如前述，有觀點認為藤原不比等實際上并不是藤原鐮足之子，而是天智天皇的私生子�！豆�卿補任》關(guān)于藤原不比等的部分，記載有“有傳言說實際上是天智天皇的皇子，內(nèi)大臣大職冠鐮足的次子一名史，母親是車持國子君之女、與志古娘也、車持夫人”�！洞箸R》中記載了天智天皇在懷孕的女御發(fā)還給中臣鐮足之際，說“生下的孩子如果是男孩，就給他作兒子，如果是女孩，就是朕的”的傳說（實際上是男子=藤原不比等的出生）�！兜弁蹙幠暧洝贰蹲鸨胺置}》等有同樣的記載。到了平安時代，這個傳說被認為有相當?shù)目尚判�，《竹取物語》中，向輝夜姬求婚的5個貴公子中，有一個車持皇子的原型就是藤原不比等。車持皇子的名字意味著母親是車持氏出身的皇子。在歷史學(xué)者之間，認為藤原不比等是皇子的很少。但如果藤原不比等是皇子的話，其后藤原不比等出人頭地的特例也就說得通了，可以作為天武天皇、持統(tǒng)天皇兩朝皇親政治（由天智、天武系皇子就任朝廷的要職，掌管政治中樞的政治形態(tài)）的延伸，也有從這個角度出發(fā)，認同藤原不比等是皇子的學(xué)者。

　　藤原不比等11歲時，父親藤原鐮足去世。雖然藤原鐮足生前的政治立場傾向于近江朝，但壬申之亂之時，藤原不比等才只有13歲，與交戰(zhàn)的兩方都沒有關(guān)系。在戰(zhàn)后，藤原不比等即沒有作為近江朝的一方受到處罰，也沒有作為天武朝的一方受到獎勵。但是，以中臣金為首的藤原鐮足的同族（中臣氏）中的實力派都作為近江朝遷的要人，受到了處罰，在天武朝的時代，中臣（藤原）氏被從朝廷中樞掃了出去。沒有強力后臺的藤原不比等只能從下級官僚做起。

　　因為藤原不比等在697年有擁立草壁皇子之子輕皇子（文武天皇）即位之功，并作為文武天皇的保護人而登上了政治的前臺。由于縣犬養(yǎng)三千代的丈夫美努王前往九州擔任太宰師，讓縣犬養(yǎng)三千代獨守空閨，得以相近長期把持天皇的寵臣藤原不比等。藤原的正室也過世，因此二人有了親密發(fā)展，并進而共同謀策政治行動。而且藤原不比等在后宮的縣犬養(yǎng)三千代（譯者注：文武天皇的乳母）的幫助下，加深了和皇室的關(guān)系，將女兒藤原宮子嫁給了文武天皇，生下首皇子（圣武天皇）。之后藤原不比等與縣犬養(yǎng)三千代生的女兒藤原光明子又進一步嫁給了圣武天皇。另外藤原不比等在尚未與橘三千代往來前即有四個兒子，也都因縣犬養(yǎng)三千代的關(guān)系及影響力而能擔任朝廷高官。雖然縣犬養(yǎng)三千代生前深獲持統(tǒng)、文武、元明等三朝天皇之寵，然而最重要的是就此她與藤原不比等的臣民血緣、血統(tǒng)流入了皇室、皇宗。藤原光明子在藤原不比等死后，借助藤原不比等的兒子們藤原四兄弟（譯者注：藤原南家之祖藤原武智麻呂、藤原北家之祖藤原房前、藤原式家之祖藤原宇合、藤原京家之祖藤原麻呂）之力，成為光明皇后，開了日本歷史上人臣皇后的先例（譯者注：以前的皇后，必須出身皇族）。

　　遷都平城京之際，藤原不比等把藤原氏的家寺由山階寺轉(zhuǎn)移到奈良的興福寺（譯者注：興福寺是世界文化遺產(chǎn)之一）。700年（文武四年）參與撰修《大寶律令》。歷任大納言、右大臣，盡力于律令政治的實施。718年（養(yǎng)老二年）被推為太政大臣，固辭未就。之后正要進行養(yǎng)老律令的編纂之時于720年病故，養(yǎng)老律令的編纂暫時中止。

　　藤原不比等和他的兒子藤原四兄弟，鞏固了藤原氏繁榮基礎(chǔ)的同時，也創(chuàng)造了藤原氏第一個黃金時代。

　　720年10月23日 贈正一位太政大臣，贈謚文忠公、淡海公