呂琦，894年生于幽州安次（現(xiàn)廊坊安次區(qū)），祖父呂壽擔(dān)任景城（今滄州市一個(gè)鎮(zhèn)）主簿。父親呂兗任過(guò)滄州節(jié)度判官，檢校右庶子。后粱開平二年（908年）劉守光記恨呂兗助侄子劉延祚守滄州城，就捉獲呂兗一家，要誅族。呂琦只有十五歲，臨刑前，呂兗的朋友趙玉欺騙監(jiān)斬官說(shuō)，呂琦是他同胞弟弟，救下了呂琦。呂琦腿不好，趙玉背著他走了幾十里才逃了命。呂琦隱名改姓，流落他鄉(xiāng)，在今山西乞討并勤奮學(xué)習(xí)和游學(xué)。

呂琦長(zhǎng)的俊美豐儀，有氣度。后唐莊宗拜他為軍事判官，開始步入仕途。呂琦性格剛直，天成初年擔(dān)任殿中待御史等要職，就懲辦了奸惡尹訓(xùn)。

呂琦仁厚寬容。后唐廢帝因失守河中，被罷職居在京城清化坊，與呂琦同巷。呂琦經(jīng)常去坐一坐攀談一番。后來(lái)廢帝當(dāng)了皇帝，格外厚待呂琦，拜呂琦為知制誥、給事中、樞密院直學(xué)士、端明殿學(xué)士。

呂琦遠(yuǎn)見卓識(shí)，廢帝看出鎮(zhèn)守河?xùn)|的石敬瑭有二心，就和呂琦、李崧等人商討怎么辦，呂琦認(rèn)為石敬瑭要造反，必引契丹為助，不如趁現(xiàn)在契丹要求和好之機(jī)，采用漢代和親的方法把公主嫁給契丹，再每月給些金帛，使石敬瑭無(wú)外援可引。樞密直學(xué)士薛文遇誚諷呂琦是婦人之見：“社稷依明主，安危托婦人”。廢帝也大怒起來(lái)，呂琦、李崧等人惶恐不安跪地謝罪，呂琦因腿疾拜了幾下停止立身起來(lái)了。廢帝說(shuō)：呂琦是在拿主人的架子看我吧。呂琦一聽是壞事了急忙說(shuō)：我歷來(lái)腿就有病，等我歇一會(huì)再跪拜謝罪吧。喘息定了又說(shuō)：陛下以為臣等說(shuō)的不對(duì)，判罪就可以了，讓我跪拜又有什么益處？廢帝氣有些消了，說(shuō)：“勿拜”。賜給酒一杯讓退不，數(shù)天后降呂琦為御史中丞，數(shù)月后又恢復(fù)為端明殿學(xué)士。后來(lái)石敬瑭果然引契丹為助，亡了后唐。后晉皇帝石敬瑭留用了呂琦，改任他為秘書監(jiān)，隨后得到后晉皇帝石敬瑭重用。歷遷任過(guò)禮、刑、戶、兵部侍郎，官達(dá)金紫光祿大夫。后晉皇帝正準(zhǔn)備讓他擔(dān)任宰相，他卻突發(fā)疾病，天福八年（943年）去世。君臣都很惋惜。

呂琦知恩必報(bào)。趙玉后來(lái)官至職方員外郎，呂琦待他如父，趙玉生病了，他親自嘗藥扶侍。趙玉去世，呂琦為其主辦喪葬。并把趙玉兒子趙文度當(dāng)兒子一樣教習(xí)，后來(lái)趙文度考中進(jìn)士。

呂琦有兩個(gè)兒子，長(zhǎng)子呂馀慶擔(dān)任過(guò)宋朝副宰相、次子就是毛澤東說(shuō)過(guò)大事不糊涂的宋宰相呂端。