清光緒二十九年(1903年)，畢業(yè)于廣東黃埔水師學堂第八屆駕駛班，出任大副。辛亥武昌起義，海軍歸附時，樹莊任“湖鷹”魚雷艇艇長。民國2年(1913年)，授中校，升上校，歷任“永翔”、“楚觀”艦長。

民國6年，轉任“通濟”艦長。民國9年，升任“應瑞”艦長。翌年，進少將銜。民國12年1月，升任練習艦隊司令兼閩江要塞司令。次年5月，以功晉升海軍中將。不久，任海軍閩廈警備司令。8月，江浙戰(zhàn)爭起，樹莊奉命率閩廈海軍艦隊和陸戰(zhàn)隊參加淞滬瀏河戰(zhàn)役，大獲全勝。9月，北京政府授予海軍副總司令、海軍中將、勝威將軍。10月，第二次奉直戰(zhàn)爭段祺瑞上臺，樹莊任海軍總司令。

民國16年3月14日，率領海軍官兵歸附國民革命軍，電令各艦易幟。北伐軍遂與海軍合作，攻下南京。蔣介石在南京成立國民政府，樹莊任國民政府委員、海軍總司令兼福建省政府主席、軍事委員會常務委員、海軍特別黨部主任委員。樹莊設總司令行營于福州，控制福州、廈門、莆田、仙游和福寧沿海各縣。民國18年4月，任海軍部部長。

1932年1月，楊樹莊終以多病，難勝繁務辭去海軍部部長一職，由陳紹寬繼任，自此專任福建省政府主席。楊樹莊改任海軍部高等顧問。1932年2月，以蔣光鼐替代了楊樹莊，組成新的福建政府。此后，楊樹莊轉任國民政府委員，閑居上海，靜心養(yǎng)病。12月，專任國民政府委員。

民國22年，十九路軍發(fā)動“福建事變”，樹莊任審核福建黨務委員。次年逝于上海，歸葬福州鼓山蓮花峰，終年52歲。

國民政府在其病逝后通令全國海軍下半旗志哀三日，并下褒揚令，稱其“十六年北伐之役，首率海軍，響應義師，促成統(tǒng)一，嗣任海軍部長，又主政閩省，寬猛得中，撫循著績”，舉行公葬典禮。

楊樹莊信仰佛教，素食念經，為鼓山涌泉寺一大施主。其書齋名“耕心”，珍貴書籍后多捐贈烏山圖書館。