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  • 曹曉風

    曹曉風

    曹曉風(1965年5月-),出生于中國北京,畢業(yè)于北京大學,遺傳生物學家,中國科學院院士、發(fā)展中國家科學院院士,中國科學院遺傳與發(fā)育生物學研究所研究員。

    其主要從事植物基因組學相關(guān)研究,曾獲得2019年度國家自然科學獎二等獎。


    人物履歷

    1984年9月,曹曉風進入北京大學生物系學習。1987年在校期間加入了中國共產(chǎn)黨。

    1988年7月,曹曉風從北京大學本科畢業(yè),獲得學士學位。同年考取中國農(nóng)業(yè)大學生物學院碩士研究生。

    1991年7月,曹曉風獲得中國農(nóng)業(yè)大學碩士學位。畢業(yè)后進入北京大學生命科學學院工作,先后擔任助教(1991年—1993年)、講師(1993年—1997年)。

    1993年7月,曹曉風在北京大學生命科學學院攻讀博士學位。

    1995年7月,曹曉風公派留學,作為訪問學者,到英國約翰·英納斯中心(John Innes Centre)研修(至1996年7月)。

    曹曉風

    1997年7月,曹曉風獲得北京大學博士學位。同年前往美國華盛頓州立大學生化研究所,從事博士后研究工作(至1998年7月)。

    1999年7月,曹曉風擔任美國加州大學洛杉磯分校助理研究員(至2003年7月)。

    2002年,曹曉風入選中國科學院百人計劃。

    2003年,曹曉風進入中國科學院遺傳與發(fā)育生物學研究所工作,擔任研究員。同年獲得國家杰出青年科學基金資助。

    2015年7月,曹曉風入選中國科學院院士增選初步候選人名單。同年12月,當選中國科學院院士? 。

    2016年11月,曹曉風當選為發(fā)展中國家科學院院士。

    2017年10月,當選中國科學院留學人員聯(lián)誼會(中國科學院歐美同學會)第一屆理事會副會長。

    2018年3月,任政協(xié)第十三屆全國委員會農(nóng)業(yè)和農(nóng)村委員會委員。

    2020年4月,當選為美國國家科學院(National Academy of Sciences,NAS)外籍院士。

    任免信息

    2018年3月15日,政協(xié)第十三屆全國委員會第一次主席會議通過,當選為農(nóng)業(yè)和農(nóng)村委員會委員。

    主要成就

    人物榮譽

    2002年入選中科院“百人計劃”

    2003年獲國家杰出青年基金

    2006年“百人計劃”終期評估中獲得優(yōu)秀

    2008年獲得美國杜邦青年科學家獎

    2020年當選美國科學院外籍院士

    研究領(lǐng)域

    表觀遺傳學(Epigenetics) 指的是研究基因功能的變化,這種變化在有絲分裂和/或減數(shù)分裂中是可以遺傳的,與一般遺傳學不同的是,所研究的基因不存在DNA序列上的改變。從廣義上講,表觀遺傳學控制基因功能主要包括以下三個方面:基因本身的DNA甲基化;基因所在的核小體上的組蛋白的共價修飾、染色質(zhì)核小體的重塑和核小體變種以及近年來發(fā)現(xiàn)的小分子RNA介導的轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后水平的基因沉默。隨著表觀遺傳調(diào)控機理研究的深入和相關(guān)研究技術(shù)的突破,在基因組水平上研究各種植物、不同發(fā)育階段和各種生長條件的表觀遺傳圖譜的表觀遺傳組學正在蓬勃興起,為揭示高等植物生長發(fā)育的分子機理提供了新手段和新思路。本實驗室運用擬南芥和水稻為材料,研究組蛋白修飾以及小的非編碼RNA如何影響基因表達以及植物發(fā)育,主要研究方向為組蛋白甲基化對擬南芥開花時間的調(diào)控和水稻小RNA合成調(diào)控及其對植物發(fā)育的機理研究。

