1965年1月出生于陜西省。

1982年畢業(yè)于洋縣中學(xué)。

 1986年畢業(yè)于西北大學(xué)，獲學(xué)士學(xué)位

 1989年于西北大學(xué)獲碩士學(xué)位 　　

1995年于中科院應(yīng)用數(shù)學(xué)所獲博士學(xué)位 　　

1989-1995年在西北大學(xué)數(shù)學(xué)系任助教、講師 　　

1995.7-1997.6在北京大學(xué)數(shù)學(xué)系做博士后工作 　　

1997.7至今在中科院應(yīng)用數(shù)學(xué)所任助理研究員、副研究員、研究員 　　

2003至今任中科院數(shù)學(xué)與系統(tǒng)科學(xué)研究院應(yīng)用數(shù)學(xué)研究所所長,中國數(shù)學(xué)會第10屆）副理事長 　

1995 年至1997年在北京大學(xué)從事博士後研究；

1999年初至2001年初，受中國科學(xué)院公派并受德國馬克·普郎克學(xué)會及德國Bielefeld大學(xué)資助在德國Bielefeld大學(xué)數(shù)學(xué)系從事合作研究；

1989年至1995年在西北大學(xué)任教；

1997年至1999年任中國科學(xué)院應(yīng)用數(shù)學(xué)研究所副研究員； 

2000年至2017年中國科學(xué)院數(shù)學(xué)與系統(tǒng)科學(xué)研究院創(chuàng)新基地副研究員。 

2017年7月19日，鞏馥洲任中國科學(xué)院數(shù)學(xué)院副院長。

2017年7月19日，中國科學(xué)院決定，任命鞏馥洲為中國科學(xué)院數(shù)學(xué)院副院長。