在父親當選美國第一位共和黨總統(tǒng)時，小托馬斯只有8歲，生活在斯普林菲爾德。在那里的最后一個夏天，托馬斯染上了猩紅熱，據(jù)歷史學家推斷，可能是這時的高燒導致了他的語言障礙，“一種少見的口吃，使小托馬斯說某些詞時特別困難，像史密斯這個詞，他根本發(fā)不出來”。他的結(jié)巴再加上威利的死，使林肯更加寵愛他。

不僅是林肯咶一個人，白宮里的秘書們也對他寵愛有加，惟命是從。這個生性快樂、熱心腸的孩子卻一點不懂規(guī)矩。他在白宮里隨意亂跑，到處亂闖�？偨y(tǒng)任他玩到睡著了，再抱他回床上。

一次，受白宮里隨處可聞的關(guān)于戰(zhàn)爭的談?wù)摰膯�發(fā)，軍務(wù)部長艾德溫·斯坦頓任命小托馬斯為少尉。處于這個年齡和生長環(huán)境的托馬斯對此信以為真，而總統(tǒng)也聽之任之，毫不干涉。于是，少尉托馬斯夜襲保衛(wèi)白宮的衛(wèi)兵，繳了他們的武器，召集園丁和仆人做他的衛(wèi)兵，還用借來舂的武器裝備自己的部隊。托馬斯玩夠了少尉軍銜后，他父親又升他為上校。為了增加真實性，林肯還命令在正式信紙上印上“林肯上校”的字樣。托馬斯甚至還以林肯上校的名義發(fā)電報。在執(zhí)行軍務(wù)中胛，托馬斯發(fā)現(xiàn)他不得不判處一個玩具兵死刑，可他又不想真的執(zhí)行，于是，他要求父親使用憲法授予總統(tǒng)的豁免權(quán)饒恕他的娃娃�？偨y(tǒng)一本正經(jīng)地聽了整個案情，并寫下：“據(jù)總統(tǒng)令，赦免玩具兵漉杰克。A·林肯簽署�！�

林肯遇刺后，托馬斯完全由母親來照顧。但他的母親一直精神混亂，認為他們母子已被世人拋棄，一貧如洗。她帶著托馬斯住在大兒子羅伯特家，但她的怪異舉止很快就擾亂了羅伯特的生活。之后她帶著托馬斯去了歐洲，經(jīng)常把他送進私立學校，然后又毫無理由地讓他退學。在歐洲，她堅持要住最便宜的旅館。母子兩人漫無目的，回到芝加哥不久，托馬斯就因白喉去世。

第三個兒子的死使瑪麗·托德·林肯徹底崩潰，更加遠離現(xiàn)實世界，剩下的兒子羅伯特只好把她送進了精神病院。