1976年6月27日，一架法國航空公司的大型客機在雅典被4名巴勒斯坦人劫持到烏干達的恩德培機場，機上242名乘客中有107人為以色列人，他們被單獨軟禁在機場候機大樓內(nèi)作為人質(zhì)。劫機者要求以色列在規(guī)定時限內(nèi)將關(guān)押中的53名巴勒斯坦人送來烏干達進行交換，否則人質(zhì)將被處死。以色列為救出人質(zhì)，成立了以總理拉賓、國防部長佩雷斯為首的行動指揮部，然而由于烏干達距離以色列非常遠，若要秘密實施營救則需要經(jīng)過好幾個國家，且即便到了烏干達，營救者所面對的也不是幾個恐怖分子，而是一個國家的武裝力量，為了保證人質(zhì)安全，佩雷斯部長對外宣稱不考慮用武力解決此事，并通過外交途徑，由當時的烏干達總統(tǒng)阿明與恐怖分子斡旋，將處決人質(zhì)的時間延長了72小時，這給了以色列國防部爭取了時間，由步兵-傘兵司令肖姆隆擬制了代號為“雷霆行動”的軍事營救計劃。具體操作細節(jié)由約納坦本人制定，救援任務由以色列最精銳的特種部隊-搜偵隊負責實施（由于事關(guān)重大，此計劃是在飛機起飛時通過無線電告知救援隊）

4架以色列空軍的“C-130大力神”運輸機和2架波音707從以色列秘密起飛，以超低空飛行的方式，避開其他國家的雷達，并乘著夜色秘密降落在了恩德培國際機場。由于，約納坦上校曾經(jīng)應以色列國防部的指示去烏干達幫助訓練士兵，得知當時的總統(tǒng)阿明在出行時必定乘坐一輛黑色的梅塞德斯大奔，在烏干達國內(nèi)任何關(guān)卡只要見到此車隊必定放行，因此在執(zhí)行營救命令前，要求國防部給他準備一輛黑色的梅塞德斯和護衛(wèi)的幾輛吉普偽裝成總統(tǒng)車隊， 但是當車隊駛出運輸機，徑直駛往舊航站樓時。烏干達哨兵卻向車隊舉起了槍，約納坦誤以為雷霆行動遭到泄密，果斷用烏茲沖鋒槍向哨兵射擊，但未打中要害，此時另一名隊員用AK-47射殺哨兵。（實際上那是一種新的士兵向長官敬禮的方式，當時該哨兵只是將動作做了一半，另一半未能來的及做）由于該槍未曾安裝消音器，導致暴露目標，引來機場內(nèi)烏干達其他守兵，3組突擊隊員只能下車步行，冒著彈雨按預定方案分別撲向各自的目標，整個行動像事先演練得那樣流暢，10分鐘攻占候機大樓，20分鐘解救人質(zhì)，10分鐘檢查，12分鐘返回飛機。

“搜偵隊”特種部隊從第1架以色列飛機落地到返航的最后1架以色列飛機起飛，只有短短的59分鐘！4名劫機者被擊斃。還有一名人質(zhì)被誤認為是恐怖分子而被打死。在總共107名人質(zhì)中有一人死亡。在奇襲過程中，機場的烏干達部隊也向以色列特種部隊開火，以色列部隊的地面指揮官約納坦·內(nèi)塔尼亞胡上校殉職，而他也是這次行動中以色列軍隊唯一一名陣亡者。

為了紀念約納坦·內(nèi)塔尼亞胡上校，行動后被更名為“約納塔行動”。