薩摩藩武士井上七郎的長男。幼名直八。與同郷的井上良智海軍中將是親戚，與長州藩出身的井上馨沒有關(guān)系。

文久3年（1863年）8月爆發(fā)薩英戰(zhàn)爭，井上良馨初次參戰(zhàn)，被彈片貫穿左腿，負重傷。

慶應(yīng)4年（1868年）擔任“春日艦”的小頭，參加戊辰戰(zhàn)爭。在明治新政府中，井上的經(jīng)歷與伊東祐亨非常相似。日清戰(zhàn)爭中，伊東祐亨戰(zhàn)功卓著，兩人又幾乎同時晉升。新制度制定后，井上良馨任“龍驤”號中尉軍官，明治5年（1872年）任“春日號”艦長。他贊成西郷隆盛的征韓論。在擔任“春日號”艦長期間，鎮(zhèn)壓佐賀之亂、出兵臺灣。

明治7年（1874年）10月，井上良馨遷任“云揚號”艦長，次年3月被派往朝鮮，威脅李氏朝廷，9月15日，炮擊江華島炮臺，并攻占炮臺，被稱為江華島事件。此后歸國回長崎向川村純義中將報告。

同年10月任“清輝號”艦長，期間參加西南戰(zhàn)役。從明治12年（1879年）歷任“東號”、“淺間號”、“扶桑號”艦長，明治15年（1882年）6月晉升為大佐。明治17年（1884年）2月至10月間，擔任海軍省軍事部次長。明治20年（1887年）被封為男爵。明治25年（1892年）12月晉升中將。日清戰(zhàn)爭勝利后，井上進為子爵，擔任西海艦隊司令長官。此后歷任軍務(wù)局長、參謀本部海軍部長，軍銜升至大將。明治44年（1911年）被授予元帥府元帥。昭和4年（1929年）3月22日85歲（虛歲）時去世。

慶応04(1868).01二等士官春日佔?/p>

明治04(1871).03龍驤佔?/p>

明治04(1871).05海軍中尉

明治04(1871).07.23海軍大尉

明治05(1872).07龍驤副長

明治05(1872).10.24海軍少佐

明治05(1872).11.15春日艦長

明治07(1874).10.14免

明治07(1874).10.20云揚艦長

明治08(1875).10.15清輝艦長

明治08(1875).12.15高雄丸船長

明治09(1876).03.22清輝艦長

明治09(1876).04.04海軍中佐

明治12(1879).08.19東艦長

明治13(1880).06.14淺間艦長

明治15(1882).06.06海軍大佐

明治15(1882).08.20扶桑艦長

明治15(1882).10.23扶桑艦長/淺間艦長

明治16(1883).01.11扶桑艦長

明治17(1884).02.08海軍軍事部次長

明治17(1884).12.20金剛艦長

明治19(1886).01.06扶桑艦長/常備小艦隊參謀長

明治19(1886).01.29海軍省軍務(wù)局次長/海軍省軍務(wù)局將校課長

明治19(1886).06.15海軍少將

明治19(1886).06.17海軍省軍務(wù)局長

明治19(1886).08.20海軍省軍務(wù)局長/將官會議議員

明治20(1887).05.24男爵

明治21(1888).08.16海軍省軍務(wù)局長/海軍大學校長/將官會議議員

明治22(1889).03.08海軍省第一局長/將官會議議員

明治22(1889).03.15海軍省第一局長/將官會議議員/海軍大學校長

明治22(1889).05.15常備小艦隊司令官

明治22(1889).07.29常備艦隊司令長官

明治24(1891).06.17海軍參謀部長/將官會議議員

明治25(1892).12.12海軍中將佐世保鎮(zhèn)守府司令長官

明治26(1893).05.20橫須賀鎮(zhèn)守府司令長官/將官會議議員

明治28(1895).02.16西海艦隊司令長官

明治28(1895).11.16常備艦隊司令長官

明治29(1896).02.26呉鎮(zhèn)守府司令長官

明治33(1900).05.20橫須賀鎮(zhèn)守府司令長官/將官會議議員

明治34(1901).12.24海軍大將

明治37(1904).01.14橫須賀鎮(zhèn)守府司令長官/軍事參議官

明治38(1905).12.20軍事參議官

明治40(1907).09.21子爵

明治44(1911).10.31元帥

昭和04(1929).03.22従一位大勲位歿(85)