672年的壬申之亂爆發(fā)時(shí)，高市皇子在近江大津京，得知父親大海人皇子舉兵的消息后，逃出大津京與大海人皇子匯合。雖然年輕，但智勇雙全，被委任美濃國(guó)不破郡的軍事全權(quán)，協(xié)助其父天武天皇平定壬申之亂有功，因此甚得其父信任，唯其母出身不高，因此跟天皇之位無(wú)緣。679年參加了天武天皇定下的吉野盟約，起誓兄弟間齊心協(xié)力。其后高市皇子常與其他皇子一起被派往吊問(wèn)。686年持統(tǒng)天皇即位后，高市皇子出任太政大臣，是除持統(tǒng)天皇、皇太子草壁皇子之外，皇族、臣下中的地位最高者。

　　壬申之亂爆發(fā)時(shí)，大海人皇子別居于吉野宮，高市皇子在近江大津京。6月24日，大海人皇子發(fā)起行動(dòng)時(shí)，派大分惠尺為使者，通知高市皇子和大津皇子，命令他們到伊勢(shì)會(huì)合。

　　高市皇子和大津皇子分別行動(dòng)。高市皇子通過(guò)鹿深于6月25日到達(dá)積殖山口追上大海人皇子。鹿深是近江國(guó)甲賀郡，積殖是伊賀國(guó)的阿拜郡的柘植。此時(shí)的隨從有民大火、赤染德足、大藏廣隅、坂上國(guó)麻呂、古市黑麻呂、竹田大德、膽香瓦安倍等人。高市皇子就這樣加入了大海人皇子一行。大津皇子遲一些到達(dá)鈴鹿關(guān)，平安匯合。

　　6月26日，在伊勢(shì)的朝明郡的郡衙之前，一行人遇見村國(guó)男依。村國(guó)男依報(bào)告美濃軍3000人已經(jīng)把守在不破道。大海人皇子抵達(dá)郡衙后，委任高市皇子監(jiān)督不破郡的軍事，向東海道和東山道派遣使者進(jìn)行戰(zhàn)爭(zhēng)動(dòng)員。

　　6月27日，高市皇子從不破向位于桑名郡衙的大海人皇子派遣使者諫言：“御所離軍太遠(yuǎn)，指揮不便，請(qǐng)移至近處”。因此，大海人皇子移至野上。這一日，高市設(shè)伏，捕獲大友皇子派來(lái)的使者書藥和忍坂大麻呂，使大友皇子一方無(wú)法進(jìn)行軍事動(dòng)員。高市皇子從和暫到野上出迎大海人皇子，報(bào)告了敵人使者的事。

　　《釋日本紀(jì)》引用調(diào)淡海和安斗智德的日記中的記載，此時(shí)大海人皇子向來(lái)自大唐的移民們?cè)儐?wèn)：“你們的國(guó)家戰(zhàn)爭(zhēng)很多，一定知道好的戰(zhàn)術(shù)吧？”有一人進(jìn)言：“在大唐會(huì)先派斥候觀察地形和探聽消息，有時(shí)出軍夜襲，有時(shí)出軍晝擊，但不知道深入的戰(zhàn)術(shù)。”

　　大海人皇子對(duì)高市皇子說(shuō)：“在近江朝，有左右大臣和有智謀的群臣一起商議決策�，F(xiàn)在我卻沒(méi)有可以一起謀劃的人，只有年少的兒子們，怎么辦��？！”高市皇子卷起袖子，露出手臂，緊握住劍回答：“近江的群臣雖然多，但怎么可以違背您呢？您即使只有這里的臣高市一個(gè)，依靠神靈，受您之命，率領(lǐng)諸將征討之。這又怎么能防備得了呢？”大海人皇子握住高市皇子的手，撫其背，勉勵(lì)道：“要謹(jǐn)慎，不要懈怠”，賜予鞍馬，委任軍事全權(quán)。

　　高市皇子回到和暫，大海人皇子在野上建造行宮。和暫是和暫原，后世稱為關(guān)原盆地。不破關(guān)是其西方的入口，野上在其東端。據(jù)說(shuō)來(lái)自各地的大海人皇子方的軍隊(duì)在和暫集結(jié)，由高市皇子掌握。

　　日期不明，大概在6月底或7月初，敵方的小部隊(duì)沖至玉倉(cāng)部邑，被出云狛擊退。

　　7月2日，大友皇子還在進(jìn)行軍兵動(dòng)員的期間，搶得機(jī)先的大海人皇子集結(jié)了東國(guó)的大部分兵力下達(dá)了總攻擊令。大海人皇子將數(shù)萬(wàn)軍隊(duì)兵分兩路，一路從伊勢(shì)向倭（大和）增援大伴吹負(fù)軍，另一方從不破出兵直逼近江。此后的戰(zhàn)斗里，不見高市皇子的名字。高市皇子可能隨向近江進(jìn)攻軍一起進(jìn)軍，但實(shí)際指揮委任給了諸將；或者可能在和暫繼續(xù)接收從遠(yuǎn)方來(lái)的軍隊(duì)。

