2000年被聘為湖南師范大學特聘教授。在美留學期間他以復雜性狀與疾病為研究對象，以遺傳與突變?yōu)檠芯康暮诵膯栴}，從事了進化生物學、分子進化遺傳學、群體及數(shù)量遺傳學、生態(tài)遺傳學、骨醫(yī)學、骨質(zhì)分子遺傳學、計算和統(tǒng)計遺傳學等跨學科和交叉學科的研究，并取得了杰出成就。2003年分獲第二屆HOMA獎“杰出青年學者獎”和湖南省科技進步二等獎，2004年獲國際骨質(zhì)疏松基金“IOF-Servier 青年學者研究獎”，2004年教育部提名國家科學技術(shù)獎自然科學二等獎，共申請國內(nèi)外專利7項。

　　 主要科研成就：

　　1)發(fā)展了“鄧-林奇”(Deng-Lynch)法來測定基因突變的突變率、突變對機體的危害及其遺傳效應。有關這項工作的一系列文章發(fā)表在美國遺傳學報(Genetics)上。主要因為這項工作，他于1997年獲得美國自然科學家協(xié)會的優(yōu)秀青年科學獎；

　　2)第一次發(fā)現(xiàn)并證實維生素-D的受體基因和雌性激素的受體在一定程度上決定人類骨質(zhì)密度的自然變化及藥理調(diào)控。這項工作發(fā)表在Human Genetics及國際骨質(zhì)研究學刊(Osteoporosis International)上。他為此于1999年4月獲美國骨學研究會第一次有命名的(John Haddad)優(yōu)秀青年科學家獎；

　　3)第一次發(fā)現(xiàn)并證實人類的手腕骨折有其重要的遺傳原理及機制。這項工作為尋找人類骨折基因打下了堅實的基礎。鄧紅文博士在Nature、Genetics、Human Genetics、J Bone and Mineral Res、 Evolution、Molecular Biology and Evolution、 Heredity、Genetical Research、Genetica和American J Human Genetics等國際權(quán)威刊物上共發(fā)表了70余篇論文。其中第一作者和獨著或通訊作者的論文60余篇,全部文章被SCI收錄,論文總引用達500余次。

　　鄧紅文博士承擔和主持過國家級重大課題7項,獲得國際和美國各種杰出青年科學家獎9項，7次應邀在國際重要學術(shù)會議上作專題報告,為13個國際一流雜志和美國NSF等基金組織擔任評審。

　　目前鄧紅文博士在美國Creighton大學醫(yī)學院主持一個遺傳學研究室，在研課題6項，經(jīng)費323.35萬美元；在湖南師范大學生命科學學院主持一個分子與統(tǒng)計遺傳學研究室，主要開展人類復雜多基因遺傳疾病(如骨質(zhì)疏松、高血壓、心臟病、癌癥等)基因的分子遺傳分析與鑒定。

　　 承擔的課題：

　　國家自然科學基金重點項目1項(160萬元),國家杰出青年科學基金課題1項(80萬)、國家自然科學基金面上項目1項(21萬)、湖南省特聘教授基金課題1項(300萬)、霍英東教育基金第八屆青年教師基金1項(2萬美金),教育部留學回國人員啟動基金課題1項(5萬)，課題經(jīng)費達600萬元人民幣。該研究室已具規(guī)模，目前指導有碩士生、博士生10余名。與國內(nèi)外同行已建立起了廣泛的聯(lián)系，各項研究工作已全面展開并取得了良好的進展。

　　 主要代表作：

　　1. Deng,H.-W.,Population Admixture May Appear to mask, change or Rererse Genetic Effects of Genes Underlying Complex Traits. Genetics，2001,159：1319-1323。

　　2..Tan,Y.,D.and H.-W.Deng, An Amplified Fragment length Polxmorphism Nap of the Silkworm. Genetics 2001，157：1277-1284。

　　3.Deng,H.-W.,J. Li,The effect of polygenes on transmission disquilibrium test of a QTL in nuclear families with multiple children. Genet Epodemiology.2001,21,243-265.

　　4. Deng,H.-W.,Biased tests of association:comparison of allele frequencies when departing from Hardy-Weinberg proportions 2000 Am.Jepidemiology,151:335-357.

　　5. Deng,H.-W.,Determination of BND at hip and spine by genetic and life-style factors. Gemetics Epidemiology,2000:19:160-177.

