周亞君曾被上海申花青少年訓(xùn)練體系選派到巴西留學(xué)，不過回國后由于隊(duì)內(nèi)守門員眾多，而周亞君又被上海東華大學(xué)正式錄取，最終申花決定允許他加入東華大學(xué)校隊(duì)。周亞君參加了包括五人制足球在內(nèi)的很多大學(xué)生比賽，幫助球隊(duì)奪得了全國大學(xué)生足球聯(lián)賽冠軍，并獲得最佳門將。他也成為中國職業(yè)足球界極少數(shù)在職業(yè)生涯期間進(jìn)入大學(xué)學(xué)習(xí)的球員之一。

2006年，周亞君被召回上海申花成為第三門將。06賽季中期，前國門劉云飛被俱樂部停賽停訓(xùn)停薪、永不啟用，另一名前國門虞偉亮又因狀態(tài)原因被下放預(yù)備隊(duì)，因此在申花俱樂部和主教練吳金貴的大力提拔下，訓(xùn)練刻苦努力的周亞君成了申花隊(duì)06賽季后半程的絕對主力，并以自己的表現(xiàn)幫助球隊(duì)在聯(lián)賽后12輪取得7勝5平保持不敗。

2007年，申花與聯(lián)城合并，并獲得了包括王大雷、張晨在內(nèi)的多名門將，周亞君返回預(yù)備隊(duì)。2008年，他轉(zhuǎn)會至河南建業(yè)。

2008賽季，周亞君轉(zhuǎn)會至河南建業(yè)。那一年，他作為正選門將，經(jīng)歷了建業(yè)隊(duì)的大部分比賽。盡管在前幾場發(fā)揮不佳，但后面越打越好，為建業(yè)隊(duì)成功保級立下汗馬功勞。2009賽季，曾誠到來后，亞君便成為第二門將。雖然連續(xù)多年做替補(bǔ)，但他一直認(rèn)真訓(xùn)練，不過后因傷病差點(diǎn)選擇了退役。最近兩個賽季，亞君的冬訓(xùn)都非常出色，但一直沒有出場的機(jī)會。上賽季開戰(zhàn)前，建業(yè)在上海與山東魯能熱身，面對魯能的強(qiáng)力進(jìn)攻，周亞君力保城門不失。在眾多熱身賽上，他的表現(xiàn)也很穩(wěn)定。原建業(yè)守門員教練哈威評價(jià)，亞君頭腦清醒，技術(shù)動作一流，絕對具備中超門將的能力。

2013年老隊(duì)長陸峰受傷，建業(yè)隊(duì)長的袖標(biāo)戴到了門將周亞君的胳膊上。來建業(yè)已有5年的周亞君說：“我會向陸隊(duì)學(xué)習(xí)，帶領(lǐng)建業(yè)隊(duì)打出咱們的精氣神�！�

北京時(shí)間2016年2月3日，深圳市足球俱樂部官方正式宣布，與前河南建業(yè)隊(duì)員周亞君簽約。2016賽季中甲聯(lián)賽，周亞君將身披深足簕杜鵑戰(zhàn)袍為深圳而戰(zhàn)。

周亞君是中國足球界極少數(shù)在職業(yè)生涯期間進(jìn)入大學(xué)學(xué)習(xí)的球員之一，不但會說普通話、上海話、英語、葡萄牙語，還會說河南話。所以，他在場上的指揮別具特色，各種語言都有，不知道的人還以為建業(yè)請了個外國守門員。

作為隊(duì)長，亞君表示身上的擔(dān)子更重了，“不但要打好比賽，而且在生活和訓(xùn)練中要以身作則，團(tuán)結(jié)好球隊(duì)，現(xiàn)在知道陸隊(duì)的難處了�！�

在2005年5月30日舉行的大學(xué)生五人制足球聯(lián)賽中，周亞君膽大，不畏懼對手近距離的大力施射。周亞君在門線前不停地指揮隊(duì)友的跑位，并多次作出精彩撲救力保自己的球門在39分鐘里僅失一球。（新浪網(wǎng)評）