    1、擬南芥中的組蛋白甲基化與開花時間調(diào)控的分子機理研究

    在真核生物的細胞核中,許多細胞生理活動都以染色體為模板來進行。作為染色體的組分之一,組蛋白延伸出來的 N末端可以發(fā)生多種翻譯后修飾,這些修飾的不同組合構(gòu)成了在DNA序列之外的另一個層面上的遺傳信息并發(fā)揮著重要功能。在動物中,人們鑒定了一些催化組蛋白甲基化與去甲基化過程的酶,編碼這些酶的基因分屬于幾個重要的基因家族。組蛋白甲基化是組蛋白修飾當中最為重要也是最為復(fù)雜的一種修飾。對組蛋白H3、H4上賴氨酸殘基甲基化的進一步研究證明,組蛋白甲基化在維持染色體功能以及各種細胞生理活動的調(diào)控過程中發(fā)揮著重要作用,其中包括對染色體結(jié)構(gòu)和基因表達的調(diào)節(jié)、異染色質(zhì)的形成、基因印記、基因組穩(wěn)定性和其他重要的細胞生理活動。另外,精氨酸的甲基化和去甲基化的重要作用也逐漸被證明,研究表明,精氨酸甲基化參與了轉(zhuǎn)錄調(diào)控、RNA加工、核運輸、DNA損傷的響應(yīng)以及信號轉(zhuǎn)導等過程。研究中發(fā)現(xiàn)了一大類賴氨酸和精氨酸去甲基化酶,這些酶都含有一個保守的JmjC結(jié)構(gòu)域。甲基化的動態(tài)平衡是通過對甲基化和去甲基化這兩個過程的控制來實現(xiàn)的。在擬南芥的基因組中存在著許多含有SET結(jié)構(gòu)域的蛋白、蛋白質(zhì)精氨酸甲基轉(zhuǎn)移酶以及含有JmjC結(jié)構(gòu)域的蛋白。我們通過生物化學和反向遺傳學的手段鑒定出了一些新的組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶和去甲基化酶,并試圖借此來理解組蛋白甲基化在植物發(fā)育過程中所發(fā)揮的重要作用。

      開花時間對于植物是非常重要的,植物通過響應(yīng)外源環(huán)境和內(nèi)源的信號,在合適的時間開花,才能盡可能成功地繁殖后代。研究已經(jīng)證實,植物開花時間受光周期通路、赤霉素(GA)通路、春化通路和自主通路的調(diào)控。已有研究表明,包括乙;①嚢彼峒谆头核鼗趦(nèi)的組蛋白修飾在植物開花時間的調(diào)控中發(fā)揮著重要作用。在擬南芥中,蛋白質(zhì)精氨酸甲基化作為一種翻譯后修飾,也參與了植物開花時間的調(diào)控。我們之前的工作已經(jīng)證實在擬南芥中,AtPRMT5(protein arginine methyltransferase)、AtPRMT10、AtPRMT4a/4b以及AtHAC1(histone acetyltransferase)通過抑制FLC的表達促進開花。她所在的實驗室研究的主要方向之一是研究組蛋白修飾的重要因子在調(diào)控擬南芥開花時間中的分子機理。

    2、高等植物中small RNA的合成途徑調(diào)控機理研究

    RNA沉默在植物發(fā)育過程中的作用是基因組學研究關(guān)注的焦點。miRNA和siRNA是兩類具有調(diào)節(jié)功能的RNA小分子,在發(fā)育調(diào)控、基因組穩(wěn)定性和病毒防御方面發(fā)揮重要作用。miRNA和siRNA很相似,但其起源、形成過程不同。DICER或者DICER-LIKE (DCL)在miRNA和siRNA生物合成途徑中發(fā)揮關(guān)鍵作用,小分子RNA成熟后會整合到不同的RISC復(fù)合體(RNA-Induced Silencing Complexes)中發(fā)揮作用。