　　6. Deng,H.-W.,Characterizing deleterious genomic mutations in partial seltfing/outcrossing populations and in nonequilium Popuations.2000 Genetics 154:1839-1906.(*Deng is the corresponding author).

　　7. Deng,H.-W.,Pooduct difference of multiplex and singleplex PCR and its practical for human genctic studies.BioTechniques.2000,29:298-308

　　8. Deng,H.-W.,QTL fine mapping in extreme samples of finite populations for complex traits with familial correlation due to polygenes “Am.J Himan Genet”(2000,67:259-261)

　　9. Deng,H.-W Association of Estrogen Receptor-alpha(ER)Genotypes with Body Mass Index in Normal Healthy Postmenopausal Caucsisn Women. J Clincical Endocrinology and Mrtabolism.2000,85:2748-2751.

　　10. Deng, H .-W., J. Li , and J.- Li. Recovery of mutations of different size from a population sample of DNA sequences under variable mutation rates across sites.Moleclar Biology and Evolution,1999,618:1098-1104.

　　11. H. -W., Deng,V.Haynatzka, Spitze,K.and G.Haynatzki.On the determination of genetic covariances and prediction of evolutionary trajectories based on genetic correlations matrix. Evolution. 1999,53(5):1592-1599.

　　12. Deng,HW,J.Li,J.L.Li,M.Johnson,M.Davies and RR Recker. Change of bone mass in postmenopausal Caucasian women with and without hormone replacement therapy is associated with Vitamin D receptor and estrogen receptor genotypes. Human Genetics.1998,103:576-585.

　　13. Li , J.- L ., J. Li and H .- W. Deng . The effects of overdominance on characterizing deleterious genomic mutations in large natural populations. Genetics. 1999,151:895-913.

　　14. Deng,H.W. Estimation of deleterious-mutation rate and efficts in outcrossing populations. Genetics. 1998,150: 945-956.

　　15. Deng,H.-W.,J.Li, and J.-L.Li On the experimental designs and data analyses of mutation accumulation experiments.Genetical Research. 1999,73:147-194.

　　16. Deng,H.-W,J.L.Li,J.Li,M.K.Davies,and R.R. Recker. Heterogeneity of bone mass density across skeletal sites and its clnical implications. J Clinical Densitometry.1998, 1:339-353.

　　17. Deng, H.-W. Estimating coefficient of (over)dominance from inbreeding data and discriminating dominance and overdominance hypothesis for heterosis. Genetics .1998,148:1333-1340.

　　18. Deng, H.- W. and Y.- X. Fu. On the three different approaches to estimating deleterious genomic mutation parameters. Genetical Research .1998,71 (3): 223-236.

　　19.Deng ,H.-W.,D.B. Kimel, T. Conway, K. M.Davies, R. R. Recker High narrow-sense heritability for peak bone mass in humans. J Bone Miner Res.1997, 12:S563.

　　20.Deng, H.- W. and M. Lynch. Inbreeding depression and the inferred genomic mutation parameters in Daphnia species. Genetics, 1997,147:147-155.

　　21.Deng, H. - W. Increase of dvelopmental instability upon inbreeding in Daphnia. Heredity,1997,78: 182-189.

　　22 .Deng, H-W.and Y.-X. Fu. The effects of variable mutation rate across sites on the phylogenetic estimation of population size or mutation rate of DNA sequences. Genetics, 1996,144: 1271-1281.

　　23.Deng, H.-W. and M. Lynch. Estimation of deleterious- mutation parameters in nature populations. Genetics, 1996, 144:349-360.

　　24.Deng,H.- W. and M.Lynch. Change of genetic architecture in response to sex. Genetics, 1996,143:203-212.

　　25.Deng, H. - W. Environmental and genetic control of sexual reproduction in Daphnia. Heredity,1996,76:449-458.

　　26.Deng,H.-W.Sexual reproduction in Daphnia: its control and genetieconsequences..Ph.D.Thesis. University of Oregon(Advisor-Dr.Michael Lynch). 1995

　　27.Deng, H.-W. and T. Kibota, The importanceary response. Evolution.1995, 49: 572-574.

　　28.Butcher, D. and H.-W.Deng. Hypothetical“Sister Killer”. Nature. 1994, 369: 26.

　　29.Lynch,M. and H.-W. Deng. Genetic slippage in response to sex.American Naturalist. 1994, 144:242-261.