清同治四年(1865年)十二月初五日出生，許金訇出生在福州，其父親是位牧師，從小沒有按習(xí)俗給許金訇纏足，而送她到教會(huì)辦的寄宿學(xué)校讀書。許金訇先是求學(xué)于美以美會(huì)辦的毓英女塾，因不滿呆板的課程而轉(zhuǎn)入福州婦女醫(yī)院學(xué)醫(yī)。

許金訇畢業(yè)后在“馬高愛醫(yī)院”學(xué)習(xí)照顧病人。院長特拉斯克醫(yī)生賞識(shí)許金訇的聰慧和對病人的愛心，通過海外婦女傳教會(huì)費(fèi)城分會(huì)的幫助，送她到美國接受醫(yī)學(xué)教育。

1884年5月9日，《紐約時(shí)報(bào)》便登了關(guān)于許金訇的報(bào)道：“有一位深色皮膚、閃著杏色雙眸、穿著繡花的中式衣裙、腳蹬綢緞便鞋的中國女孩來到了美國”，并詳細(xì)介紹了她的出身經(jīng)歷和求學(xué)計(jì)劃。

1884年，許金訇遠(yuǎn)渡重洋來到美國。許金訇先是住在費(fèi)城Dr.Sites家中學(xué)習(xí)英語。由于文化、生活習(xí)慣完全不同以及語言不通，剛開始的時(shí)候，她按照中國人的習(xí)俗，對主人的食物和禮物表示客氣，以至于經(jīng)常餓肚子，低燒不退。醫(yī)生檢查后才發(fā)現(xiàn)她是因吃不飽而造成營養(yǎng)不良。

許金訇以中國女性特有的堅(jiān)韌和智慧考入了俄亥俄州的美以美會(huì)辦的威斯利安大學(xué)，畢業(yè)后又入費(fèi)城女子醫(yī)科大學(xué)就讀。經(jīng)過長達(dá)十年的苦讀，終于取得了醫(yī)學(xué)博士學(xué)位。美國大學(xué)的圖書館至今仍保留著許金訇的博士證書影印件。

許金訇于1892年畢業(yè)于費(fèi)城女子醫(yī)學(xué)院（Womanu2019s Medical College of Philadelphia）。

1895年，許金訇學(xué)成后回到福州，鄉(xiāng)親們在宗族祠堂里為她舉行了隆重的畢業(yè)慶典。人們懷著好奇的心情去看這個(gè)從海外回來的洋醫(yī)生，聽許金訇說半土半番的話，紛紛議論道，一個(gè)中國的年輕女子能拿到美國大學(xué)博士文憑，比男孩子還有出息，后悔自己的女兒早早地就受聘、嫁人、生孩子去了。

許金訇回到馬高愛醫(yī)院行醫(yī)，專給婦女、兒童診病。剛開始，病人看許金訇是個(gè)女子，不愿意到她的醫(yī)院就診。但很快許金訇就因醫(yī)術(shù)高超而聲名鵲起，醫(yī)院里人滿為患。許金訇以出色的工作證明了中國人的醫(yī)術(shù)不亞于外國人。

后來美以美會(huì)派她到城內(nèi)的醫(yī)院當(dāng)院長。她既診治病人又開班授課，培養(yǎng)中國女醫(yī)生，第一屆畢業(yè)生中就有她的妹妹許淑訇。

許金訇率先在醫(yī)院使用自來水，建新式廁所，還積極宣傳衛(wèi)生觀念，經(jīng)常派出學(xué)生到鄉(xiāng)村演講，力促人們培養(yǎng)良好的衛(wèi)生習(xí)慣。

1898年，世界婦女協(xié)會(huì)在英國倫敦召開代表大會(huì)。當(dāng)時(shí)主持外交事務(wù)的李鴻章聞許金訇之名，派許金訇作為中國婦女代表，赴倫敦參加會(huì)議，這是中國第一位參加國際事務(wù)的女代表。

1899年，許金訇又兼任福州倉山馬高愛醫(yī)院的院長。

1910年，許金訇的母校威斯利安大學(xué)特別授予她理科碩士學(xué)位，以表彰她的成就。

1926年，許金訇辭去院長之職去南洋，三年后在新加坡病逝，享年64歲。許金訇終身未婚，膝下無子，她把心中的盈盈大愛全部奉獻(xiàn)給了醫(yī)學(xué)事業(yè)和她的病人。