1970年，16歲的馬瑤瑤進(jìn)入蘇州市文工團(tuán)（現(xiàn)蘇州歌舞團(tuán)前身），成為一名專職的芭蕾舞演員，后被昆曲行家顧篤璜發(fā)現(xiàn)，將她調(diào)進(jìn)了蘇州昆劇團(tuán)。進(jìn)入蘇州昆劇團(tuán)的馬瑤瑤受到了劇團(tuán)的極大重視，顧篤璜還專門請了沈傳芷、姚傳薌兩位“傳”字輩老先生來教她。在資深老師精心栽培下，馬瑤瑤的昆曲表演技藝提高得很快。馬瑤瑤的愛人于1985年去了香港，因放不下對昆曲的熱愛，她沒有立即離開。直到1989年，她選擇放棄昆劇舞臺，追隨丈夫去了香港，并在7年后移居美國。2001年5月18日，昆曲被聯(lián)合國教科文組織列入“人類口述與非物質(zhì)文化遺產(chǎn)代表作”。馬瑤瑤在洛杉磯第一時間得到這一喜訊后，尋思輾轉(zhuǎn)，竟一夜無眠。從此她融入了華人社會，參與了“美西昆劇社”的活動。為劇社成員免費教授昆曲藝術(shù)。

1983年，馬瑤瑤在江蘇省蘇昆劇《牡丹亭》上集中主演杜麗娘。

2011年6月19日，馬瑤瑤主演顧篤璜執(zhí)導(dǎo)的青松版昆劇《牡丹亭》，在劇中扮演杜麗娘。