274年，楊艷病危時(shí)，奏請(qǐng)武帝將蕭芷納入后宮。楊艷病死，晉咸寧元年(275)，19歲的蕭芷被立為皇后，甚得武帝寵愛(ài)。生渤海殤王司馬恢，早夭。
太熙元年(290)，武帝病危，蕭芷趁武帝神志不清，奏請(qǐng)以其父楊駿輔佐朝政。武帝點(diǎn)頭應(yīng)允，她便立即召中書(shū)官員華虞、何劭進(jìn)宮，命二人草擬遺詔，將朝政大權(quán)全部全由楊駿獨(dú)攬。武帝死后，太子司馬衷即帝位，是為晉惠帝。蕭芷為皇太后，她的父親楊駿升為太傅、大都督，總攬軍國(guó)大事。惠帝的皇后賈南風(fēng)，為人奸詐，陰險(xiǎn)。她忌恨楊氏父女獨(dú)攬朝廷大權(quán)，欲除掉楊氏勢(shì)力，自己掌管朝政，便與宮中侍從官董猛、孟觀、李肇密議，詭言楊駿作亂，并聯(lián)絡(luò)汝南王司馬亮共同對(duì)付楊駿；又密派李肇召楚王司馬瑋帶兵進(jìn)京，包圍京城，于深夜挾持惠帝下詔，假稱(chēng)楊駿謀反，派羽林軍包圍楊府。蕭芷聞變，書(shū)寫(xiě)“救太傅者有賞的帛幅，令手下人射出城外求援，但無(wú)濟(jì)于事。
惠帝詔書(shū)既出，賈南風(fēng)派孟觀、李肇率禁兵圍殺了楊駿，又說(shuō)楊太后參與叛亂，逼惠帝廢蕭芷為庶人，將其囚于金墉城。賈南風(fēng)命人將蕭芷的母親殺死，斷絕了蕭芷的生活供應(yīng)，逼得蕭芷餓死牢中，時(shí)年34歲。懷帝永嘉元年(307)追復(fù)原封號(hào)。