民進(jìn)黨創(chuàng)黨黨員，黨內(nèi)“福利國(guó)連線”決策委員。歷任民進(jìn)黨新竹市黨部一、二、三屆評(píng)委會(huì)召集人，民進(jìn)黨新竹市黨部執(zhí)行委員，公民投票促進(jìn)會(huì)新竹分會(huì)執(zhí)委，民進(jìn)黨中央黨部財(cái)務(wù)委員會(huì)副財(cái)務(wù)長(zhǎng)等職。

多次為民進(jìn)黨人士助選：

1991年擔(dān)任蔡仁堅(jiān)競(jìng)選“國(guó)代”執(zhí)行總干事，

1993年擔(dān)任吳秋谷競(jìng)選市長(zhǎng)總干事，

1994年擔(dān)任陳定南、黃清霖聯(lián)合競(jìng)選總部主任委員。

1992、1995年連續(xù)當(dāng)選第二、三屆“立法委員”，并擔(dān)任臺(tái)灣地區(qū)立法機(jī)構(gòu)民間入關(guān)（GATT）咨詢委員會(huì)召集人，民進(jìn)黨“立院”黨團(tuán)臺(tái)灣民眾健保、生態(tài)保育修法小組成員，反核小組召集人，臺(tái)灣地區(qū)立法機(jī)構(gòu)環(huán)保修法聯(lián)盟發(fā)起人，經(jīng)濟(jì)、預(yù)算委員會(huì)召集委員，民進(jìn)黨“立院”黨團(tuán)第三會(huì)期副干事長(zhǎng)，“經(jīng)濟(jì)部”國(guó)營(yíng)事業(yè)民營(yíng)化監(jiān)督委員，“經(jīng)濟(jì)部”油電價(jià)格咨詢委員會(huì)委員，臺(tái)灣地區(qū)立法機(jī)構(gòu)科技協(xié)進(jìn)會(huì)召集人，資訊基礎(chǔ)建設(shè)（NII）民間推動(dòng)委員會(huì)召集人等。

1998年12月當(dāng)選第四屆區(qū)域“立法委員”。

2001年12月當(dāng)選第五屆“立法委員”。

2002年2月當(dāng)選民進(jìn)黨“立院”黨團(tuán)總召集人，同年7月任民進(jìn)黨第十屆中常委。

2004年12月當(dāng)選第六屆“立法委員”。

2007年12當(dāng)選第七屆“立法委員”，并擔(dān)當(dāng)民進(jìn)黨臺(tái)灣地區(qū)立法機(jī)構(gòu)黨團(tuán)總召集人。

2008年5月出任民進(jìn)黨財(cái)務(wù)委員會(huì)主委。

臺(tái)灣立法機(jī)構(gòu)民進(jìn)黨團(tuán)總召柯建銘涉入立法機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)人王金平說情案，政治風(fēng)暴越演越烈。2013年9月8日，柯建銘表示，“臺(tái)灣民眾電通案”宣判無罪后，他才和王金平討論“司法迫害”和“檢察官濫權(quán)起訴”，并非在訴訟期間請(qǐng)求王金平干預(yù)，強(qiáng)調(diào)“絕無請(qǐng)求王金平進(jìn)行司法關(guān)說（說情的意思）”。

至于臺(tái)灣法務(wù)部門負(fù)責(zé)人曾勇夫、檢察長(zhǎng)陳守煌提及王金平曾去電“表達(dá)關(guān)心”，柯建銘稱，王金平只是基于民意代表職責(zé)“反應(yīng)民情”，表達(dá)檢察官不應(yīng)濫權(quán)追訴；若僅是反應(yīng)司法改革意見，馬英九也能視之為關(guān)說，未來立法機(jī)構(gòu)在任何監(jiān)督行政部門的作為，都將被視為關(guān)說而被污名化�？陆ㄣ懺�9月8日發(fā)表聲明指出，臺(tái)灣民眾電通案于1、2審期間時(shí)，檢察官均認(rèn)為刑度過重不再上訴，但他自認(rèn)清白，才繼續(xù)上訴；此外，該案所涉刑度僅有6個(gè)月，折合罰金僅約18萬(新臺(tái)幣，下同)，“沒有必要為微罪請(qǐng)求王金平關(guān)說”。

針對(duì)馬英九2013年9月8日大動(dòng)作直指王金平的行為就是關(guān)說，柯建銘指，馬英九對(duì)立法機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)人、在野黨團(tuán)總召的指控是公然挑戰(zhàn)立法機(jī)構(gòu)，是以違法手段打擊政治異己，逾越臺(tái)灣當(dāng)局領(lǐng)導(dǎo)人該有的高度與職權(quán)。

