1939年，任中央文庫直接領導人。同年秋季，黨組織準備將與第三國際聯(lián)系的秘密電臺設在中央文庫所在處，他考慮到中央文庫與電臺同設一處不安全，便安排另覓可靠之處安置中央文庫。1942年6月，中央文庫負責人繆谷稔病重，他布置陳來生接替中央文庫管理工作，并親自查看陳來生選擇的幾處庫址。1943年，中共中央要從中央文庫調(diào)閱一批文件至延安，以供全黨開展整風運動和總結歷史經(jīng)驗所用，由他主持完成了這次千里調(diào)卷的任務。1946年，黨中央曾計劃將設在上海的中央文庫遷往延安，他通知陳來生先將中央文庫的部分文件交給前往接應的人員，使文件安全運抵延安。后又接到黨中央關于中央文庫文件不再運往延安的通知，便迅速通知陳來生，要求其繼續(xù)安全管理好中央文庫的文件。上海解放后，他受潘漢年、揚帆冤案牽連長期受審，“文化大革命”中又遭迫害，1980年10月經(jīng)中共上海市委徹底平反，1981年5月，任上海市人民政府參事。

　　 吳成方受命創(chuàng)建北京特科

　　作為中共順直省軍委的特派員，吳成方剛結束石友三部隊的兵運工作回北京。吳成方希望特科建在北京，因為他對北京的情況很熟悉，工作基礎厚實。

　　陳賡已多方了解天津和北京的情況，也認為特科建在北京比建在天津更有利。

　　在討論機構名稱的時候，吳成方問陳賡：“這個組織叫什么貼切呢？”陳賡想了想說：“蘇聯(lián)叫政治保衛(wèi)局，要不，正式名稱就叫北方政治保衛(wèi)局。因為屬于上海中央特科的下屬機構，內(nèi)部就稱北京特科�！�

　　吳成方表示贊成，“好!”又問陳賡：“誰來領導呢？”

　　陳賡回答：“北京特科直屬中央特科，所以，由周恩來同志領導�！�

　　陳賡向吳成方明確了三項工作：一是搞特殊的軍事活動，組織北方紅軍；二是搞特殊的政治活動，聯(lián)合各政治派別孤立蔣介石；三是千方百計搜集敵人情報。

　　告別陳賡后，吳成方立即回北京著手物色組織成員。

　　他首先聯(lián)絡到肖明。肖明是湖南省新田縣人，原名肖鳴，早年留法勤工儉學，1922年加入中國共產(chǎn)黨，在北方從事工人運動，曾參加二七大罷工�？谷諔�(zhàn)爭時期任中共中央北方局宣教委員會書記，解放戰(zhàn)爭時期任中共察哈爾省委城工部部長、敵工部部長。北京解放后，歷任中共北京市市委工委書記，市總工會主席、市政協(xié)副主席等職。1959年病逝。

　　肖明欣然同意做吳成方的搭檔，二人又找到了周怡。周怡與吳成方是北平國民黨陸軍軍醫(yī)學校的同學加同鄉(xiāng)，與吳成方一樣，有一顆追求革命的心，抗戰(zhàn)時期曾任八路軍駐重慶辦事處處長。

　　就這樣，以吳成方、肖明和周怡作為核心力量的北京特科成立了。在陳賡的指示下，吳成方、肖明和周怡三人分頭秘密發(fā)展物色人員，壯大組織。

　　吳成方首先把原中共北京市委隸屬的“婦女支部”書記張玉琴發(fā)展為特科成員。張玉琴是個耿直的女性，因上司粗魯、武斷，1929年，她一氣之下脫離中國共產(chǎn)黨。吳成方深知她本質(zhì)好，有做革命工作的基礎，故而吸收為特科成員。張玉琴參加特科后，又把原北京婦女支部的韓桂琴(韓幽桐)帶進了特科。

　　肖明則動員曾與自己一起反對過王明的趙作霖(趙梅生)、王定南(王佐賓)加入特科。趙作霖和王定南都曾經(jīng)是北京市委的領導成員。肖明還把自己的妻子趙鈴(趙師昭)以及劉繼曾、冀丕揚、吳化之、朱其文、袁靜等一起共過事的人爭取過來，作為特科的工作關系。

　　吳成方在領導中共北京市委所屬的“特別支部”工作時，發(fā)展的成員很多都是北京上層社會知名人士。吳成方從中選擇了有工作條件的張祝堂、許興凱、毛俊可、呂一鳴為北京特科工作。

　　陳賡向吳成方布置任務的時候說：“周恩來同志要求開展工作要根據(jù)具體情況辦事，絕不能執(zhí)行打倒一切的政策，要廣泛聯(lián)合華北的愛國力量開展工作。”

