1921年磯永吉與當(dāng)時(shí)的臺北廳農(nóng)務(wù)主任平澤龜一郎、以及技師鈴田巖等人在今天陽明山的竹子湖一帶找到一塊地(今陽明山湖田里)，試圖把屬于日本梗稻品種之一的“中村稻”引進(jìn)臺灣。鑒于竹子湖一帶海拔有650多公尺，氣候潮濕且溫度較涼，比較類似日本九州的風(fēng)土，更重要的是擁有充沛的地下水源，這是種植水稻所不可多得的好環(huán)境，因此便把原種田選在竹子湖一帶。然而，在地的農(nóng)民對于梗稻的試種栽培，起初并不愿配合，在警察的強(qiáng)力宣導(dǎo)下，農(nóng)民才勉強(qiáng)接受。

把臺灣的在來米與日本的米種經(jīng)過重復(fù)交配之后，1925年終于成功改良了臺灣在來的米糧品種，暫稱為“臺中65號”，并在翌年的改良米競賽中獲得優(yōu)勝。為了與日本的本土米種有所區(qū)隔，磯永吉乃以“新臺稻”、“新高稻”、以及“蓬萊稻”等名稱提供總督作為命名上的參考。當(dāng)時(shí)的總督伊澤多喜男以臺灣是“蓬萊仙島”為由，而稱梗稻的臺灣新作種為“蓬萊稻”，也就是臺灣社會耳熟能響的“蓬萊米”。蓬萊米除了口感上受到消費(fèi)者青睞之外，在產(chǎn)量上比在來米多出20%，價(jià)格也比在來米高出5～10%，而逐漸受到農(nóng)民的歡迎，蓬萊米的耕種面積乃日漸擴(kuò)大開來。雖然臺灣的蓬萊米在日本打響了名號，搶占本土市場，但也間接促使日本農(nóng)村失業(yè)問題雪上加霜。

1928年磯永吉以在外研究員的身分赴歐美留學(xué)，并獲取農(nóng)學(xué)博士學(xué)位。1930年以中央研究所種藝科長與臺北帝國大學(xué)理農(nóng)學(xué)部教授等雙重身分，繼續(xù)專注于熱帶農(nóng)業(yè)栽培的研究與教學(xué)。即使在戰(zhàn)后，磯永吉也是少數(shù)能繼續(xù)滯留在臺灣而未被遣返的日本人，臺灣的國民黨政府聘請他為臺灣省政府農(nóng)林廳的技術(shù)顧問，直到1956年退休為止。臺灣政府為感謝他對臺灣農(nóng)業(yè)無可替代的貢獻(xiàn)，由臺灣省議會動議每年寄送蓬萊米一千兩百公斤到日本芝浦，直到過世為止。

磯永吉一生致力于臺灣的農(nóng)業(yè)研究，除了有研究著作73篇之外，其他還有課堂講義、個(gè)人手稿、研究資料等3,000馀。

臺灣的書籍《影響臺灣50人》（圓神出版社，2002年），“給臺灣帶來了影響的50人”和明治天皇，后藤新平，八田與一等一起被選中