1926年國(guó)民政府組建國(guó)民革命軍，黃公柱任國(guó)民革命軍第六軍（軍長(zhǎng)程潛）副官長(zhǎng)兼軍法官。1928年6月8 日任軍事委員會(huì)軍政廳軍械處少將處長(zhǎng)，軍備廳中將廳長(zhǎng)。1933年任寧波警備司令。1935年10月任湖北第八區(qū)行政督察專員兼保安司令。

1936年3月，國(guó)民政府公布《行政督察專員公署組織暫行條例》，廣東裁撤綏靖區(qū)，劃分為9個(gè)行政督察區(qū)，1936年10月派任各區(qū)第一批行政督察專員。黃公柱回到廣東，于10月3日任廣東第四區(qū)第一任行政督察專員、少將保安司令兼惠陽(yáng)縣縣長(zhǎng)。期間，向各界人士籌募現(xiàn)金萬(wàn)多元，主持籌建惠州“中山紀(jì)念堂”；組建“惠州西湖整理委員會(huì)”，任委員，參與建設(shè)西湖。

1937年9月，丘譽(yù)接任廣東第四區(qū)行政督察專員、保安司令。黃公柱離開廣東，改任軍事參議院參議。1939年2月至1945年7月，任重慶抗日游擊總司令部中將總司令。著有《歐美考察記》。

黃公柱是秋瑾烈士的女婿。1932年經(jīng)人介紹，與秋瑾之女王燦芝結(jié)婚。