1876年（明治9年）12月27日，大谷光瑞生于京都府， 凈土真宗本愿寺派第21世法主大谷光尊（明如上人）的長子。1885年（明治18年），9歲的大谷光瑞 得度為僧。得度，是中日佛教僧侶剃度出家的儀式，入 僧籍后免除勞役、納稅、兵役。1886年（明治19年）上京，進(jìn)入教育華族子弟的學(xué)習(xí)院學(xué)習(xí)，后進(jìn)入啟蒙思想家尺振八（舊幕臣、洋學(xué)家、教育家）創(chuàng)辦的共立學(xué)舍英學(xué)校學(xué)習(xí)�；氐骄┒己�，師從佛教學(xué)者前田慧云（本愿寺派僧侶、 東洋大學(xué)· 龍谷大學(xué)校長）。

學(xué)習(xí)院畢業(yè)后，大谷光瑞留學(xué)歐洲。1898年（明治31年） 攝關(guān)家 九條家的九條籌子結(jié)婚，籌子是 從一位· 左大臣·藤 氏長者 九條道孝的女兒，當(dāng)時(shí)的 太子妃，未來的 貞明皇后九條節(jié)子的姐姐，大谷光瑞與 大正天皇結(jié)為 連襟，大谷家也因此成為 皇親國戚。

大谷光瑞自1899年起赴 倫敦游學(xué)三年。1899和1906年兩次來中國游歷考察，1899年（明治32年）1月，大谷光瑞借“尋佛教之根”，用了4個(gè)半月的時(shí)間，訪問了中國的15個(gè)城市。1900年1月，以調(diào)查佛教遺址為名訪問了印度。1901年又考察了英、德、法、俄、瑞典等國家，接觸了以探險(xiǎn)為名掠奪中國文物而出名的“學(xué)者”、“名人”，如萊博、海蒂因、斯坦因等，參觀了各國博物館，看到了各國探險(xiǎn)隊(duì)從中國掠奪的大批文物珍寶，十分眼熱。特別是對斯坦因等中亞探險(xiǎn)的收獲，感到震撼。于是，他就步自十九世紀(jì)末葉開始的、以掠奪中國文物為目的的中亞探險(xiǎn)熱之后塵，組建了一支有別于歐洲人的探險(xiǎn)隊(duì)。歐洲各國探險(xiǎn)隊(duì)均為基督教徒，而他的探險(xiǎn)隊(duì)清一色是佛教徒；歐洲人探險(xiǎn)僅限于中亞（即我國新疆），而他的視野不僅局限于中亞，而是泛蓋西域，即中國的西北地區(qū)。

1902年（明治35年）為了作為教團(tuán)活動(dòng)之一環(huán)的西域探險(xiǎn)，前往印度，發(fā)掘調(diào)查 佛跡。經(jīng)過一整年的持續(xù)調(diào)查，1903年（明治36年）1月14日清晨，在 比哈爾邦 王舍城的郊外通過觀察被旭日朝陽照射判斷 靈鷲山的位置，與 玄奘 三藏法師的記錄表達(dá)的一致，因此斷定便是佛典所記載的靈鷲山，從而解開了釋迦牟尼的靈鷲山的方位之謎，使這座湮沒了六百多年的佛教圣山重新展現(xiàn)于世。

1903年（明治36年）1月18日，父親大谷光尊圓寂，大谷光瑞歸國繼任凈土真宗本愿寺派管長、 西本愿寺住持，并承襲伯爵爵位。1904年（明治37年）繼續(xù)開展探險(xiǎn)、調(diào)查活動(dòng)，在中亞、新疆、 克什米爾（ 巴基斯坦）、 犍陀羅（今天的阿富汗）、印度等地。這就是所謂的 大谷探險(xiǎn)隊(duì)（第一次）。

