1941年參與指揮了對晉察冀邊區(qū)及冀東、冀中地區(qū)的大“掃蕩”。1942年參與了冀中“五一大掃蕩”的作戰(zhàn)指揮。同年八月一日，晉升為陸軍少將，同時擔任華北方面軍第一軍第六十九師團步兵第五十九旅團旅團長。1943年7月10日至31日，率部參加第一、第十二軍聯(lián)合組織的太行作戰(zhàn)，企圖殲滅中國軍隊第二十七、第四十、第四十五軍及預備第八師等部約三萬余人，未果。同年十月二日至十二月上旬，參加了對太岳地區(qū)的掃蕩。1944年4月18日，木村千代太率部參加“河南會戰(zhàn)”。1944年6月11日凌晨，木村千代太在一次轉移途中，于河南省虢略鎮(zhèn)附近踏響地雷，被炸身亡。死后，追晉陸軍中將。

本村千代太和下面的橫山武彥兩個是陸士25期同期同學，兩個人都是1944年6月11日這一天斃命的。一個死在河南，另一個死在浙江。戰(zhàn)死時還都是少將旅團長，死后特晉中將�？芍^機緣巧合。本村千代太據(jù)稱是在河南靈寶會戰(zhàn)中被地雷炸死的。