      水稻(Oryza sativa L.)作為世界上最重要的農(nóng)作物之一,是進行單子葉植物基因組學和分子生物學研究的模式物種。水稻中存在多個DCL蛋白,其功能在單雙子葉植物分化之前就已經(jīng)分化。本研究組以水稻為模式生物,重點研究水稻小分子RNA的合成途徑,期望闡釋small RNA在水稻發(fā)育過程中的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。

    她所在的研究組從水稻中鑒定了一批新的miRNA,如OsmiR528, OsmiR529和OsmiR530等;獲得了OsDCL1IROsDCL4IR兩個功能缺失突變體,證明OsDCL1OsDCL4在水稻發(fā)育過程中發(fā)揮重要作用。進一步研究發(fā)現(xiàn),OsDCL1對miRNA的累積起主要作用;OsDCL4主要負責對21nt siRNA進行加工。研究組的長期研究目標之一是以水稻為模式生物,深入研究small RNA合成途徑的分子機理和小分子RNA在水稻發(fā)育過程中的重要作用。

    發(fā)表論文

    Pedro Crevillén, Hongchun Yang, Xia Cui, Michael Greeff, Martin Trick, Qi Qiu,Xiaofeng Cao, and Caroline Dean. Epigenetic reprogramming preventing transgenerational inheritance of the vernalized state.Nature, doi:10.1038/nature13722 (2014)

    Hai Zhou, Ming Zhou, Yuanzhu Yang, Jing Li, Liya Zhu, Dagang Jiang, Jingfang Dong, Qinjian Liu, Lianfeng Gu, Lingyan Zhou, Mingji Feng, Peng Qin, Xiaochun Hu, Chengli Song, Jinfeng Shi, Xianwei Song, Erdong Ni, Xiaojin Wu, Qiyun Deng, Zhenlan Liu, Mingsheng Chen, Yao-Guang Liu,Xiaofeng Cao*, and Chuxiong Zhuang*. RNase ZprocessesUbL40mRNAs and controls thermo-sensitive genic male sterility in rice.Nature Communications, DOI:10.1038/ncomms5884 (2014)

    Lulu Wang, Xianwei Song, Liangfeng Gu, Xin Li, Shouyun Cao, Chengcai Chu, Xia Cui, Xuemei Chen andXiaofeng Cao*.NOT2proteins promote polymerase II-dependent transcription and interact with multiple miRNA biogenesis factors in Arabidopsis.ThePlant Cell, 25:2, 715-727 (2013).

    Shengben Li, Lin Liu, Xiaohong Zhuang, Yu Yu, Xigang Liu, Xia Cui, Lijuan Ji, Zhiqiang Pan,Xiaofeng Cao, Beixin Mo, Fuchun Zhang, Natasha Raikhel, Liwen Jiang, and Xuemei Chen.MicroRNAs inhibit the translation of target mRNAs on the endoplasmic reticulum inArabidopsis.Cell, 153, 562u2013574 (2013).

    Kai Shu, Huawei Zhang, Shengfu Wang, Yaorong Wu, Sanyuan Tang, Chunyan Liu,Xiaofeng Caoand Qi Xie.ABI4 regulates primary seed dormancy by regulating the biogenesis of abscisic acid and gibberellins inArabidopsis.PLoS Genetics, 9(6), e1003577 (2013).

    Jixian Zhai, Yuanyuan Zhao, Stacey A. Simon, Sheng Huang, Katherine Petsch, Siwaret Arikit, Manoj Pillay, Lijuan Ji, Meng Xie,Xiaofeng Cao, Bin Yu, Marja Timmermans, Bing Yang, Xuemei Chen and Blake C. Meyers.Plant MicroRNAs Display Differential 3u2019 Truncation and Tailing Modifications That Are ARGONAUTE1 Dependent and Conserved Across Species.ThePlant Cell, 25: 2417-2428 (2013).