1902年（明治35年）8月至1914年（大正3年）5月，大谷光瑞先后三次親率或派遣渡邊哲雄、 橘瑞超、野村榮三郎等人帶領(lǐng)“大谷探險(xiǎn)隊(duì)”，深入中國西北地區(qū)進(jìn)行探險(xiǎn)考查。三次探險(xiǎn)的隊(duì)員共有18人，歷時(shí)5年零11個(gè)月（第一次23個(gè)月、第二次18個(gè)月，第三次兩年半時(shí)間），行程一萬八千公里，足跡遍布我國新疆、內(nèi)蒙古、甘肅、青海、寧夏等40余座城鎮(zhèn)，294個(gè)佛跡點(diǎn)。名為探險(xiǎn)，實(shí)為掠奪。“大谷探險(xiǎn)隊(duì)”通過亂挖、亂掘和切割等破壞手段，大量地竊取、掠奪我國地上地下文物寶藏。如在吐魯番的哈斯萊尼河右岸洞窟中，一次就竊取壁畫8幅。他們還以古董販子身份出現(xiàn)，雇用當(dāng)?shù)乩习傩�，誤導(dǎo)慫恿隨意地亂挖亂掘，使大批古墓、古遺址遭受嚴(yán)重破壞�！按蠊忍诫U(xiǎn)隊(duì)”的瘋狂盜掘，使我國西北地區(qū)的文物古跡，遭到了有史以來最大的一場破壞與洗劫，其損失是無法挽回的。“大谷探險(xiǎn)隊(duì)”三次探險(xiǎn)，到底竊取掠奪我國的文物有多少，沒有確切的統(tǒng)計(jì)數(shù)字，僅第三次探險(xiǎn)有記載，共竊取文物86箱，重達(dá)6731公斤，其中在吐魯番竊取的文物就有70箱之多。大谷光瑞本人稱所竊取的文物“在時(shí)代上可上溯至六朝，在種類上也多種多樣，頗為豐富”，“出土文物予以區(qū)分的話有佛典、經(jīng)籍、史料、西域文字的文書、繪畫、雕塑、染織、刺繡、古錢、印本等。”

作為本愿寺法主，大谷光瑞致力于教團(tuán)的 近代化， 日俄戰(zhàn)爭時(shí)向前線派遣大量從軍布教使，傳經(jīng)布道，鼓舞士氣。并積極推進(jìn)在日本海外的傳教活動(dòng)。1908年（明治38年），在 神戶 六甲山麓 岡本由盟友 伊東忠太（ 建筑家）設(shè)計(jì)營造的 伊斯蘭風(fēng)格的別墅“二樂莊”，整理并公開展示從中亞·西域掠奪、竊取的文物資料。設(shè)置英才學(xué)校（今 甲南大學(xué)理學(xué)部）、園藝實(shí)驗(yàn)場、測候所、印刷所，作為文化活動(dòng)的據(jù)點(diǎn)。此外，編纂《 佛教大辭匯》三冊（后擴(kuò)大為七冊）亦頗為學(xué)界所稱譽(yù)。1913年（大正2年），大谷光瑞會(huì)見了 孫中山先生，在孫中山的推薦下出任 中華民國政府最高顧問。

1914年（大正3年）5月，因管理不善，財(cái)政松懈，僧侶貪污腐�。ń虉F(tuán)疑獄事件），以及探險(xiǎn)耗資巨大，使西本愿寺財(cái)政出現(xiàn)嚴(yán)重危機(jī)，大谷家背負(fù)了巨額債務(wù)，大谷因此受到譴責(zé)與指控，被迫辭掉教團(tuán)法主和伯爵爵位，傳位于長子大谷光照，此后隱居。離開神戶時(shí)，大谷光瑞將古寫經(jīng)類、十具木乃伊、雕刻等七千余件文物及兩萬冊藏書帶到中國，其余的大部分移交給“ 朝鮮總督府”，成立朝鮮總督府博物館（今韓國首爾中央博物館）一部分贈(zèng)送給日本京都博物館（后轉(zhuǎn)給東京國立博物館）、龍谷大學(xué)，以及日本各美術(shù)館；還有一部分文物賣給古董商，賺取了大量不義之財(cái)。運(yùn)回中國的文物，收藏于大連和旅順的“大谷文庫”。隱退后，大谷光瑞繼續(xù)從事文化活動(dòng)，1916年（大正5年）至1917年（大正6年），由 滿鐵出面和資助，大谷在大連刊行了《含秀居叢書》。1918年（大正7年）4月在旅順開辦培養(yǎng)年輕世代人材的策進(jìn)書院。1919年（大正8年）發(fā)起“光壽會(huì)”，以翻譯佛典原著（ 梵文記述）。1921年（大正10年）又在上海開設(shè)策進(jìn)書院。1922年（大正11年）創(chuàng)刊主編了佛教刊物《 大乘》月刊，弘揚(yáng)其所謂的佛教思想。

