光武即位，拜彭廷尉，歸德侯如故，行大將軍事。與大司馬吳漢，大司空王梁，建義大將軍朱祐，右將軍萬(wàn)修，執(zhí)金吾賈復(fù)，驍騎將軍劉植，揚(yáng)化將軍堅(jiān)鐔，積射將軍侯進(jìn)，偏將軍馮異、祭遵、王霸等，圍洛陽(yáng)數(shù)月。朱鮪等堅(jiān)守不肯下。

鄧禹在長(zhǎng)安被赤眉軍擊敗后，請(qǐng)求劉秀派兵支援，劉秀斷定赤眉軍必定東歸，派馮異為征西大將軍，代替鄧禹?yè)?dān)負(fù)圍困赤眉的任務(wù)；命馮異進(jìn)占華陰，向西阻擊赤眉，遣破奸將軍侯進(jìn)守新安，建威大將軍耿弁守宜陽(yáng)，企圖將赤眉軍困斃在關(guān)中一帶。

光武帝劉秀派吳漢率領(lǐng)王霸、王常、朱祐、侯進(jìn)四將軍，帶兵五萬(wàn)，與盧芳的部將賈覽、閔堪戰(zhàn)于高柳縣(今大同縣許堡)，漢軍遇雨不利，匈奴派兵援助盧芳，打敗漢軍的進(jìn)攻。漢驃騎將軍杜茂與賈覽在繁峙(今渾源北二十里)交戰(zhàn)，漢軍失敗。

光武乃遣破奸將軍侯進(jìn)等屯新安，建威大將軍耿弇等屯宜陽(yáng)，分為二道，以要其還路。敕諸將曰：“賊若東走，可引宜陽(yáng)兵會(huì)新安；賊若南走，可引新安兵會(huì)宜陽(yáng)�！泵髂暾�月，鄧禹自河北度，擊赤眉于湖，禹復(fù)敗走，赤眉遂出關(guān)南向。征西大將軍馮異破之于崤底。帝聞，乃自將幸宜陽(yáng)，盛兵以邀其走路。恂免數(shù)月，復(fù)拜潁川太守，與破奸將軍侯進(jìn)俱擊之。數(shù)月，斬期首，郡中悉平定。封恂雍奴侯,邑萬(wàn)戶。

建武四年，率破奸將軍侯進(jìn)、輔威將軍耿植代征南大將軍岑彭圍秦豐于黎丘，破其將張康于蔡陽(yáng)，斬之。帝自至黎丘，使御史中丞李由持璽書招豐，豐出惡言,，不肯降。車駕引還，敕佑方略，佑盡力攻之。

建武六年,關(guān)東已定，漢軍將引兵西向，建武六年五月，蓋延等七將軍從隴道伐公孫述。六月李通領(lǐng)破奸將軍侯進(jìn)、捕虜將軍王霸等十營(yíng)攻擊在漢中的延岑，公孫述派兵救援，李通等與戰(zhàn)于西城，破之，之后李通屯田順陽(yáng)(鄧州穰縣西)。

劉秀針對(duì)赤眉的行動(dòng)，派遣破奸將軍侯進(jìn)屯駐新安，建威將軍耿弇屯駐宜陽(yáng)，大司馬吳漢則率大軍集結(jié)于洛陽(yáng)附近，加上馮異、鄧禹軍團(tuán)，對(duì)赤眉形成了南北夾擊之勢(shì)。 漢軍給養(yǎng)充足，以逸待勞，坐待赤眉軍撞上門來(lái)。

建武九年(33年)，霸與吳漢及橫野大將軍王常、建義大將軍朱祐、破奸將軍侯進(jìn)等五萬(wàn)余人，擊盧芳將賈覽、閔堪于高柳。匈奴遣騎助芳，漢車遇雨，戰(zhàn)不利。吳漢還洛陽(yáng)，令朱祐屯常山，王常屯涿郡，侯進(jìn)屯漁陽(yáng)。璽書拜霸上谷太守，領(lǐng)屯兵如故，捕擊胡虜，無(wú)拘郡界。明年，霸復(fù)與吳漢等四將軍六萬(wàn)人出高柳擊賈覽，詔霸與漁陽(yáng)太守陳欣將兵為諸軍鋒。匈奴左南將軍將數(shù)千騎救覽，霸等連戰(zhàn)于平城下，破之，追出塞，斬首數(shù)百級(jí)。霸及諸將還入鴈門，與驃騎大將軍杜茂會(huì)攻盧芳將尹由于崞、繁畤，不克。

是時(shí)，劉秀親率大軍與先期部署于新安、宜陽(yáng)的積射將軍侯進(jìn)，建威大將軍耿弇部會(huì)合，攔截兵敗崤底后折向宜陽(yáng)的赤眉軍。赤眉軍幾經(jīng)挫折，糧盡力竭,不敵以逸待勞的劉秀軍。樊崇被迫率10萬(wàn)余人投降。

是年，與大司馬吳漢，大司空王梁，建義大將軍朱祐，右將軍萬(wàn)修，執(zhí)金吾賈復(fù)，驍騎將軍劉植，楊化將軍堅(jiān)鐔，積射將軍侯進(jìn)，偏將軍馮異、祭遵、王霸等(集中了精英啊)，圍洛陽(yáng)數(shù)月不得下。