仰慕身為前次大戰(zhàn)英雄的阿斯蘭·薩拉，而視拉克絲·克萊茵的影武者米婭·坎貝爾為情敵，讓回到Z.A.F.T.的阿斯蘭飽受女難之苦。

在一次跟蹤阿斯蘭的行動中，得知米婭是冒牌貨的事實，因為不能說出去而苦惱。

對P.L.A.N.T議長吉爾伯特·杜蘭達爾的作為抱著懷疑的阿斯蘭，駕駛著ZGMF-2000 烈焰古夫和美玲一同逃走而遭到真和尼爾的攻擊。之后被因為尼爾的誘導(dǎo)的真擊落。得知此事的露娜，因為同時失去妹妹和仰慕之人而大受打擊，認(rèn)為是LOGOS造成的這一切。于是一邊傾力替Z.A.F.T.討伐LOGOS，一邊向真尋求精神上的支持，兩人因心靈上的契合而產(chǎn)生了感情。但在彌賽亞攻防戰(zhàn)時差點被因思想矛盾而失去理智的真殺死，是阿斯蘭及時爆發(fā)SEED之力救下了她。之后真從露娜懷抱中醒來，所見的卻是鎮(zhèn)魂曲的毀滅和即將消亡的彌賽亞要塞，兩人相擁而泣....

與妹妹美鈴和解，并與妹妹美玲和真飛鳥一起回到PLANT，和真飛鳥繼續(xù)發(fā)展這段不可思議的感情。

先:ZGMF-1000 ザクウォーリア(Zaku Warrior)

炮擊型扎古勇士

ZAFT軍停戰(zhàn)后開發(fā)的新世代MS“新千禧年系列”的第一期型為了對應(yīng)各式各樣的戰(zhàn)局，能更換追加各式裝備和武器。

是ZAFT軍下期主力MS。綠色是制式顏色，紅色是露娜瑪利亞的專用色。

Impules Gundam——ZGMF-X56S（沖擊高達）

在《尤利烏斯條約》締結(jié)后，PLANT開發(fā)的ZAFT軍最新銳機體。

根據(jù)條約，因為禁止使用NJC，所以裝載著新開發(fā)的能源供給系統(tǒng)“氘核光束送電系統(tǒng)”。

搭載這個系統(tǒng)，是5架“次世代”MS共通的特征。

在真·飛鳥換乘ZGMF-X42S Destiny 命運高達達之后，本機駕駛者變更為露娜瑪利亞·霍克。

本機X56S考慮到機體的擴張性，由3個單元構(gòu)成。那個的核心是被稱作核心飛梭的戰(zhàn)斗機。

Core Splendor搭載了變形機構(gòu)，能變形成獨立型的駕駛艙單元。以其為核心，和作為上半身的Chest Flyer，以及作為下半身的Leg Flyer合為一體構(gòu)成這個MS。

X56S是以富有泛用性為基本的機體，基本武裝是腰兩側(cè)裝甲里裝備著的對裝甲小刀“M71-AAK 折疊剃刀（Folding Razor）”。

本機的最大特征是擁有名為“Silhouette系統(tǒng)”的武裝換裝機構(gòu)。最大限度地活用這個機構(gòu)的話 X56S能按照各種各樣的戰(zhàn)局，瞬間使戰(zhàn)術(shù)與之對應(yīng)。

基本準(zhǔn)備的Silhouette有3種。以高速戰(zhàn)斗、高機動型、光束兵裝為基調(diào)的“Force Silhouette”，裝備了對艦激光刀“石中劍（Excalibur）”和光束回旋鏢的接近戰(zhàn)斗型“Sword Silhouette”，裝備了大型光束炮和導(dǎo)彈發(fā)射器、磁軌炮、光束標(biāo)槍的長距離炮擊型“Blast Silhouette”。

特別是安裝了Sword和Blast時機體的VPS的特性變化，Sword變成紅色，Blast以深綠色作為基調(diào)的色彩配合是各自的特征。

MMI-GAU25A 20mm CIWS X 2

M71-AAK 對裝甲小刀“折疊剃刀（Folding Razor/フォールディングレイザー）”X 2

MA-BAR72 高能量光束來福槍

MMI-RG59V 機動防盾

C.E.70年2月，地球聯(lián)合軍與ZAFT之間的武裝沖突由于“染血的情人節(jié)”悲劇而全面升級為地球圈規(guī)模的戰(zhàn)爭。C.E.71年6月，在“非我即敵”的觀念驅(qū)使下，地球聯(lián)合軍悍然發(fā)動了對中立國家奧布聯(lián)合酋長國的侵略。當(dāng)戰(zhàn)斗進行到最激烈的時候，就在自己的眼前，少年真·飛鳥失去了父母和妹妹。唯一的遺物，就只有妹妹掉落的手機……獲救之后，背負(fù)著家仇的真黯然離開了故土奧布前往PLANT。兩年后，他成為了ZAFT的戰(zhàn)士……

C.E.73年10月2日，奧布聯(lián)合酋長國首相卡嘉莉.尤拉.阿斯哈來到L4的殖民衛(wèi)星阿莫利萬，決定與PLANT的杜朗達爾議長舉行機密會談，與其同行的還有隱姓埋名的阿斯蘭；而就在同一個地方，ZAFT軍的新型戰(zhàn)艦“密涅瓦號”的入水儀式也即將進行。一派輕松的氣氛下，“密涅瓦號”所屬的真也與同事尤蘭等人上街閑逛，并偶遇秘密潛入阿莫利萬的地球聯(lián)合軍特務(wù)部隊所屬成員......斯特拉.魯西耶，但雙方并不知道彼此的真實身份。就在入水儀式即將舉行的時候，阿莫利萬的MS格納庫遭到了地球聯(lián)合軍特務(wù)部隊的突然襲擊，ZAFT軍所開發(fā)的三架最新型高達也被奪走。ZAFT的MS部隊損失慘重，而卡嘉莉和阿斯蘭也陷入危險之中。就在這危急時刻，飛鳥真駕駛劍裝備型沖擊高達擋在三架高達的面前。

在整部動畫中，DESTINY一詞貫穿主題。