1907年由 北洋大學(xué)堂派送，遠(yuǎn)渡重洋，赴美留學(xué)，同行中還有馬寅初等人。到美后，馮熙運(yùn)先入哈佛法律系，畢業(yè)后考入芝加哥大學(xué)研究院，先后獲得法學(xué)學(xué)士和法學(xué)博士學(xué)位。1911年學(xué)成歸國(guó)，曾任 直隸省檢察廳檢察官，因不善于官場(chǎng)應(yīng)酬而辭職，轉(zhuǎn)而應(yīng)聘 北洋大學(xué)教書(shū)，與同為留美學(xué)習(xí)法律的趙天麟同事。趙天麟任 北洋大學(xué)校長(zhǎng)時(shí)，馮協(xié)助教育。1920年后，馮熙運(yùn)繼趙天麟之后出任 北洋大學(xué)校長(zhǎng)。

馮熙運(yùn)在職期間克己奉公，作風(fēng)嚴(yán)謹(jǐn)，建設(shè)了U形學(xué)生宿舍，并將施工公司退回的余款用于北運(yùn)河河岸上的植樹(shù)造林，東院北洋師生廣植桃林，成為后來(lái)有名的西沽 桃花堤。1924年，他因?qū)W運(yùn)造成矛盾激化而辭職。離開(kāi) 北洋大學(xué)后，馮熙運(yùn)出任開(kāi)灤礦務(wù)公司法律顧問(wèn)，同時(shí)兼任啟新洋灰公司、開(kāi)灤礦務(wù)局、耀華玻璃廠等八大企業(yè)的董事。晚年的馮熙運(yùn)潛心研究文史，收藏字畫(huà)、扇、硯，后遺囑子女將其藏書(shū)捐贈(zèng)給天津圖書(shū)館。