余登發(fā)于臺北高商本科畢業(yè)后，在1935年的州莊選舉中便當(dāng)選高雄楠梓協(xié)議會(huì)會(huì)員。在日本統(tǒng)治時(shí)期余登發(fā)曾經(jīng)發(fā)起罷免日本官派楠梓莊莊長的行動(dòng)，因而轟動(dòng)一時(shí)；臺灣由國民政府接管后，余登發(fā)于1947年出任高雄縣橋頭鄉(xiāng)第一任鄉(xiāng)長，并且于同年十二月當(dāng)選第一屆國大代表并參與在南京召開的制憲國民大會(huì)，而余登發(fā)的“國大代表”身份一直到1973年才被臺灣當(dāng)局取消。后來余登發(fā)于高雄水利會(huì)主任服務(wù)期間致力于地方水利建設(shè)并且捐獻(xiàn)私財(cái)建設(shè)地方，于1951年參選高雄縣長未能當(dāng)選。

　　1960年，余登發(fā)當(dāng)選高雄縣長，為第一位非國民黨籍的縣市長；余登發(fā)任內(nèi)開源節(jié)流，刪除國民黨高雄縣黨部之補(bǔ)助款以建設(shè)學(xué)校教室，在在獲得好評；但余登發(fā)卻因公地放領(lǐng)案，而于1963年被迫停職，并被以瀆職罪判處有期徒刑兩年，于1973年入獄。稍后，1974年余登發(fā)獲準(zhǔn)保外就醫(yī)。

　　余登發(fā)出獄之后，與不少“黨外”人士有所往來；1979年1月20日，余登發(fā)與其子余瑞言因?yàn)椤吧嫦訁⑴c匪諜吳泰安叛亂”罪名遭逮捕，（事實(shí)上吳泰安本人只是神棍乩童，在國外遭政府通緝，與政府交換條件將余誣陷成共產(chǎn)黨間諜才得回臺）引發(fā)社會(huì)反彈，許信良、張俊宏、林義雄、黃順興、邱連輝等黨外人士并且前往橋頭進(jìn)行示威抗議并聲援余登發(fā)父子，“立法委員”康寧祥等人也表示對余的起訴與判決不當(dāng)，但是余登發(fā)仍于4月因“知匪不報(bào)”與“為匪宣”被判處有期徒刑8年，褫奪公權(quán)5年。1980年余登發(fā)獲準(zhǔn)保外就醫(yī)。

　　余登發(fā)晚年居住于八卦寮自宅。1987年許信良返臺時(shí)，余登發(fā)曾經(jīng)前往中正國際機(jī)場支持。1989年9月13日余登發(fā)死于自宅臥室血泊中，法醫(yī)楊日松和魏契認(rèn)為是他殺，其他7位法醫(yī)認(rèn)為是意外，后來用投票表決通過是意外，推翻他殺之說，但真實(shí)原因仍爭議不決，如今仍是一樁懸宕已久的命案。

　　余登發(fā)開創(chuàng)了高雄縣的政治家族“余家班”，女婿黃友仁、兒媳婦余陳月瑛與長孫余政憲都曾經(jīng)擔(dān)任過高雄縣長，而且余政憲、余政道與余玲雅以及余政憲的妻子鄭貴蓮皆擔(dān)任過“立法委員”，余政憲更出任過“內(nèi)政部長”。其他受過余登發(fā)栽培的地方政治人物更不在少數(shù)；余家班不但是高雄縣重要的地方派系，也是民主進(jìn)步黨黨內(nèi)重要的地方派系。

　　1988年余登發(fā)曾經(jīng)出任中國統(tǒng)一聯(lián)盟名譽(yù)主席。余登發(fā)本人事實(shí)上并不特別支持統(tǒng)一或獨(dú)立，比較關(guān)心地方鄰里事務(wù)，只是在南京任國大代表任內(nèi)看到國民黨官員用金條賄選，因此退出國民黨，所以比較反國民黨而支持“黨外”勢力。