    Xianwei Song, Dekai Wang, Lijia Ma, Zhiyu Chen, Pingchuan Li, Xia Cui, Chunyan Liu, Shouyun Cao, Chengcai Chu, Yuezhi Tao andXiaofeng Cao*.Rice RNA-dependent RNA polymerase 6 acts in small RNA biogenesis and spikelet development.The Plant Journal, 71:378-389 (2012).

    The EPIC Planning Committee: Fred Berger,Xiaofeng Cao, Vicki Chandler, Liz Dennis, Rob Martienssen, Blake Meyers, Craig Pikaard, Jim Peacock, Eric Richards, Doris Wagner, Detlef Weigel, Vincent Colot, Roger Deal, Caroline Dean, Joe Ecker, Mary Gehring, Zhizhong Gong, Brian Gregory, Gutierrez Rodrigo, Jose Gutierrez-Marcos, Mitsuyasu Hasebe, Il-Doo Hwang, Steven E. Jacobsen, Tetsuji Kakutani, Jiayang Li, Scott Michaels, Yoo-Sun Noh, Nick Provart, Matt Vaughn.Reading the Second Code: Mapping epigenomes to understand plant growth, development, and adaptation to the environment.The Plant Cell, 24: 2257-2261 (2012).

    院士候選

    2015年7月31日,入選中國科學院院士增選初步候選人名單。

    2015年12月7日,當選中國科學院院士。

    2016年11月,當選為發(fā)展中國家科學院院士。

    社會任職

    政協(xié)第十三屆全國委員會農(nóng)業(yè)和農(nóng)村委員會委員。

    國際植物表觀遺傳學專家委員會委員,《中國科學》副主編、Current Opinion in Plant Biology和The Plant Cell等雜志編委;先后獲得美國“杜邦青年科學家獎”和“中國青年女科學家獎”等稱號。

    時間擔任職務(wù)
    2018年3月15日中國人民政治協(xié)商會議第十三屆全國委員會農(nóng)業(yè)和農(nóng)村委員會委員
    2018年1月《National Science Review》編委
    2017年10月中國科學院留學人員聯(lián)誼會(中國科學院歐美同學會)第一屆理事會副會長?
    2017年1月《Journal of Genetics and Genomics》副主編
    2017年1月作物遺傳改良國家重點實驗室第六屆學術(shù)委員會委員
    2016年6月12日第五屆國家農(nóng)業(yè)轉(zhuǎn)基因生物安全委員會委員
    2014年1月中國植物生理與植物分子生物學學會理事
    2014年1月中國植物學會理事
    2013年1月中國植物生理與植物分子生物學學會“植物生物學女科學家分會”副主任
    2013年1月《中國科學:生命科學》副主編
    2013年1月中國科學院第五屆婦女工作委員會委員
    2011年1月—2014年12月《Biochemical Journal》編委
    2010年1月—《The Plant Cell》編委
    2010年1月—《Current Opinion in Plant Biology》編委
    2010年1月—2014年12月《植物生理學通訊》編委
    2010年1月—中國僑聯(lián)特聘專家
    2009年1月—2011年12月《Frontier in Biology》副主編
    2008年1月—中國遺傳學會“表觀遺傳委員會”副主任
    2008年1月—《Journal of Genetics and Genomics》編委
    2007年1月—2012年12月《國際遺傳學雜志》編委

    人物評價

    曹曉風積極承擔國家重大任務(wù),她長期從事植物表觀遺傳學研究,在植物DNA甲基化、組蛋白共價修飾和小分子RNA等領(lǐng)域取得諸多系統(tǒng)性、原創(chuàng)性成果。(網(wǎng)易科技評)

    曹曉風的研究成果,在指導農(nóng)作物的分子改良、雜交水稻利用等領(lǐng)域都發(fā)揮了重要作用 。(《瞭望》新聞周刊評)

    曹曉風在植物表觀遺傳學領(lǐng)域取得了一系列原創(chuàng)性成果,做出了突出貢獻,促進了植物表觀遺傳學學科的發(fā)展。(中國科學院遺傳與發(fā)育生物學研究所評)

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