攝政期間，丹麥得到了飛速發(fā)展，當時海洋上的商船，除了掛英國國旗的之外，就數(shù)掛丹麥-挪威國旗的最多。在內(nèi)政方面，他宣布解放農(nóng)奴，外交方面則經(jīng)歷了對英戰(zhàn)爭等重大事件。1800年，英國為了對法國作戰(zhàn)，企圖使丹麥卷入，禁止丹麥-挪威商船進入法國和法屬領地港口，甚至將丹麥-挪威商船連人帶貨扣押起來。弗雷德里克（當時為王太子）反應強烈，和俄羅斯帝國、普魯士王國共同宣布武裝中立。1801年，英國要求丹麥退出武裝中立同盟，遭到拒絕，英國派霍雷肖·納爾遜進攻丹麥，給予丹麥艦隊重創(chuàng)。此后權衡國際局勢，弗雷德里克決定如果中立無法維持下去就和英國結盟。但是英國出于“凡事都要搶先一步”的考慮，于1807年派出龐大的艦隊來到丹麥，要求丹麥交出全部海軍。弗雷德里克表示愿意同英國結盟，但是英國仍然堅持沒收丹麥海軍的要求。9月2日，英軍炮轟哥本哈根，繳獲丹麥全部艦隊。

1808年，丹麥同拿破侖結盟。此年弗雷德里克正式即位，此前已經(jīng)以王太子身份攝政了24年。丹麥加入了反法聯(lián)盟，1810年，法國的貝爾納多特元帥成為瑞典王儲，之后瑞典拋棄法國，加入反法同盟。在反法同盟的支持下，1814年瑞典從丹麥手中奪得了挪威。挪威人則希望獨立，并選舉了弗雷德里克六世的堂弟克里斯蒂安·腓特烈為挪威國王，但是不久即被瑞典征服。1814年，與瑞典簽訂《基爾條約》，把挪威割讓給瑞典，結束了丹麥和挪威多個世紀的聯(lián)合。失去挪威之后，腓特烈放棄了擔任執(zhí)政時的開明思想，改行保守的獨裁統(tǒng)治，審查和鎮(zhèn)壓反對勢力。此外，經(jīng)濟也大受打擊，至1830年代才稍有起色。1834年，他不得不進行輕微的民主改革，成立了地區(qū)性的咨詢議會。1839年，弗雷德里克六世去世，葬在羅斯基勒。他的兒子都早于他去世，故此他的丹麥王位由表弟克里斯蒂安八世繼承。