正德六年(1511年)出生。嘉靖二十九年(1550年)進士，授浙江嘉興府秀水知縣。秀水縣遭受倭寇進犯，民不聊生，應顯上任后，即與知府劉愨共商守御策略，編練守城軍隊，給足糧餉，整配兵器。他每日都到城上慰撫士卒，親自巡夜，嚴防倭寇進攻。城外成千上萬的百姓要入城避難，監(jiān)司不開城門放入，而用繩縋入城。王應顯說：“用繩一個個縋入城，太過緩慢。假若敵人突然襲擊，城下百姓就被殺光了。”于是大膽地假傳命令，開城門放避難百姓進城，百姓剛全部進城，倭寇即迫近縣城，百姓齊聲稱謝應顯救命之恩，監(jiān)司和知府也贊其遇事果斷，能通權達變。不久，升戶部主事，歷任陜西、山東清吏司主事，江西清吏司署員外郎，榷稅九江。九江關稅是肥缺，應顯潔已奉公，剩余錢財歸入國庫。擢浙江杭嚴道兵備僉事，遷湖廣參議，分守襄陽道，適遇饑荒，應顯急忙發(fā)糧賑濟饑民，救活幾萬人。

此后，王應顯歷升云南清軍驛傳道副使、云南整飭臨安參政、云南按察使等職，判明冤獄，芟除參加叛亂者，政績顯著。擢浙江布政使，他厲行節(jié)儉，嚴格控制開支，廉譽遠播，政績豐偉，朝廷內外官員都推重他。萬歷五年(1577年)，遷太常寺卿。九月，張居正父親亡故，理應辭官服喪，但朝中大臣討好張居正，聯名疏請“奪情”留朝任職，王應顯拒絕簽名，他說：“綱常重事，萬代所瞻。豈宜阿順，以固寵祿”。對此，張居正懷嫌在心，尋機把王應顯罷官。王應顯出身貧寒家庭，當官后，保持艱苦節(jié)儉的本色，在秀水縣時，縣治后花園有桃樹，每當桃樹結子時，常采桃腌鹽水來佐飯。歸家后，屋瓦被風吹翻，親自提畚箕上屋頂拾瓦。家居20多年，閉門謝客，常與村中年老的親朋敘談兒時舊事，飲酒相互慰勞，盡歡而散。萬歷七年(1579年)，參與編修《漳浦縣志》。萬歷三十一年(1603年)卒于家，享壽92歲，欽賜祭葬。

《長泰令方侯去思碑》、《重修鎮(zhèn)海衛(wèi)署碑記》傳世。