1793年2月，威廉·巴加加入英國(guó)海軍，在獵戶座號(hào)戰(zhàn)艦上服務(wù)，身份是船長(zhǎng)約翰·托馬斯·達(dá)克沃斯（John Thomas Duckworth）的仆從。獵戶座號(hào)當(dāng)時(shí)屬于豪勛爵（Lord Howe）指揮下的海峽艦隊(duì)，參加過(guò)“光榮的六月一日”海戰(zhàn)。后來(lái)達(dá)克沃斯被調(diào)到利維坦號(hào)，進(jìn)駐西印度，巴加也跟隨前往，并被達(dá)克沃斯任命為護(hù)衛(wèi)艦馬格西尼（Magicienne）號(hào)上的代理中尉。1798年5月，他被派往海德·巴加（Hyde Parker）的旗艦女王號(hào)，后于次年5月1日擔(dān)任窩拉疑號(hào)的代理船長(zhǎng)，在墨西哥灣和古巴沿岸進(jìn)行了幾個(gè)月的巡航。

1800年巴加返回英格蘭，并參與封鎖布雷斯特港近一年。1801年10月他晉升為上校，11月就任納爾遜所屬艦隊(duì)中亞馬遜號(hào)戰(zhàn)艦的指揮官，此后擔(dān)任該職位將近11年。后一度隨艦隊(duì)前往西印度，特拉法加海戰(zhàn)時(shí)亞馬遜號(hào)在西方巡航，未能趕來(lái)參戰(zhàn)。后來(lái)亞馬遜號(hào)劃歸約翰·博萊斯·瓦倫（John Borlase Warren）的分艦隊(duì)，在1806年3月13日的行動(dòng)中配合其他部隊(duì)俘獲了法艦馬倫戈（Marengo）號(hào)和貝莉·博爾（Belle Poule）號(hào)。此后一直到1812年1月退役之前，亞馬遜號(hào)大多數(shù)時(shí)候都在巴加的指揮下，活動(dòng)于西班牙、葡萄牙沿岸。

離開(kāi)亞馬遜號(hào)的巴加買下了利奇菲爾德（Lichfield）附近的申斯通小屋（Shenstone Lodge），居住了將近15年。然而在1827年，他重返大海，成為戰(zhàn)艦厭戰(zhàn)號(hào)（HMS Warspite）的船長(zhǎng)，還在1828年擔(dān)任希臘外海上的高級(jí)長(zhǎng)官，當(dāng)年12月就任皇家游艇的船長(zhǎng)。1830年7月22日晉升為海軍少將，1831年4月就任海峽艦隊(duì)的副司令，居于愛(ài)德華·科德林頓（Edward Codrington）之下。9月，他乘坐亞洲號(hào)戰(zhàn)艦，率一支獨(dú)立分艦隊(duì)前往塔霍河，以在葡萄牙內(nèi)戰(zhàn)中保護(hù)英國(guó)的權(quán)益�；貒�(guó)后巴加在海軍部任職，1841年，他離開(kāi)海軍部，前往東印度&中國(guó)艦隊(duì)（East Indies and China Station）上任。8月10日，巴加抵達(dá)香港就任英軍艦隊(duì)司令，同年11月晉升為海軍中將，他率英軍先后攻占廈門、寧波、吳淞、上海和鎮(zhèn)江，于1842年7月21日切斷大運(yùn)河航道。