曾為閻錫山看病，令閻欽服之至，遂對其刮目相看，并委任他為山西省文化建設(shè)委員會總干事。閻錫山在中原大戰(zhàn)中失敗，通電下野后，曾秘請靳瑞萱到大連做醫(yī)生和翻譯，后遂成莫逆之交。民國21年（1932）閻錫山復(fù)出，將山西醫(yī)專改名為私立山西川至醫(yī)學(xué)專科學(xué)校（山西醫(yī)科大學(xué)之前身），任命靳瑞萱為校長和附屬醫(yī)院院長，并兼任綏遠禁煙督辦。靳瑞萱在任校長期間，放眼世界，積極推行教學(xué)改革，使川至醫(yī)專成為山西近代醫(yī)學(xué)的搖籃，產(chǎn)生了巨大的社會效益。同時還創(chuàng)辦了山西第一所女子產(chǎn)科學(xué)�！�—川至醫(yī)學(xué)�？茖W(xué)校附設(shè)女子產(chǎn)科學(xué)校，開辟山西省婦幼保健事業(yè)的先河�？谷諔�(zhàn)爭爆發(fā)后，靳瑞萱離開川至醫(yī)專，隨閻錫山四處漂泊。1948年應(yīng)閻錫山之邀赴南京，后轉(zhuǎn)臺灣。1951年返回大陸，在上海一所醫(yī)學(xué)院任副院長。1957年被劃為“右派”，因其歷史問題被判刑10年，并送皖進行改造。1975年出獄。1978年政府為其平反昭雪。1983年在武漢逝世，終年89歲。
靳瑞萱是山西近代醫(yī)學(xué)的奠基人。對山西醫(yī)學(xué)的發(fā)展功不可沒。他在日本期間，娶日人橫井綾子為妻，生二子書林、書春，今皆歿世。