1893年4月23日，出生于浙江紹興。自青少年時代起就一直勤奮好學(xué)。他在紹興府學(xué)堂求學(xué)時，便受魯迅等人的影響，立志科學(xué)救國。他17歲那年考入南京水師學(xué)堂，后轉(zhuǎn)入杭州醫(yī)學(xué)�？茖W(xué)校。

1911年，在日本千葉醫(yī)科�？茖W(xué)校與東京帝國大學(xué)攻讀內(nèi)科并研究傳染病與生物制品。

1919年，金寶善從日本學(xué)成回國后，在北京中央防疫處擔(dān)任技師，開始在國內(nèi)制造各類疫苗、血清、毒素等生物制品。

1920年東北地區(qū)鼠疫流行，受北京政府派遣，他與伍連德等人赴東北開展防疫工作，經(jīng)過半年多時間的努力，終將鼠疫平息。

1921年，兼任北京醫(yī)學(xué)專門學(xué)校傳染病學(xué)教師，并在軍醫(yī)學(xué)校擔(dān)任防疫學(xué)教學(xué)工作。

1926年，赴美國約翰斯·霍普金斯大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院進修，干1927年獲公共衛(wèi)生學(xué)碩士學(xué)位�；貒�后任國民政府中央防疫處處長、衛(wèi)生部保健司司長、中央衛(wèi)生實驗處處長兼軍醫(yī)監(jiān)理委員會委員、衛(wèi)生署署長、衛(wèi)生部部長等，他參與制定我國醫(yī)療衛(wèi)生方面的一系列方針政策。

1927年夏，金寶善應(yīng)邀組建杭州市衛(wèi)生局并任局長，開始了長達20年的衛(wèi)生行政生涯。

1929年，國際聯(lián)盟派人調(diào)查中國各海港疫情，他隨同調(diào)查并做了大量的工作。在他的努力下，次年衛(wèi)生署設(shè)置了全國海港總管理局，頒布了全國檢疫條例，接收了全國各海港港埠檢疫處，將海港檢疫權(quán)從外國人手中收回。

1930年，主持制定了“全國海港檢疫條例”，參與收回海港檢疫權(quán)，建立自己的檢疫機構(gòu)。

1930年，南京國民政府成立中央衛(wèi)生實驗處，他任副處長，實際負責(zé)該處的工作。該處的建立奠定了我國現(xiàn)代醫(yī)療衛(wèi)生科學(xué)研究事業(yè)的基礎(chǔ)，培養(yǎng)出了一批專門人才。他還主持籌建西部衛(wèi)生醫(yī)療組織與機構(gòu)，經(jīng)常親自到現(xiàn)場布置工作。

1931年，長江、淮河發(fā)生特大水災(zāi)，災(zāi)民達2500萬人，其間死于疾病的人要多于直接死于水災(zāi)的人。在這非常時期，時任中央防疫處長的金寶善率領(lǐng)醫(yī)療隊奔赴災(zāi)情最嚴(yán)重的漢口主持醫(yī)療救護工作。自1931年9月至1932年9月，災(zāi)區(qū)共有200多萬人次接受了霍亂、傷寒、天花、腦膜炎的預(yù)防注射，有超過34萬的病人接受了醫(yī)院或醫(yī)療隊的治療。

1934年，他被派往西北地區(qū)工作，在蘭州設(shè)立了西北防疫處及中央直屬西北醫(yī)院，在陜西、甘肅、青海、新疆等省建立了醫(yī)院、產(chǎn)院及助產(chǎn)學(xué)校。這些衛(wèi)生行政機構(gòu)與醫(yī)院、學(xué)校的建立，極大地促進了西部等落后地區(qū)衛(wèi)生事業(yè)的發(fā)展。

1934年至1941年，連任兩屆中華醫(yī)學(xué)會會長，曾多次代表中國出席世界衛(wèi)生會議。第二次世界大戰(zhàn)后，又成為世界衛(wèi)生組織的發(fā)起人之一。

從1940年4月起，他主政國民政府衛(wèi)生署，為支持抗戰(zhàn)做了大量的工作，比如在交通要道上設(shè)置公路衛(wèi)生站，為沿途居民及來往旅客服務(wù)；設(shè)置戰(zhàn)時醫(yī)療防疫隊巡回醫(yī)療，并兼顧農(nóng)村百姓的醫(yī)療衛(wèi)生；主持設(shè)立戰(zhàn)時藥品經(jīng)理委員會，從印度輸入急需的西藥等。

從1940年到1941年間，日本對中國進行了5次細菌武器攻擊。1942年3月31日，時任衛(wèi)生署署長的金寶善將日軍在中國撒播細菌的情況整理成報告，向世界公布。

1940年4月至1947年4月，任行政院衛(wèi)生署署長。

1947年，赴歐美訪問，考察戰(zhàn)后各國的衛(wèi)生事業(yè)。

1948年，應(yīng)聘任聯(lián)合國善后救濟總署兒童急救基金會醫(yī)務(wù)總顧問。

1949年，任衛(wèi)生部部長但未到任。新中國建立后回國，任衛(wèi)生部技術(shù)室主任、參事室主任。

1951年回國，先后任衛(wèi)生部技術(shù)室主任、參事室主任，北京醫(yī)學(xué)院衛(wèi)生系主任兼教授，中國紅十字會常務(wù)理事，中華醫(yī)學(xué)會常務(wù)理事，第二屆全國政協(xié)委員等職。

1954年，任北京醫(yī)學(xué)院衛(wèi)生系主任兼保健組織學(xué)教研室主任、一級教授，兼任中國紅十字會常務(wù)理事、中華醫(yī)學(xué)會常務(wù)理事、《中華衛(wèi)生雜志》主編，并主持籌建中華醫(yī)學(xué)會衛(wèi)生學(xué)會，任主任委員，同時還任中國科普協(xié)會委員等職。

1962年，應(yīng)中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院情報所要求，從事世界各國衛(wèi)生情報和資料的編寫工作。著有《預(yù)防醫(yī)學(xué)詞匯》、《查閱醫(yī)學(xué)外文期刊經(jīng)驗簡介》、《中華民國醫(yī)藥衛(wèi)生史料》等專著。

1963年至1965年，應(yīng)中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院情報研究所的要求，參加世界各國衛(wèi)生情報資料的編寫工作，編譯200余萬字的《世界衛(wèi)生年鑒》。

1972年后，著有《查閱醫(yī)學(xué)外文期刊的經(jīng)驗簡介》、《中華民國衛(wèi)生史料》、《中國近代衛(wèi)生事業(yè)》、《中華民國醫(yī)藥衛(wèi)生史料》，主編了《英漢預(yù)防醫(yī)學(xué)名詞詞匯》等。

1984年11月11日，金寶善在北京逝世，享年92歲。

作為公共衛(wèi)生專家，金寶善最為人們稱道的經(jīng)歷要數(shù)他為擴大中國在世界的影響所做的努力。他曾多次代表中國出席世界衛(wèi)生會議，特別是在1930年，他作為中國代表出席了在巴黎舉行的世界醫(yī)學(xué)大會，并到日內(nèi)瓦向國際聯(lián)盟衛(wèi)生組織報告了中國衛(wèi)生情況。

作為一位專家型的行政領(lǐng)導(dǎo)，他技術(shù)精湛，管理有方。他曾參與制定了我國醫(yī)療衛(wèi)生方面的一系列方針政策，籌建衛(wèi)生防疫與科研機構(gòu)。

作為中國預(yù)防醫(yī)學(xué)的奠基人之一，金寶善在防疫上的成就同樣令人矚目。