　　吳成方根據(jù)這個原則，開創(chuàng)了中共在北方工作的新局面。他甚至在敵人各個機構發(fā)展特科工作關系，把情報工作做到了國民黨省黨部、憲兵司令部、中央軍分校、北平市警察局、法院、市政府、電信局等機構。

　　這個工作模式和上海中央特科的模式完全一樣，甚至，專門負責營救與復仇工作的“打狗隊”的名稱也和上海中央特科的一樣。

　　北京特科的秘密工作地點設在北京西單絨線胡同西口的春秋書店。這是一個二層小樓，樓下除了賣公開發(fā)行的書籍外，也秘密出售被國民黨禁止的進步書刊。樓上則是特科情報人員的秘密工作點。

　　 發(fā)動、支持馮玉祥抗日始末

　　1933年初，北京特科領導人吳成方專程去上海，向中央?yún)R報幫助馮玉祥建立察哈爾民眾抗日同盟軍的過程，請示下一步的工作意見。他在上海等了一個月，遲遲得不到明確的答復。此時已經(jīng)到了3月，日寇攻陷熱河，華北軍隊多數(shù)將領主戰(zhàn)，二十九軍宋哲元部在長城喜峰口、羅文峪重創(chuàng)日寇，全國人心為之大振。身在張家口的肖明催吳成方速回，早已等不下去了的吳成方立即回到北平，按照與馮玉祥協(xié)商的方案，在北方尋求幫助力量。

　　在一次與全總華北辦事處負責人饒漱石會見時，吳成方要求中央駐北方代表派干部參加察哈爾民眾抗日同盟軍的領導工作。饒漱石把柯慶施推薦給吳成方。吳成方馬上介紹柯慶施代表北京特科去張家口馮玉祥處工作�？聭c施到了張家口以后，組織了中共前線委員會，即“前委”，自任書記�！扒拔�”成立后，立即取消北京特科的“特委”，并且改組肖明創(chuàng)辦的旗幟鮮明抗日的報紙《抗日陣線》，更名為《老百姓報》，任命陳伯達為主編。

　　 面對察哈爾民眾抗日同盟軍向前迅猛發(fā)展的形勢，蔣介石急忙動員各方勢力向馮玉祥施壓。與此同時，執(zhí)行王明極左路線的“前委”竟提出在察哈爾民眾抗日同盟軍內(nèi)部發(fā)展紅軍，進而在華北創(chuàng)建新蘇區(qū)，實行土地革命。這就改變了北京特科最初與馮玉祥合作抗日的協(xié)議。大敵當前，當務之急是抗日，更何況，馮玉祥當時接受的是北京特科“里紅外不紅的西瓜”政策，而不是里外都紅的“胡蘿卜”政策。

　　馮玉祥不讓步，“前委”竟不顧戰(zhàn)局，指責“馮玉祥始終是我們的階級敵人!”并發(fā)動群眾罷工、罷市，舉行反對馮玉祥的示威游行，進而公然喊出了“打倒馮玉祥!”的口號，客觀上配合了蔣介石、汪精衛(wèi)蓄意取消察哈爾民眾抗日同盟軍的行動。蔣介石在勸說無效的情況下，調(diào)動了十五個師的兵力圍剿察哈爾民眾抗日同盟軍。馮玉祥陷入內(nèi)外夾擊，孤立無援的境地。無奈，宣布下野。十幾萬察哈爾民眾抗日同盟軍最后只剩下方振武和吉鴻昌所部一萬五千多人，又遭何應欽勾結日寇夾擊，最終被徹底葬送。

　　聯(lián)絡、發(fā)動、策劃抗日同盟軍的北京特科的全體同志，對這一慘痛結局非常痛心。難過之余，他們深感王明極左路線的危害。然而，他們沒想到，推行王明路線的“前委”，把察哈爾民眾抗日同盟軍失敗的責任歸咎到北京特科身上。由于河北省委向北京特科推薦的干部張慕陶到了張家口后，提出“聯(lián)日反蔣”的主張，遭到大家唾棄，“前委”把張慕陶的政治主張強加給北京特科。

　　為此，中共上海中央局命令北京特科領導人吳成方、肖明和劉繼曾前往上海說明情況。吳成方和肖明到達上海后客觀敘述，指出“前委”的結論不實。

　　吳成方和肖明被召到上海，實際上是被解除了北京特科領導人的職責。很快，上海派姚蓬子(姚文元之父)接替了北京特科的領導權。姚蓬子出師不利，到北平十多天，還沒來得及開展工作，就在去天津的路上被逮捕了。他供認自己在上海參加了“左聯(lián)”，但并未供出此次來北平的目的，也沒出賣北京特科。

　　姚蓬子被捕后，北京特科的工作由周怡暫時負責。留在上海工作的吳成方心里放不下北京特科的工作，向組織推薦季明(季步飛)來北平協(xié)助周怡開展工作。但由于北平的形勢惡劣，季明到北平剛與周怡聯(lián)系上，也被捕押到了南京。