1894年，他剪去發(fā)辮表示抗清的決心，參加日知會。1905年，赴日本就讀警察學(xué)校，加入同盟會。陳天華為抗清投海，馮大樹于次年回國參加反清斗爭，被剝奪官費并遭通緝。歸國后參加萍、瀏、醴起義。起義失敗，無處藏身，應(yīng)好友馮特民之約相偕西行。抵伊犁后，始任警察提調(diào)，與馬凌霄（字騰云，河南回民）負責(zé)發(fā)動當(dāng)?shù)鼗孛衽c軍標(biāo)。1909年，他與楊纘緒等在寧遠城成功地組織了籌還國債大會。翌年，已籌措國債捐款逾萬。還兼任惠遠各校教習(xí)，利用講壇宣傳愛國思想，為消除民族間的歧視隔閡，進行了大量艱苦工作，獲得各族的同情和支持。伊犁起義的當(dāng)夜，率隊攻打副都統(tǒng)衙門。新伊大都督府成立后，任平政院長。2月24日平政院改稱參事院，仍任院長。新伊戰(zhàn)爭期間，留在伊犁主持日常事務(wù)，負責(zé)社會治安，督勸農(nóng)耕。塔城和議，為伊犁和談代表之一。新伊統(tǒng)一后，被委任為伊犁駐京代表。1912年10月，到達北京為伊犁請款，財政部總長周學(xué)熙將責(zé)任推給陸軍部。陸軍部次長蔣作賓熱情地將他介紹給總長段祺瑞，將伊犁請款事提交國務(wù)會議，仍無頭緒。伊犁也屢屢發(fā)電告急，無法維持地方財政。他又向袁世凱政府正式提出撤換新疆都督楊增新，袁世凱充耳不聞。1913年3月1日，被伊犁推舉為憲法委員。馮在北京期間，還作文在《民主報》、《大公報》等報刊上控訴沙俄侵華的暴行。袁世凱復(fù)辟帝制，其親信勸他贊成帝制，他大怒，痛斥袁氏竊國弄權(quán)，罪不容誅。袁欲殺馮，馮便再赴日本入明治大學(xué)。1916年，袁世凱暴死后，馮回國在北京法院工作。以后歷任九江、杭州等地檢察官。1926年遷居武昌，設(shè)立馮大樹律師事務(wù)所，從事律師活動。此時他曾掩護過共產(chǎn)黨人與進步人士。1927年，被委任為沔陽縣司法署主任。同年11月，因肺病死于任所。