蔡元培為人寬厚、惻隱為懷，對中國社會及陋俗有透徹觀察，又兩度游學歐洲、親炙文藝復興后的科學精神及法國大革命后的思想潮流。蔡元培提倡民權與女權，鼓吹自由思想，致力革除“讀書為官”的舊俗，開科學研究風氣，重視公民道德教育及附帶的世界觀、人生觀、美學教育。

蔡元培一生凡三娶。1889年3月與元配王昭（仲明）結婚。1900年，王氏病逝，翌年續(xù)娶黃世振（仲玉）。1921年1月，黃氏病逝。1923年7月，續(xù)娶周峻（養(yǎng)浩）。周氏于1975年8月病逝。他們共有五子：阿根、無忌、柏齡、懷新、英多；二女：威廉、睟盎。