法蘭西國(guó)王 路易十四認(rèn)為，國(guó)內(nèi)宗教不一致會(huì)危及國(guó)家的統(tǒng)一，決心將反對(duì)派教會(huì)加以取締，于是重新發(fā)動(dòng)對(duì) 詹森派的鎮(zhèn)壓。克雷芒九世擔(dān)心使安定的局面遭到破壞，他不同意路易十四的這種政策，而主張安撫為主。1669年，克雷芒九世簽訂了協(xié)定（統(tǒng)稱克雷芒和約），宣布停止對(duì)詹森派的迫害。后來(lái)，法蘭西教會(huì)的高盧分子又要求限制教皇的權(quán)利，教皇語(yǔ)氣沖突激化， 詹森主義問(wèn)題降到次要地位。隨著教皇與國(guó)王爭(zhēng)端緩解后，后任教皇 克雷芒十一世在路易十四要求下，于1705年發(fā)布通諭，重申過(guò)去對(duì)詹森派的譴責(zé)。

其時(shí)，奧斯曼帝國(guó)軍隊(duì)發(fā)動(dòng)對(duì)當(dāng)時(shí)屬于威尼斯共和國(guó)的克里特島的攻擊，克雷芒九世只得要求路易十四派兵援助，不但遭到路易十四的拒絕，他還從中作梗，使全歐洲聯(lián)合對(duì)付土耳其人的計(jì)劃無(wú)法實(shí)現(xiàn)，結(jié)果克里特島長(zhǎng)期被圍，海港康迪亞（今伊利克利翁）1669年陷落。死后 克雷芒十世繼承宗座。