元軍曾于十三世紀侵日，被神風所阻。日本遂與中國斷交。至元大德三年（1299）年，元成宗為與日本修好，派遣一寧等為使者，出使日本。受日本天皇后宇多隆重歡迎，一寧向天皇遞交了元成宗的詔書。

后宇多天皇對一寧十分尊敬，將一寧留下任鐮倉建長寺的主持。一寧便留在日本弘揚佛法。一寧在鐮倉，京都等地廣揚禪風，門下精英輩出。所創(chuàng)的法系成為日本禪宗的「二十四流派」之一。

公元1317年，一寧在日本京都南禪寺圓寂。日本天皇尊為國師。他的塔祠至今仍存于日本京都南禪寺。