1912年，畑中健二出生在京都一個(gè)地主家庭，為家中次男。昭和9年（1934年）6月畢業(yè)于陸軍士官學(xué)校第46期，同年6月進(jìn)入野戰(zhàn)炮兵部隊(duì)服役。后來又先后在陸軍炮工學(xué)校與陸軍大學(xué)校學(xué)習(xí)。1940年(昭和15年)6月、陸軍大學(xué)校(53期)畢業(yè)。

期間與同受皇國史觀影響甚大的井田正孝與竹下正彥成為好友。

太平洋戰(zhàn)爭爆發(fā)后，作為參謀參加戰(zhàn)爭，在1942年3月出征菲律賓不久后負(fù)傷。同年7月回到日本，8月升為陸軍少佐，先后在陸軍省兵務(wù)局兵備科、軍務(wù)局軍務(wù)課擔(dān)任課員。

由于對日本政府決定接受波茨坦宣言不滿，畑中等人在1945年8月策劃了旨在阻止天皇終戰(zhàn)詔書播送和日本投降的宮城事件。由于需要近衛(wèi)師團(tuán)的支持，畑中等人前往其師團(tuán)部，試圖說服近衛(wèi)師團(tuán)長森赳。由于森拒絕參與政變，畑中突然向森開槍并與同謀一道將其殺害。此后，畑中等人切斷了皇居并花費(fèi)了數(shù)小時(shí)時(shí)間在其中搜索天皇的終戰(zhàn)詔書錄音盤，以阻止其在第二天通過NHK向全國廣播。在搜索無果和東部軍開始介入的情況下，畑中最終放棄了政變企圖。并在8月15日午前與同謀椎崎二郎在二重橋前的草地上一同開槍自殺。在他的口袋內(nèi)找到了留下的辭世句：“圣世烏云散，我心無所悔（今はただ思ひ殘すことなかりけり暗云去りし御世となりなば）