大谷光瑞在中國、 南洋、土耳其等地經(jīng)營農(nóng)業(yè)，并長期留住中國，在上海郊區(qū)興建無憂園，設(shè)置電臺(tái)，從事諜報(bào)活動(dòng)。1933年（昭和8年）移居大連，建鋼盔之家，利用其在佛教的地位和影響，積極支持軍部的活動(dòng)。他以旅順、大連為基地，輾轉(zhuǎn)往來與上海、青島、北京、臺(tái)灣、朝鮮、日本等地，從事配合日本侵華政策的所謂“學(xué)術(shù)譯著”、“宗教研究”、“考察”的政治活動(dòng)。大谷光瑞力主對華采取強(qiáng)硬措施。日本發(fā)動(dòng)侵華戰(zhàn)爭后，大谷光瑞又擔(dān)任大東亞建設(shè)審議會(huì)委員等重要職務(wù)，充當(dāng)了為日本殖民當(dāng)局推行侵略、擴(kuò)張、掠奪政策服務(wù)的先鋒人物。

1925年（大正14年）以后，大谷光瑞的活動(dòng)配合日本帝國主義侵華的政治色彩更為突出。1932年，偽滿洲國成立后，大谷偕井上德命前往“視察”。之后，出版了《滿洲國的未來》一書，直言“滿洲必須在日本的保護(hù)下培育發(fā)展”，侵略與掠奪的思想充斥全書。1938年（昭和13年），大谷針對“ 七七事變”后的時(shí)局，發(fā)表了《中國事變后對策》，極力主張擴(kuò)大侵華戰(zhàn)爭。1939年（昭和14年）至1941年（昭和16年），主編出版了《大谷光瑞興亞論叢》《大谷光瑞興亞計(jì)劃》，鼓吹“南進(jìn)”論，為日本帝國主義的侵略效力。

1940年（昭和15年）10月3日被第二次 近衛(wèi)文麿內(nèi)閣增補(bǔ)為內(nèi)閣參議，參與籌劃內(nèi)閣交付的重要國務(wù)，雖非內(nèi)閣閣員，但享受國務(wù)大臣之禮遇。1941年（昭和16年）10月18日第三次近衛(wèi)文麿內(nèi)閣總辭職，內(nèi)閣參議亦隨之集體辭職。但全體參議的辭表直到 東條英機(jī)內(nèi)閣上臺(tái)后的1941年（昭和16年）10月22日才被正式受理。1944年（昭和19年）10月28日被 小磯國昭內(nèi)閣委任為內(nèi)閣顧問，賜親任官待遇，協(xié)助內(nèi)閣總理大臣運(yùn)營國政、參贊樞機(jī)。

1945年（昭和20年）因患 膀胱癌入院治療，日本戰(zhàn)敗投降后被蘇軍扣留，滯留大連，寄住 大和旅館（今 大連賓館），直到1947年（昭和22年）才被蘇聯(lián)占領(lǐng)當(dāng)局允許回國，1948年（昭和23年）10月5日于 大分縣 別府市 示寂，享壽73歲。

大谷光瑞生前除二樂莊外，還設(shè)有大連浴日莊、上海無憂園、臺(tái)灣高雄 逍遙園、印度尼西亞 環(huán)翠山莊、耕云山莊等別莊�，F(xiàn)在的須磨離宮公園所在用地，是1907年（明治40年）宮內(nèi)省在買入的原大谷光瑞別邸及土地的基礎(chǔ)上改建的舊武庫離宮（須磨離宮）。作為替代，大谷光瑞將二樂莊遷建在了 神戶市岡本町。二樂莊本館的建設(shè)宏大、華麗，耗資17萬日圓，二樂莊總占地面積24萬6000坪。建成后，被譽(yù)為“本邦無二の珍建物”，報(bào)紙以“光瑞法王與二樂莊”、“天王臺(tái)の大觀”為題連載報(bào)道。大谷光瑞為此傾注了全部精力，將其打造為推進(jìn) 英才教育和建筑、園藝、西域探險(xiǎn)的調(diào)查、研究，主導(dǎo)教團(tuán)近代化的大本營。昭和7年（1932年）10月18日，二樂莊在一場原因不明的火災(zāi)中被燒毀。

與其它各國如斯文·赫定、斯坦因、伯希和、俄登堡等考察團(tuán)不同，大谷探險(xiǎn)隊(duì)的人員構(gòu)成本身不是學(xué)者，更是對考古學(xué)一竅不通，而且他們考察的范圍也過于廣泛，他們所發(fā)掘的東西由于沒有很好的記錄，也不是科學(xué)發(fā)掘所得，加上很大程度上是以盜寶為目的進(jìn)行的，因此資料意義與價(jià)值大大降低，對古跡古物造成了嚴(yán)重的破壞。大谷先后組織過3支探險(xiǎn)隊(duì)，在中國掠奪走了數(shù)以十萬計(jì)的珍貴文物，這些文物多數(shù)是通過大連港登船運(yùn)往日本，其中占比重最大的當(dāng)數(shù)漢籍圖書與碑拓。據(jù)說這些圖書中僅孤本、珍本就多達(dá)數(shù)千冊，而總數(shù)則超過40000冊。

