1945年11月11日生于尼加拉瓜瓊塔萊斯省的拉利伯塔德市的一個中產(chǎn)階級家庭，他的父母都是堅定的反對尼加拉瓜親美的索摩查獨裁政府的革命者，曾支持尼加拉瓜民族英雄桑地諾將軍所進行的反對美國侵略尼加拉瓜的斗爭。其父因此遭受獨裁政府的迫害，其母和兄弟都積極參加反對索摩查的斗爭，其中一個兄弟在戰(zhàn)爭中犧牲。早在他的襁褓時代，他母親就被獨裁政府投進監(jiān)獄。

丹尼爾·奧爾特加少年時代就是一位血氣方剛、胸懷大志的學生，他崇拜曾帶領(lǐng)尼加拉瓜人民抗擊美國入侵而被殺害的民族英雄桑地諾，從小具有反抗強權(quán)的愛國主義精神和熱愛自由平等的思想。奧爾特加早年在馬那瓜一所教會學校讀書時，曾因同校長辯論索摩查政府是否是獨裁政權(quán)而被開除。中學時代的奧爾特加對貧困不堪的勞苦大眾充滿同情，1959年起積極參加了尼加拉瓜愛國青年運動。

自1937年起，尼加拉瓜陷入索摩查家族長達43年的獨裁賣國統(tǒng)治，連資產(chǎn)階級也忍無可忍，1958-1961年間，尼加拉瓜就發(fā)生了19次武裝反抗活動。時勢造就了奧爾特加這位天生的革命家。1960年，年僅15歲的奧爾特加就參加反獨裁愛國學生運動，被捕后受刑。1961年和1962年組建了城市抵抗支部和桑地諾革命青年團，再次被捕。1962年，他入讀于馬那瓜的中美洲大學法律系，但因追求民主和進步被迫輟學。1963年，丹尼爾·奧爾特加加入尼加拉瓜桑地諾民族解放陣線（桑解陣），負責領(lǐng)導中學生運動，并立即干了件“大事”——和伙伴持槍搶劫了“美洲銀行”的一家分行，為桑解陣拿到第一筆“啟動資金”。1964年當選為桑解陣執(zhí)行委員會委員，同年在被派往危地馬拉執(zhí)行革命任務(wù)時再次被捕，后被引渡回國繼續(xù)關(guān)押。1965年出獄后創(chuàng)辦革命青年陣線機關(guān)報《學生報》并擔任主編，同時領(lǐng)導馬那瓜市區(qū)民眾愛國委員會。1965年參加桑地諾民族解放陣線全國領(lǐng)導委員會，1966年任國內(nèi)軍事戰(zhàn)線負責人，1967年11月，丹尼爾·奧爾特加因襲擊銀行再次被捕入獄，并被判處三十年徒刑，關(guān)押在首都馬那瓜荒凉的郊區(qū)。

奧爾特加是一名詩人，在獄中，他寫下了一首詩篇《我從未見過迷你裙流行時的馬那瓜》。由這首詩牽線，正在坐牢的奧爾特加迎來了一名從未謀面的來訪者——同為詩人的羅薩里奧·穆里略，兩人迅速墜入愛河結(jié)為伉儷。1960-1974年間，他4次被當局逮捕入獄，最長的一次被囚禁了7年，才通過人質(zhì)交換獲釋。獨裁統(tǒng)治當局常秘密處決政治犯，以制造恐懼。奧爾特加在獄中受盡折磨，常被單獨關(guān)押，忍饑挨餓。據(jù)曾擔任他執(zhí)政時副總統(tǒng)的拉米雷斯說，奧爾特加具有一種“孤獨、寂寞、缺乏信任感、堅忍”的“囚犯性格”。

1974年12月，桑解陣游擊隊襲擊馬那瓜國民宮，綁架政府高官，通過交換人質(zhì)促使奧爾特加等政治犯被營救出來。出獄后他前往古巴，得到菲德爾·卡斯特羅的支持。1975年，他回國參加桑解陣的領(lǐng)導工作，任桑解陣“卡洛斯·豐塞卡·阿馬爾多”北部戰(zhàn)線司令員之一。桑解陣內(nèi)部因戰(zhàn)略和戰(zhàn)術(shù)分歧分裂為三派，即“無產(chǎn)者派”、“持久戰(zhàn)爭派”和“第三派”，丹尼爾·奧爾特加是“第三派”領(lǐng)袖，該派主張與資產(chǎn)階級建立廣泛的統(tǒng)一戰(zhàn)線，通過城鄉(xiāng)武裝起義相結(jié)合的道路，推翻索摩查獨裁政權(quán)，建立革命民主政府。1977年反索摩查武裝力量開始反攻，奧爾特加任南部戰(zhàn)線司令員之一。1978年轉(zhuǎn)移到哥斯達黎加，在那里策動國內(nèi)的反索摩查運動。1979年3月，桑解陣三派實現(xiàn)聯(lián)合，奧爾特加作為“第三派”的代表參加9人組成的桑地諾民族解放陣線全國領(lǐng)導委員會，成為九大革命司令之一。1979年4月，革命勝利前夕，桑解陣發(fā)表了《桑地諾民族解放陣線基本綱領(lǐng)》，聲稱自己的主張是建立在廣泛的社會主義原則之上，反對索摩查家族的腐敗獨裁，反對美國對尼加拉瓜的政策。綱領(lǐng)集中反映了革命時期奧爾特加的政治主張。