　　大和方面軍與大伴吹負(fù)等軍會(huì)師后，在南大和的箸陵之戰(zhàn)中擊破大友方。在擊破大友軍之后，7月22日進(jìn)軍至大友軍的最后一道防線瀨田川。當(dāng)天大友皇子（弘文天皇）親自出陣，兩軍隔著瀨田川進(jìn)行了最后的決戰(zhàn)。終于，瀨田川被奪取的大友軍總崩，大友皇子僅以身免。

　　7月23日，大友皇子在山崎自殺，壬申之亂以大海人皇子取得壓倒性的勝利而告終。8月25日，大海人皇子命令高市皇子處罰近江的群臣。

　　壬申之亂結(jié)束后，除了高市皇子外，其他皇子們?nèi)匀荒暧祝ㄗ钅觊L(zhǎng)的忍壁皇子也才10歲左右），在天武天皇的皇親政治之下，高市皇子占有重要的地位。

　　679年（天武天皇8年）5月6日，天武天皇、皇后（后來(lái)的持統(tǒng)天皇）、草壁皇子、大津皇子、高市皇子、川島皇子、忍壁皇子、志貴皇子等在吉野宮起誓互相幫助（吉野盟約）。5月10日，六皇子在大殿前朝拜天皇。這是因?yàn)樘煳涮旎逝伦约喝ナ篮笥职l(fā)生像壬申之亂那樣的皇位繼承戰(zhàn)爭(zhēng)。

　　這時(shí)起，高市皇子在天武天皇的皇子之中處于第3的地位（次于母親是皇女的草壁皇子、大津皇子。高市皇子如果按母親的身分在10人序列中排第8）。另外在這時(shí)，天武天皇的皇子們經(jīng)常被派往探病或是吊問(wèn)。680年（天武天皇9年）5月20日，飛鳥寺僧弘聰去世時(shí)，高市皇子和大津皇子一起前往吊問(wèn)。同年7月25日，舍人王病重時(shí)，高市皇子被派往慰問(wèn)。第二日舍人王去世后，高市皇子和川島皇子被派往吊問(wèn)。681年（天武天皇10年）11月17日，僧惠妙去世，3皇子被派往吊問(wèn)，高市皇子也可能是其中之一。684年（天武天皇11年）7月9日，草壁皇子和高市皇子派往慰問(wèn)生病的膳摩漏。

　　685年（天武天皇14年）1月21日，冠位48階制定之時(shí)，高市皇子被授予凈廣貳之位。在天武天皇的皇子之中，僅于草壁皇子、大津皇子，居于第3。

　　686年（朱鳥元年）8月13日，高市皇子和草壁皇子、大津皇子一起被加封400戶。

　　天武天皇去世后，僅次于皇太子、擁有皇位繼承資格的大津皇子以謀反之罪被處于死刑。之后，皇太子草壁皇子也在689年（持統(tǒng)天皇3年）4月13日去世。因此已經(jīng)執(zhí)政的鸕野贊良皇女（天武天皇的皇后）于690年（持統(tǒng)天皇4年）1月1日即天皇位，成為持統(tǒng)天皇。這一年7月5日，進(jìn)行了全面的人事變動(dòng)，高市皇子被任命為太政大臣。從此直到高市皇子去世為止，高市皇子都是作為皇族和臣下的首席，支撐著持統(tǒng)朝廷。

　　690年（持統(tǒng)天皇4年）10月29日，高市皇子帶領(lǐng)眾多官員到藤原宮的預(yù)定地址視察。

　　691年（持統(tǒng)天皇5年）1月13日，高市皇子被加封2000戶，加上之前的已達(dá)3000戶。除了朱鳥元年加封400戶之外還有600戶，不明確是什么時(shí)候加封的。692年（持統(tǒng)天皇6年）1月4日，高市皇子被加封2000戶，加上之前的達(dá)到5000戶。

　　693年（持統(tǒng)天皇7年）1月2日，高市皇子的官位升至凈廣壹。

　　696年（持統(tǒng)天皇10年）7月10日，高市皇子去世。

　　父：天武天皇

　　母：胸形尼子娘

　　妃及堂妹：御名部皇女（天智天皇之女，元明天皇的同母姐）。

　　妃及異母妹：但馬皇女

　　子：長(zhǎng)屋王（御名部皇女之子）

　　子：鈴鹿王（但馬皇女之子）

　　女：河內(nèi)女王（但馬皇女之女）

　　女：山形女王（但馬皇女之女）