孫慶祥先后主持“苧麻微生物脫膠技術(shù)研究”、“黃麻和紅麻微生物脫膠技 術(shù)研究”等課題，參加“低洼鹽堿地種植紅麻技術(shù)”、“紅麻短光照制種技術(shù)”、“中國黃麻紅麻種植區(qū)劃”等課題。主持研究的“苧麻細(xì)菌化學(xué)聯(lián)合脫膠技術(shù)”獲國家發(fā)明三等獎，參加研究的“紅麻短光照制種技術(shù)”和“全國化肥網(wǎng)試驗(黃麻試驗)”獲1978年全國科學(xué)大會獎，“中國黃麻紅麻種植區(qū)劃”、“全國農(nóng)業(yè)氣候資源和農(nóng)業(yè)氣候區(qū)劃研究”分別獲農(nóng)牧漁業(yè)部技術(shù)改進(jìn)二等獎和國家科技進(jìn)步一等獎。共計取得11項科研成果和3項專利。曾多次受聘農(nóng)業(yè)部、商業(yè)部、紡織部舉辦的麻類科技人員培訓(xùn)班授課，擔(dān)任亞太經(jīng)社會舉辦的國際黃麻脫膠培訓(xùn)班主講老師。主編了《麻類作物栽培》，參加編寫了《中國麻類作物栽培學(xué)》、《中國農(nóng)業(yè)百科全書·農(nóng)作物卷》麻類條目等3部著作，在各類刊物上公開發(fā)表學(xué)術(shù)論文51篇。培養(yǎng)碩士研究生1名。