正光五年（524年）十一月，莫折天生攻陷岐州，元仲冏的伯父京兆王元繼統(tǒng)帥諸軍討伐，朝廷授予元仲冏使持節(jié)、代理平西將軍，以本官為散騎常侍西□別將，跟隨元繼出征，還未出兵時(shí)，涇陽(yáng)又遭到攻擊，元仲冏因此被任命為使持節(jié)、都督?jīng)苤葜T軍事、右將軍、涇州刺史，后又被授予平西將軍、銀青光祿大夫、代理安西將軍、使持節(jié)為征討都督，莫折天生被擊敗后北逃。朝廷認(rèn)為秦川地區(qū)民心未定，因此授予元仲冏使持節(jié)、都督秦州諸軍事、本將軍、秦州刺史、假鎮(zhèn)西將軍都督。孝昌三年（527年）正月，北魏由于兵將疲憊，蕭寶夤和元恒芝在涇州大敗，大隴都督元仲冏和小隴都督高聿接連退散。蕭寶黃陰謀反叛北魏，元仲冏和封偉伯察覺(jué)到之后暗中與關(guān)中豪強(qiáng)韋子粲等人商量起兵討伐他，計(jì)劃敗露，孝昌三年十月廿日（527年11月28日），元仲冏在長(zhǎng)安的公館中被蕭寶黃派人殺死，虛歲三十八。朝廷得知后，贈(zèng)予元仲冏使持節(jié)、衛(wèi)大將軍、尚書(shū)右仆射、都督雍岐南豳三州諸軍事、雍州刺史，增加封邑三百戶(hù)，謚號(hào)武貞，武泰元年歲次戊申三月戊午朔十六日癸酉（528年4月20日）歸葬于景陵?yáng)|山南面。元仲冏的墓志名為《魏故使持節(jié)散騎常侍衛(wèi)大將軍尚書(shū)右仆射都督雍岐南豳三州諸軍事雍州刺史南平王墓志銘》，1928年農(nóng)歷6月于洛陽(yáng)城北四公里盤(pán)龍冢村東南地出土，蓋已失沒(méi)，志石現(xiàn)存開(kāi)封市博物館碑廊。