用》為題將自己長期以來的思考發(fā)表在《中國中藥雜志》上，文中首次提出了“分子生藥學”的概念。這篇文章在生藥學行業(yè)引起了強烈的反響。他創(chuàng)建了國內(nèi)第一個分子生藥學實驗室并通過 國家中醫(yī)藥管理局三級實驗室驗收。目前，他在分子生藥學這個領(lǐng)域共培養(yǎng)碩士、博士50多名，營造出團結(jié)進取的氣氛；在倡導和推動分子生藥學建設的同時，他謹記“繼承與發(fā)展”這一中藥事業(yè)的永恒主題，在堅持以中醫(yī)理論為指導的前提下，把各個領(lǐng)域的知識引入到中醫(yī)中藥。

2002年，黃璐琦師從中國科學院自動化所戴汝為院士，把復雜性科學的思維和理論引入到中醫(yī)藥的研究中。首次在 國家自然科學基金復雜性研究中，立上中醫(yī)藥的課題，從新的角度探討了臟腑關(guān)系、方證相關(guān)等中醫(yī)藥領(lǐng)域的重大問題。尤其，在應用復雜系統(tǒng)的“熵”理論研究“方證相關(guān)”，對推動復雜性科學在中醫(yī)藥領(lǐng)域的應用起到了重要作用。

2014年 “中藥材生產(chǎn)立地條件與土壤微生態(tài)環(huán)境修復技術(shù)的研究與應用”獲得國家科技進步獎二等獎；2011年，“道地藥材形成機理研究及應用”獲國家科學技術(shù)進步獎二等獎（第一名）；2008年，“珍稀瀕危常用中藥資源五種保護模式的研究”獲國家科學技術(shù)進步獎二等獎（第一名）；2003年“栝樓屬植物的系統(tǒng)演化及其藥材的分子鑒定研究”獲國家科學技術(shù)進步獎二等獎（第一名）；2009年“藥用植物種質(zhì)資源標準化整理整合及共享試點”獲中華中醫(yī)藥學會科學技術(shù)獎一等獎（第一名）；2007年“三葉木通人工繁育研究”獲中國中西醫(yī)結(jié)合學會科學技術(shù)獎二等獎（第一名）。2012年6月，獲得第九屆光華工程科技獎“青年獎” 。