1979年7月，在美國扶持下的索摩查家族獨裁統(tǒng)治終于被桑解陣推翻，革命勝利后，丹尼爾·奧爾特加參加民族復(fù)興政府執(zhí)政委員會，1981年3月，奧爾特加出任民族復(fù)興政府執(zhí)政委員會協(xié)調(diào)員（相當于國家元首）。1984年被桑解陣提名為總統(tǒng)候選人，參加于同年11月舉行的總統(tǒng)大選，以63%的多數(shù)票獲勝，1985年1月10日——1990年4月25日任尼加拉瓜共和國總統(tǒng)兼全國計劃委員會主席。1985年8月任桑地諾民族解放陣線執(zhí)行委員會協(xié)調(diào)員。1989年11月再次被桑解陣提名為總統(tǒng)候選人，在1990年2月25日舉行的全國大選中，丹尼爾·奧爾特加取得40.82%的選票，敗給了全國反對派聯(lián)盟的候選人比奧萊塔·巴里奧斯·德·查莫羅夫人。

在1979年——1990年執(zhí)政的11年間，奧爾特加執(zhí)行了桑解陣的基本路線，對內(nèi)實行政治多元化、混合經(jīng)濟政策，對外推行不結(jié)盟政策，在恢復(fù)國民經(jīng)濟，改善人民生活方面取得了良好的成績。政治上，奧爾特加政府初期曾吸收黨外人士入閣，允許政黨活動，但不久開始排擠他黨，限制反對黨活動，取消新聞自由。后來迫于內(nèi)外壓力，他又恢復(fù)政治集會權(quán)利、新聞自由、釋放政治犯。在經(jīng)濟上，政府沒收了索摩查家族財產(chǎn)，實行國有化，部分行業(yè)實行國家壟斷，全面土改，農(nóng)民分地，實行農(nóng)業(yè)合作社等，取得一定成績。那時的奧爾特加以為新生政權(quán)誕生后，就可以改變尼加拉瓜的面貌，老百姓也可以從此不再有衣食之虞。桑解陣政府在這個不發(fā)達國家實施了一系列得到平民支持的社會經(jīng)濟政策，包括礦產(chǎn)資源國有化，土地改革，改善工人工作條件，廣泛建立工會，大力推廣教育和掃盲等。但這些全面傾向窮人的政策也得罪了國內(nèi)的有產(chǎn)者，其偏左的宗教政策與天主教會關(guān)系惡化。

然而，新生的尼加拉瓜政權(quán)遭到了美國的嫉恨。在美蘇爭霸的大背景下，奧爾特加當時得到了蘇聯(lián)和古巴的支持，奧爾特加政權(quán)的社會主義色彩為美國里根政府所不容，1982年以后，美國公開資助尼加拉瓜反政府武裝在國內(nèi)進行破壞活動，從而挑起尼加拉瓜內(nèi)戰(zhàn)。在國際上孤立尼加拉瓜，實施經(jīng)濟封鎖，在鄰國建立軍事基地、舉行大規(guī)模軍事演習，把矛頭對準尼加拉瓜，并公然破壞國際法準則，策動其他中美洲國家的右翼軍人獨裁政權(quán)對尼進行武裝干涉。桑解陣政府在國內(nèi)外的強大壓力下，不得不把大量的人力物力財力用來抗擊美帝國主義的侵略和顛覆（里根的低烈度戰(zhàn)爭政策）。內(nèi)戰(zhàn)在這個中美洲國家持續(xù)多年，造成5萬多人死亡，戰(zhàn)爭加重了人民的負擔，國內(nèi)經(jīng)濟情況日益惡化，人民群眾的不滿情緒日益加深。1987年8月，奧爾特加總統(tǒng)在中美洲5國首腦會議通過的和平文件上簽字，開始同反政府武裝談判，同時與國內(nèi)反對黨談判，最后達成協(xié)議，提前舉行大選，遣散反政府武裝。1990年4月25日，尼加拉瓜政權(quán)實現(xiàn)和平更迭。

1991年7月，在桑地諾民族解放陣線第一次全國代表大會上，奧爾特加當選為桑解陣全國領(lǐng)導委員會委員、全國協(xié)調(diào)員（第一把手、總書記）。1994年9月當選尼加拉瓜國民議會桑地諾派議會黨團主席，1998年5月和2002年3月連續(xù)當選桑解陣總書記。1996年11月、2001年11月，他以反對黨的身份參加總統(tǒng)選舉，但分別以37.75%和42.3%的得票率敗北。他在2006年11月舉行的總統(tǒng)選舉中以37.99%的得票率勝出，時隔16年重新入主總統(tǒng)府，2007年1月10日正式就任尼加拉瓜總統(tǒng)。2011年11月獲得連任，2012年1月10日宣誓就職。

2016年11月7日，尼加拉瓜最高選舉委員會公布的總統(tǒng)選舉最終計票結(jié)果顯示，執(zhí)政黨桑地諾民族解放陣線（桑解陣）候選人、現(xiàn)任總統(tǒng)奧爾特加贏得連任。奧爾特加本次當選將開始其第四個總統(tǒng)任期，任期5年。根據(jù)2014年新修訂的憲法，尼加拉瓜對總統(tǒng)連選連任沒有限制。

1986年9月，奧爾特加曾以總統(tǒng)身份對中國進行國事訪問。

奧爾特加的夫人是羅薩里奧·穆里略，家中共有8名子女。