馬得功初仕明朝，官至總兵。順治二年（1645年）六月，清朝豫親王多鐸進軍江南，南明弘光帝朱由崧由南京倉皇逃往蕪湖。當時馬得功早已對嚴重內(nèi)訌、茍且偷安的南明小朝廷失去信心，他與另一位總兵田雄捉住朱由崧和他的妃子投降清朝[1] ，多鐸命令馬得功擔任原官職隨軍征伐。不久，授任鎮(zhèn)江總兵，隸屬漢軍鑲黃旗。

當時江寧初定，南明瑞昌王朱誼泐（一作朱誼氻）占據(jù)花山、龍?zhí)吨�間。順治三年（1646年）九月，朱誼泐圖謀攻取江寧， 但因事情泄露，于是逃往鎮(zhèn)江。馬得功率軍抓獲朱誼泐，并將其斬殺。  不久，馬得功因招收盜賊入伍，而遭到降職。

順治四年（1647年），大學士洪承疇奏請朝廷，讓馬得功擔任其副將。不久，馬得功跟隨浙閩總督張存仁征剿福建建寧、邵武地區(qū)的山賊，攻克松溪、政和、建陽、崇安、光澤等縣，隨即奉命駐守松溪。后攻克慶元、永春、德化等縣。

順治六年（1649年），馬得功升任福建右路總兵，加任都督僉事。同年，馬得功攻克南安，擊敗海盜林忠。不久，馬得功捕獲興化、仙游、惠安諸縣的海盜鄭丹國等人。

當時鄭成功占據(jù)廈門。福建巡撫張學圣偵察到鄭成功剛出兵，于是命令馬得功率軍進攻廈門，將其攻克。鄭成功回軍援救，再次奪回廈門，繼而包圍漳州，攻破海澄。馬得功退守泉州，與固山額真金礪會合解除漳州之圍。朝廷因馬得功起初攻克廈門時，貪取財物，使得鄭成功有機可乘，讓廈門得而復失，于是下令將他逮捕治罪。不久之后，朝廷再次赦免馬得功。

順治十一年（1654年），朝廷追敘馬得功以前的功勛，賞賜給他一品頂帶，讓他出鎮(zhèn)泉州，擔任泉州總鎮(zhèn)府總兵。馬得功向朝廷陳述，自己與田雄同降清朝，請求引用田雄的先例賜封世襲爵位，于是朝廷賜封馬得功為一等精奇尼哈番，加任都督同知。

順治十三年（1656年），馬得功升任福建提督。當時鄭成功占領(lǐng)閩安，此前十多年間，閩安形勢呈半明半清狀況。閩安是福建要地，鄭成功把閩安作為反清復明、收復臺灣的戰(zhàn)略基地，增修城垣，層柵峻壘，構(gòu)筑炮臺，防固周密。并在鎮(zhèn)外添筑崇新寨等五寨，旌旗相望，表里聲援，毀橋斷路，遇險設(shè)奇。水面上則東倚瑯岐，西附羅星塔，舟艦鱗集，隨潮呼應(yīng)，聚集兵力十萬余、戰(zhàn)船數(shù)千艘，扼守閩安。

同年，林忠再次占據(jù)永春、德化、尤溪、大田等縣，福建巡撫宜永貴命令馬得功率軍前往討伐。馬得功剛剛出兵，鄭成功就派兵從閩安進攻會城，馬得功率軍返回，與會城士兵夾擊鄭成功軍，解除會城之圍。

順治十四年（1657年）八月，鄭成功主力進攻臺州，閩安守御力量單薄，僅有弱兵五千余人。朝廷派馬得功與固山額真圖賴、浙閩總督李率泰、福建巡撫劉漢祚等人合兵攻打閩安，清軍水陸并進，晝夜攻擊，接連攻破七城 ，于是攻克閩安。 當時，鄭成功屢次前來進犯，馬得功都率軍將其擊退。

順治十五年（1658年），馬得功為防止鄭成功卷土重來，便在閩安城廢墟之上，率部大興土石，大規(guī)模地構(gòu)筑閩安石頭城。城墻周長332丈，沿江岸而建。閩安城里街、協(xié)臺衙門、城隍頂總炮臺皆在城墻內(nèi)。城墻四周每隔10米設(shè)立炮位，故亦稱閩安炮城，非常威武壯觀。

順治十八年（1661年），進封三等侯。

康熙元年（1662年），朝廷將福建沿海地區(qū)的居民前往內(nèi)地，馬得功擊敗阻止居民內(nèi)遷的海盜。

康熙二年（1663年），朝廷大軍進攻廈門，當時馬得功率領(lǐng)水軍隨征，并且攻克烏沙。恰逢南風忽起，鄭軍乘風攻上戰(zhàn)船，馬得功奮力作戰(zhàn)，最終陣亡。李率泰將馬得功陣亡的消息奏報朝廷，朝廷進封馬得功為一等侯，謚號襄武。 由其子馬三奇繼承爵位。乾隆十四年（1749年），朝廷確定各侯、伯的封號，以馬得功為順勤侯。

馬得功是清初著名戰(zhàn)將，功勛卓著，為安定東南沿海、確立閩安軍事重鎮(zhèn)地位，做出重大貢獻。

趙爾巽等《清史稿》：“而定國、夢庚、雄輩及他諸降將，皆襲封如故。”[

《清史稿·卷四·本紀四》

《清史稿·卷二百四十八·列傳三十五》

兒子：馬三奇，襲封一等順勤侯，官至潮州總兵。

時鄭成功據(jù)廈門。巡撫張學圣诇成功方出，令得功攻廈門，克之。成功還救，復陷。遂圍漳州，破海澄。得功退守泉州，與固山額真金礪會師解漳州圍。以得功初克廈門貪取財物為成功所乘，命逮治，援赦免。十一年，敘前功，賜一品頂帶，出鎮(zhèn)泉州。得功自陳與田雄同降，援雄例乞世職，授一等精奇尼哈番，加都督同知。十三年，擢福建提督。林忠復據(jù)永春、德化、尤溪、大田諸縣，巡撫宜永貴令得功率師討之。師行，寇自閩安逕攻會城，得功引師還，與城兵夾擊，圍解。十四年，與浙閩總督李率泰等合兵克閩安，成功屢內(nèi)犯，得功擊卻之。十八年，進三等侯。