1893年4月23日，出生于浙江紹興。自青少年時(shí)代起就一直勤奮好學(xué)。他在紹興府學(xué)堂求學(xué)時(shí)，便受魯迅等人的影響，立志科學(xué)救國(guó)。他17歲那年考入南京水師學(xué)堂，后轉(zhuǎn)入杭州醫(yī)學(xué)�？茖W(xué)校。

1911年，在日本千葉醫(yī)科�？茖W(xué)校與東京帝國(guó)大學(xué)攻讀內(nèi)科并研究傳染病與生物制品。

1919年，金寶善從日本學(xué)成回國(guó)后，在北京中央防疫處擔(dān)任技師，開始在國(guó)內(nèi)制造各類疫苗、血清、毒素等生物制品。

1920年?yáng)|北地區(qū)鼠疫流行，受北京政府派遣，他與伍連德等人赴東北開展防疫工作，經(jīng)過半年多時(shí)間的努力，終將鼠疫平息。

1921年，兼任北京醫(yī)學(xué)專門學(xué)校傳染病學(xué)教師，并在軍醫(yī)學(xué)校擔(dān)任防疫學(xué)教學(xué)工作。

1926年，赴美國(guó)約翰斯·霍普金斯大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院進(jìn)修，干1927年獲公共衛(wèi)生學(xué)碩士學(xué)位�；貒�(guó)后任國(guó)民政府中央防疫處處長(zhǎng)、衛(wèi)生部保健司司長(zhǎng)、中央衛(wèi)生實(shí)驗(yàn)處處長(zhǎng)兼軍醫(yī)監(jiān)理委員會(huì)委員、衛(wèi)生署署長(zhǎng)、衛(wèi)生部部長(zhǎng)等，他參與制定我國(guó)醫(yī)療衛(wèi)生方面的一系列方針政策。

1927年夏，金寶善應(yīng)邀組建杭州市衛(wèi)生局并任局長(zhǎng)，開始了長(zhǎng)達(dá)20年的衛(wèi)生行政生涯。

1929年，國(guó)際聯(lián)盟派人調(diào)查中國(guó)各海港疫情，他隨同調(diào)查并做了大量的工作。在他的努力下，次年衛(wèi)生署設(shè)置了全國(guó)海港總管理局，頒布了全國(guó)檢疫條例，接收了全國(guó)各海港港埠檢疫處，將海港檢疫權(quán)從外國(guó)人手中收回。

1930年，主持制定了“全國(guó)海港檢疫條例”，參與收回海港檢疫權(quán)，建立自己的檢疫機(jī)構(gòu)。

1930年，南京國(guó)民政府成立中央衛(wèi)生實(shí)驗(yàn)處，他任副處長(zhǎng)，實(shí)際負(fù)責(zé)該處的工作。該處的建立奠定了我國(guó)現(xiàn)代醫(yī)療衛(wèi)生科學(xué)研究事業(yè)的基礎(chǔ)，培養(yǎng)出了一批專門人才。他還主持籌建西部衛(wèi)生醫(yī)療組織與機(jī)構(gòu)，經(jīng)常親自到現(xiàn)場(chǎng)布置工作。

1931年，長(zhǎng)江、淮河發(fā)生特大水災(zāi)，災(zāi)民達(dá)2500萬(wàn)人，其間死于疾病的人要多于直接死于水災(zāi)的人。在這非常時(shí)期，時(shí)任中央防疫處長(zhǎng)的金寶善率領(lǐng)醫(yī)療隊(duì)奔赴災(zāi)情最嚴(yán)重的漢口主持醫(yī)療救護(hù)工作。自1931年9月至1932年9月，災(zāi)區(qū)共有200多萬(wàn)人次接受了霍亂、傷寒、天花、腦膜炎的預(yù)防注射，有超過34萬(wàn)的病人接受了醫(yī)院或醫(yī)療隊(duì)的治療。

1934年，他被派往西北地區(qū)工作，在蘭州設(shè)立了西北防疫處及中央直屬西北醫(yī)院，在陜西、甘肅、青海、新疆等省建立了醫(yī)院、產(chǎn)院及助產(chǎn)學(xué)校。這些衛(wèi)生行政機(jī)構(gòu)與醫(yī)院、學(xué)校的建立，極大地促進(jìn)了西部等落后地區(qū)衛(wèi)生事業(yè)的發(fā)展。

1934年至1941年，連任兩屆中華醫(yī)學(xué)會(huì)會(huì)長(zhǎng)，曾多次代表中國(guó)出席世界衛(wèi)生會(huì)議。第二次世界大戰(zhàn)后，又成為世界衛(wèi)生組織的發(fā)起人之一。

