在豬營養(yǎng)科學(xué)、集約豬場的建設(shè)與飼養(yǎng)管理方面有較深的研究。近年來，獲省部級獎勵兩項(xiàng)，其中現(xiàn)代集約化大群飼養(yǎng)瘦肉型豬高產(chǎn)技術(shù)研究1994年獲農(nóng)業(yè)部科技進(jìn)步二等獎；南方集約化大群飼養(yǎng)良種瘦肉型豬綜合高產(chǎn)技術(shù)研究與應(yīng)用獲自治區(qū)科技進(jìn)步三等獎、自治區(qū)1995年度重獎二等獎，1992－1997年連續(xù)6年被評為全區(qū)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)第一線推廣農(nóng)業(yè)技術(shù)成績顯著的科技人員，1990－1996年被區(qū)農(nóng)林水工會、區(qū)農(nóng)墾局授予’農(nóng)口廳局級勞動模范，獲1999年度中華農(nóng)業(yè)科教基金會神內(nèi)基金農(nóng)業(yè)推廣獎。發(fā)表的論文主要有《電腦在豬場管理上的應(yīng)用》、《噴淋降溫對母豬繁殖性能的影響》。

吳志君在國內(nèi)率先采用全封閉、空氣高效過濾系統(tǒng)及其控制技術(shù)，積極推廣集約化養(yǎng)豬新技術(shù)。永新集團(tuán)公司三期2 000頭母豬三點(diǎn)式豬場、四期1 600頭母豬場和300頭PRRS陰性種公豬站，采取三點(diǎn)式、分區(qū)、分胎次生產(chǎn)布局，在國內(nèi)率先采用水泡糞新工藝、高床產(chǎn)床和保育、全漏縫地板，大跨度鋼屋架結(jié)構(gòu)，自動輸料、自動控制飼養(yǎng)環(huán)境和水簾降溫系統(tǒng)等新技術(shù)，節(jié)約土地、勞動力，減少排污2/3。尤其是種公豬站，針對集約化養(yǎng)豬疫病的危害和傳播特點(diǎn)，在國內(nèi)率先采用全封閉、空氣高效過濾系統(tǒng)及其控制技術(shù)。該技術(shù)的推廣應(yīng)用為永新集團(tuán)公司每年可增加商品豬3萬頭以上，增收節(jié)支5 000多萬元。公司年出欄商品豬由1998年2.5萬頭，提高到15萬頭。

吳志君積極推廣優(yōu)良種豬，他從國外進(jìn)口原種豬近1 000頭，采用嚴(yán)格的種豬測定，A超、B超活體測膘，BLUP法等技術(shù)，選種選育、繁殖擴(kuò)群，現(xiàn)存欄種豬已達(dá)6 500頭。1998年至今，永新公司共向規(guī)模豬場和農(nóng)村提供種豬14萬頭，直接或間接改良種豬200萬頭。

吳志君長期致力于研究和推廣現(xiàn)代養(yǎng)豬新技術(shù)。一是實(shí)行仔豬超早期斷奶，建立健康種豬群。他從飼料配方到飼養(yǎng)管理都制定方案，培育的種豬在50、70、90公斤體重時(shí)進(jìn)行3次檢疫，確保PRRS、PRV、豬胸肺炎、萎縮性鼻炎、口蹄疫等主要傳染病均為陰性。二是采用部分清群技術(shù)，打斷傳染病傳染鏈。他應(yīng)用清群與建群、部分清群技術(shù)，每年1〜2次，打斷傳染病傳染鏈，保育豬成活率可提高2個百分點(diǎn)。三是運(yùn)用分胎次飼養(yǎng)技術(shù)和疾病控制、清除和凈化技術(shù)，豬群健康動態(tài)監(jiān)測技術(shù)等配套組裝，集成應(yīng)用，有效地清除和凈化了PRV、PRRS等多種疫病。四是豬場引入財(cái)務(wù)管理、邊際產(chǎn)量的計(jì)算方法、影響財(cái)務(wù)成績的主要因子分析等技術(shù)，并編制一些管理軟件應(yīng)用于豬場。吳志君針對生豬生產(chǎn)中存在的問題進(jìn)行科研立項(xiàng)，組織科技人員聯(lián)合攻關(guān)，強(qiáng)化了公司自主持續(xù)創(chuàng)新能力，先后主持了10多個重大研究課題。