孫慶祥先后主持“苧麻微生物脫膠技術研究”、“黃麻和紅麻微生物脫膠技 術研究”等課題，參加“低洼鹽堿地種植紅麻技術”、“紅麻短光照制種技術”、“中國黃麻紅麻種植區(qū)劃”等課題。主持研究的“苧麻細菌化學聯(lián)合脫膠技術”獲國家發(fā)明三等獎，參加研究的“紅麻短光照制種技術”和“全國化肥網(wǎng)試驗(黃麻試驗)”獲1978年全國科學大會獎，“中國黃麻紅麻種植區(qū)劃”、“全國農(nóng)業(yè)氣候資源和農(nóng)業(yè)氣候區(qū)劃研究”分別獲農(nóng)牧漁業(yè)部技術改進二等獎和國家科技進步一等獎。共計取得11項科研成果和3項專利。曾多次受聘農(nóng)業(yè)部、商業(yè)部、紡織部舉辦的麻類科技人員培訓班授課，擔任亞太經(jīng)社會舉辦的國際黃麻脫膠培訓班主講老師。主編了《麻類作物栽培》，參加編寫了《中國麻類作物栽培學》、《中國農(nóng)業(yè)百科全書·農(nóng)作物卷》麻類條目等3部著作，在各類刊物上公開發(fā)表學術論文51篇。培養(yǎng)碩士研究生1名。