尋自慈化進剿黃塘、楚山、上栗市，屢敗賊�？偠蕉�衛(wèi)國請設袁臨鎮(zhèn)，即以應奎為總兵官。三桂遣賊犯袁州，應奎力守。未幾，其將朱君聘等以數萬人自萍鄉(xiāng)來犯，應奎敗之西村，斬萬五千馀級。分兵趨萬載，斬其將邱以祥等，復其城。三桂使誘降，應奎令子衍慶呈部，部議加應奎左都督，衍慶署都司僉書。尋降敕嘉其忠藎，予世職拜他喇布勒哈番。十四年，遣游擊楊正元剿棚賊於分宜、新喻，擒斬甚眾，盡毀其巢。三桂將揭玉卿犯萬載，遣游擊陳素綸等敗之，斬級千馀；又敗之於白良。三桂將黃立卿復以三桂書誘降，應奎令子衍祥呈部，部議加應奎軍功一等，衍祥授鴻臚寺少卿。

十五年，遣游擊李顯宗等逐三桂兵至仙居橋、沙溪、湖塘，皆敗之。三桂兵復結瀏陽諸寇陷萬載，應奎進剿，賊截龍河渡口，夾岸迎拒。應奎督兵渡河，先斬守口賊，直入其壘，賊大潰，追斬無算，復萬載，詔嘉獎。尋授三等阿達哈哈番。十七年，上以江西已定，命應奎統(tǒng)本標官兵移鎮(zhèn)茶陵、攸縣。疏言：“自三桂反，袁州密邇湖南，臣率孤軍征剿，上游幸獲安全。但彼時兵力苦單，漕運亦匱，臣捐貲贍養(yǎng)親兵，或自備馬匹，或獎以虛銜。嗣戶部侍郎溫岱奏見臣督親丁防御，蒙恩給臣所養(yǎng)健丁千人步戰(zhàn)兵餉，令臣量為設官管轄。惟兵丁既叨餉餼，而所設管轄官未議實授。今臣移駐茶、攸，僅率標兵二千六百，現奉征南將軍穆占、定南將軍華善調往酃縣千四百人。健丁一營，隨臣左右。仰冀天恩，各予實銜，開支實俸�！痹t從之。未幾，賊犯永興，敗之。十八年，從大將軍簡親王喇布復祁陽、新寧。大將軍安親王岳樂檄剿賊武岡州楓木嶺，敗三桂將胡國柱等。尋偕貴州提督趙賴攻克龍頭山、泡洞口、瓦屋塘、云霧嶺、五子坡諸寨。三桂將馬寶敗遁，追擊之，復會同、黔陽等縣。未幾，建義將軍馬承蔭以柳州叛，從簡親王率兵討之，承蔭降。

二十一年，命以提督充廣西左江鎮(zhèn)總兵。敘功，進二等阿達哈哈番。疏言：“臣昔任思南副將，深知左江為滇、黔門戶，接壤交南，環(huán)以僮、瑤，土司不時反覆。鎮(zhèn)標額設四營，共兵三千有馀，多從逆歸命者，習成驕悍。臣標健丁一營，半系親屬，久經訓練，請率赴新任，以資鈐壓�！睆闹�。未幾，以病累疏乞休，詔輒慰留，命衍祥馳驛歸省。應奎卒，贈太子少保，謚襄壯。