從1940年4月起，他主政國(guó)民政府衛(wèi)生署，為支持抗戰(zhàn)做了大量的工作，比如在交通要道上設(shè)置公路衛(wèi)生站，為沿途居民及來(lái)往旅客服務(wù)；設(shè)置戰(zhàn)時(shí)醫(yī)療防疫隊(duì)巡回醫(yī)療，并兼顧農(nóng)村百姓的醫(yī)療衛(wèi)生；主持設(shè)立戰(zhàn)時(shí)藥品經(jīng)理委員會(huì)，從印度輸入急需的西藥等。

從1940年到1941年間，日本對(duì)中國(guó)進(jìn)行了5次細(xì)菌武器攻擊。1942年3月31日，時(shí)任衛(wèi)生署署長(zhǎng)的金寶善將日軍在中國(guó)撒播細(xì)菌的情況整理成報(bào)告，向世界公布。

1940年4月至1947年4月，任行政院衛(wèi)生署署長(zhǎng)。

1947年，赴歐美訪問，考察戰(zhàn)后各國(guó)的衛(wèi)生事業(yè)。

1948年，應(yīng)聘任聯(lián)合國(guó)善后救濟(jì)總署兒童急救基金會(huì)醫(yī)務(wù)總顧問。

1949年，任衛(wèi)生部部長(zhǎng)但未到任。新中國(guó)建立后回國(guó)，任衛(wèi)生部技術(shù)室主任、參事室主任。

1951年回國(guó)，先后任衛(wèi)生部技術(shù)室主任、參事室主任，北京醫(yī)學(xué)院衛(wèi)生系主任兼教授，中國(guó)紅十字會(huì)常務(wù)理事，中華醫(yī)學(xué)會(huì)常務(wù)理事，第二屆全國(guó)政協(xié)委員等職。

1954年，任北京醫(yī)學(xué)院衛(wèi)生系主任兼保健組織學(xué)教研室主任、一級(jí)教授，兼任中國(guó)紅十字會(huì)常務(wù)理事、中華醫(yī)學(xué)會(huì)常務(wù)理事、《中華衛(wèi)生雜志》主編，并主持籌建中華醫(yī)學(xué)會(huì)衛(wèi)生學(xué)會(huì)，任主任委員，同時(shí)還任中國(guó)科普協(xié)會(huì)委員等職。

1962年，應(yīng)中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院情報(bào)所要求，從事世界各國(guó)衛(wèi)生情報(bào)和資料的編寫工作。著有《預(yù)防醫(yī)學(xué)詞匯》、《查閱醫(yī)學(xué)外文期刊經(jīng)驗(yàn)簡(jiǎn)介》、《中華民國(guó)醫(yī)藥衛(wèi)生史料》等專著。

1963年至1965年，應(yīng)中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院情報(bào)研究所的要求，參加世界各國(guó)衛(wèi)生情報(bào)資料的編寫工作，編譯200余萬(wàn)字的《世界衛(wèi)生年鑒》。

1972年后，著有《查閱醫(yī)學(xué)外文期刊的經(jīng)驗(yàn)簡(jiǎn)介》、《中華民國(guó)衛(wèi)生史料》、《中國(guó)近代衛(wèi)生事業(yè)》、《中華民國(guó)醫(yī)藥衛(wèi)生史料》，主編了《英漢預(yù)防醫(yī)學(xué)名詞詞匯》等。

1984年11月11日，金寶善在北京逝世，享年92歲。

作為公共衛(wèi)生專家，金寶善最為人們稱道的經(jīng)歷要數(shù)他為擴(kuò)大中國(guó)在世界的影響所做的努力。他曾多次代表中國(guó)出席世界衛(wèi)生會(huì)議，特別是在1930年，他作為中國(guó)代表出席了在巴黎舉行的世界醫(yī)學(xué)大會(huì)，并到日內(nèi)瓦向國(guó)際聯(lián)盟衛(wèi)生組織報(bào)告了中國(guó)衛(wèi)生情況。

作為一位專家型的行政領(lǐng)導(dǎo)，他技術(shù)精湛，管理有方。他曾參與制定了我國(guó)醫(yī)療衛(wèi)生方面的一系列方針政策，籌建衛(wèi)生防疫與科研機(jī)構(gòu)。

作為中國(guó)預(yù)防醫(yī)學(xué)的奠基人之一，金寶善在防疫上的成就同樣令人矚目。