2013年10月26日，臺(tái)灣地區(qū)立法機(jī)構(gòu)紀(jì)律委員會(huì)召委邱志偉與張慶忠說，民進(jìn)黨黨團(tuán)總召柯建銘自請(qǐng)調(diào)查案最快11月1日審理，最慢明年1月底前結(jié)案。

臺(tái)立法機(jī)構(gòu)院會(huì)25日決議通過將民進(jìn)黨籍“立委”柯建銘自請(qǐng)紀(jì)律委員會(huì)調(diào)查及處理案，列入院會(huì)議程；審查時(shí)應(yīng)比照各常設(shè)委員會(huì)全程同步上網(wǎng)并錄音、錄像，同時(shí)給予柯建銘充分時(shí)間說明答辯。

紀(jì)律委員會(huì)輪值召委、民進(jìn)黨“立委”邱志偉下午表示，柯建銘自請(qǐng)調(diào)查一案，臺(tái)灣地區(qū)立法機(jī)構(gòu)29日院會(huì)交付紀(jì)律委員會(huì)處理，就等同正式成案。

2013年9月9日，“立委”柯建銘請(qǐng)托關(guān)說案引發(fā)非法監(jiān)聽的批評(píng)，指特偵組對(duì)柯已獲判決無罪確定的民眾電通案監(jiān)聽，違法濫權(quán)；事實(shí)上，本案并非因監(jiān)聽民眾電通案而起，是偵查另一案的案外案。

特偵組在2010年追查高院法官集體貪污案時(shí)，在前法官陳榮和住家衣柜搜出90萬元（新臺(tái)幣，下同）現(xiàn)金；由于無法證明是賄款，陳又不愿透露來源，陳的妻子也不知情，特偵組便另簽他案追查。

這筆90萬元款項(xiàng)最終查無貪污對(duì)價(jià)關(guān)系，特偵組最后發(fā)交臺(tái)北地檢署偵辦陳榮和涉及財(cái)

產(chǎn)來源不明罪。

但特偵組在追查陳榮和的90萬元不明款項(xiàng)期間，2013年初監(jiān)聽一名關(guān)系人時(shí)，發(fā)現(xiàn)此人與柯建銘有交集，意外查出柯建銘受托找“法務(wù)部”關(guān)說一起知名人士的假釋案，同一時(shí)間，柯的帳戶也有不明資金流入。

特偵組為厘清這筆資金是否為柯建銘關(guān)說的“活動(dòng)費(fèi)”，因而以貪污罪案由向臺(tái)北地院聲請(qǐng)監(jiān)聽獲準(zhǔn)，自此開始上線監(jiān)聽柯的手機(jī)，同步追查帳戶的金流。

特偵組追查后，發(fā)現(xiàn)這筆錢不是請(qǐng)托人所匯入，與刑事犯罪無關(guān)，因而于2013年9月月5日將全案簽結(jié)。

然而在簽結(jié)之前的監(jiān)聽期間，2013年6月18日，特偵組意外發(fā)現(xiàn)柯建銘于涉及的民眾電通背信案高院更一審改判無罪后，擔(dān)心“高檢署”會(huì)上訴，因而請(qǐng)托檢察長(zhǎng)陳守煌勿上訴，讓案件就此確定。

柯建銘為了買雙重保險(xiǎn)，另請(qǐng)托王金平關(guān)說。王金平在2013年6月28日分別打電話給“法務(wù)部長(zhǎng)”曾勇夫及陳守煌，確認(rèn)陳有無指示高檢署檢察官林秀濤勿上訴。

2013年6月29日，王金平在電話中告訴柯建銘，“勇伯跟我說OK了”，林秀濤后來也沒上訴，全案在2013年7月8日無罪確定；特偵組據(jù)此認(rèn)定，王金平、曾勇夫、陳守煌涉及關(guān)說。

特偵組指出，監(jiān)聽柯建銘過程就是如此，沒有非法監(jiān)聽，更無監(jiān)聽民眾電通案；至于柯為何沒收到監(jiān)聽通知書，特偵組解釋，通知書是由開票法院寄送，特偵組尚未將卷證送至法院，法院才未寄發(fā)。

2016年12月2日，臺(tái)灣地區(qū)立法機(jī)構(gòu)院會(huì)”通過民進(jìn)黨團(tuán)提案“勞基法修法”增列討論事項(xiàng)，部分抗議人士趁臺(tái)灣地區(qū)立法機(jī)構(gòu)黨團(tuán)總召柯建銘從議場(chǎng)走回辦公室途中，對(duì)柯建銘潑水、扯眼鏡、勒脖子、扭打等。