1902 年8月，大谷光瑞一行4人從倫敦出發(fā)，經(jīng)俄撒馬爾罕入境。在塔什庫爾干分為兩路，大谷光瑞率本多惠隆、進(jìn)上弘圓翻越明鐵蓋達(dá)坂，到達(dá)今巴基斯坦吉爾吉特、印度斯利那加。渡邊哲信、堀賢雄兩人沿絲綢之路南道，跨越 塔克拉瑪干沙漠，進(jìn)入 和田，在 庫車一帶、 克孜爾千佛洞等地進(jìn)行了4個(gè)月的考察。1908年6月，野村榮三郎和橘瑞超從北京出發(fā)，穿越蒙古進(jìn)入準(zhǔn)噶爾盆地，調(diào)查吐魯番周圍遺跡。次年2月，兩人在庫爾勒分手，野村榮三郎在庫車周圍進(jìn)行盜掘、調(diào)查，然后經(jīng)阿克蘇到達(dá)喀什；橘瑞超則進(jìn)入 羅布泊，并在 樓蘭發(fā)現(xiàn)了著名的《 李柏文書》，然后沿南道經(jīng) 若羌、和田抵達(dá)喀什。兩人會(huì)合后翻越喀喇昆侖山口進(jìn)入印度河畔的列城，歷時(shí)18個(gè)月。1910 年8月，橘瑞超從倫敦出發(fā)，從俄國入境至塔城，經(jīng)烏魯木齊、吐魯番，再次進(jìn)入樓蘭遺址，然后又從且末北上橫穿塔克拉瑪干沙漠到庫車，經(jīng)喀什、和田進(jìn)入西藏北部，再取道且末、若羌抵達(dá)敦煌；在敦煌與吉川小一郎會(huì)合，1912年2月離開敦煌，經(jīng)哈密至烏魯木齊。橘瑞超赴俄國，取道西伯利亞鐵路回國。吉川小一郎在吐魯番又進(jìn)行了發(fā)掘，在喀什、和田調(diào)查了佛教遺跡，然后沿和田河北上，穿越塔克拉瑪干沙漠到達(dá)阿克蘇，還翻越天山到伊寧一帶進(jìn)行了考察。 大谷探險(xiǎn)隊(duì)的3次考察活動(dòng)，其收獲結(jié)集為《西域考古圖譜》、《新西域記》等書。其他著作則收錄于《大谷光瑞全集》中。

大谷光瑞著有《大谷光瑞全集》（全13卷）、《對華橫議：并海外投資論》、《中國事變與我國民之覺悟》、《無量光如來安樂莊嚴(yán)經(jīng)：梵語原本國譯》、《 妙法蓮華經(jīng)講話》、《 般若波羅密多心經(jīng)講話》、《極樂莊嚴(yán)：大無量壽經(jīng)義疏》、《 第一義諦》、《維摩經(jīng)講話》、《佛教大意》、《佛教的要諦》、《 佛說阿彌陀經(jīng)講話》、《慨世余言》、《光瑞縱橫談》、《放浪漫記》、《無題錄》、《最近的歐洲》、《印度地志》、《濯足堂漫筆》、《隨筆百則》、《現(xiàn)下之國際情勢》、《中華民國新首都與海港》、《中國之現(xiàn)狀》、《中國之將來》、《中國的將來與日本帝國的使命》、《支那論》、《立足大陸》、《中國之國民性》、《臺(tái)灣島之現(xiàn)在》、《國產(chǎn)之愛用》、《帝國之危機(jī)》、《帝國之前途》、《現(xiàn)下之時(shí)局的研究》、《滿洲國之將來》、《南洋聯(lián)絡(luò)鐵道計(jì)劃》、《食》、《花》、《熱帶農(nóng)業(yè)》、《觀世音菩薩》、《大勢逆行論》、《 荷屬東印度地志》、《全國民訴求》、《國民之自覺》、《危險(xiǎn)思想論》、《世間非世間》、《絲綢之路探險(xiǎn)：大谷探險(xiǎn)隊(duì)》、《觀光都市建設(shè)私案》等。

大谷光瑞和 斯文·赫定、 阿爾伯特·馮·勒柯克等人同為英國皇家地理學(xué)會(huì)成員，其藏品在中亞研究中具有很高的史料價(jià)值。