1938年畢業(yè)于國立上海醫(yī)學(xué)院。

1940年任中國紅十字會第一醫(yī)院醫(yī)師。

1943年來廣西省立醫(yī)學(xué)院工作，歷任講師、主治醫(yī)師、附院主任、副教授等職。

1947年公費派送美國哈佛大學(xué)醫(yī)學(xué)院內(nèi)科進修班學(xué)習(xí)，1949年回國。研修期間在善后救濟總署廣西分署難民醫(yī)院、中國人民解放軍49醫(yī)院任內(nèi)科主任，1949年回國。

1950年復(fù)來廣西省醫(yī)學(xué)院任內(nèi)科教授。先后擔(dān)任院務(wù)委員會副主任委員，副院長，院革命委員會副主任，院長，黨委副書記，咨詢委員會主任，廣西腫瘤研究所名譽所長等職。并曾當(dāng)選為中共十大代表，廣西壯族自治區(qū)第四次黨代表大會代表，自治區(qū)黨委委員，廣西壯族自治區(qū)第五、六屆人大代表、人大常委會副主任。自治區(qū)第一、二、三屆政協(xié)委員。1956年加入中國共產(chǎn)黨。先后赴東德、波蘭、捷克、蘇聯(lián)及越南訪問，并多次參加意大利、美國、日本等國召開的國際學(xué)術(shù)會議。

1979年獲全國勞動模范的稱號。并擔(dān)任廣西壯族自治區(qū)科協(xié)主席及名譽主席。獲得國家教委頒發(fā)的“從事高�？萍脊ぷ魉氖�年，成績顯著，予以表彰”的榮譽證書。

1990年12月退休。

長期從事肝癌研究，發(fā)現(xiàn)中國第一個肝癌高發(fā)區(qū)。

20世紀(jì)60年代，腫瘤學(xué)專家葉馥蓀教授在廣西扶綏縣建立起中國第一個肝癌高發(fā)現(xiàn)場防治點，對肝癌進行了一系列研究，首先論證了肝癌病因的三大危險因素中的兩大因素，為學(xué)校的腫瘤學(xué)科發(fā)展成為全國重點（培育）學(xué)科奠定了堅實的基礎(chǔ)。

《廣西某縣原發(fā)性肝癌的發(fā)病率及流行因素初步探討》（《天津醫(yī)學(xué)雜志》，1965年第5期）

《廣西肝癌建國以來防治研究進展》（《廣西醫(yī)學(xué)雜志》，1984年第5期）

葉馥蓀、莫志純等教授在美國《cancerresearch》雜志發(fā)表的論文《乙型肝炎病毒感染和黃曲霉毒素與肝癌關(guān)系的隊列研究”》，至今被引用204次，在全國名列前茅。

《廣西肝細(xì)胞癌的流行病學(xué)及發(fā)病學(xué)研究》（1984年日本《肝臟》第2卷，7號）

《中國原發(fā)性肝癌流行病學(xué)與早期診斷的研究》（1986年美國《癌癥研究的進展》47卷297—327頁）

1954年廣西醫(yī)學(xué)院從桂林遷來南寧，葉馥蓀等醫(yī)務(wù)人員注意到本地區(qū)肝癌患者較多，遂下定決心要探索攻克肝癌的辦法。1961年，他組織和率領(lǐng)肝病調(diào)查隊，深入到廣西肝癌病人最多的扶綏縣、貴縣等地進行調(diào)查研究。1964年明確了扶綏縣肝癌、肝硬化發(fā)病率特別高，是中國肝癌高發(fā)區(qū)，也是世界上肝癌高發(fā)區(qū)之一。調(diào)查中首先注意到廣西肝癌與玉米為主要口糧有關(guān)，肝病高發(fā)和飲水污染也有一定的聯(lián)系。他又注意到國外學(xué)者關(guān)于霉變糧食能引起動物肝病和肝癌的報道。他和助手們下鄉(xiāng)進行糧食發(fā)霉情況的檢測，用發(fā)霉糧食作大鼠誘癌試驗。12個月誘發(fā)了肝癌。初步揭示了黃曲霉素可能是肝癌高發(fā)區(qū)主要致癌的原因。由于“文化大革命”的沖擊，研究工作暫停。他恢復(fù)工作后，又組織調(diào)查小組到扶綏縣及周圍縣的鄉(xiāng)鎮(zhèn)檢查肝癌、肝病的發(fā)病，糧食污染黃曲霉素的情況，查地理、氣候、水源。通過對數(shù)萬人次的調(diào)查，千萬份糧食和血標(biāo)本的檢測，大量數(shù)據(jù)處理分析，明確了肝癌高發(fā)與口糧污染黃曲霉毒素程度、肝病背景和飲用不潔塘水密切相關(guān)。進一步論證了肝癌的三大危險因素：黃曲霉毒素、乙型肝炎感染和飲用水污染。

1969年，全國腫瘤會議期間，《天津醫(yī)學(xué)雜志》發(fā)表了葉馥蓀等撰寫的《廣西某縣原發(fā)性肝癌的發(fā)病率及流行因素初步探討》論文，并展出了廣西實驗動物誘癌成功的圖片。1978年獲全國科學(xué)大會科研成果獎。1973年，他在意大利，1981年至1984年在日本、美國召開的國際腫瘤會議上宣讀《廣西肝細(xì)胞癌的流行病學(xué)及發(fā)病學(xué)研究》《中國原發(fā)性肝癌的流行病學(xué)及早期診斷的研究》等論文，深受國外學(xué)者、專家注意，并在《肝臟》（日）《癌癥研究的進展》（美）等雜志上發(fā)表。1982年，美國洛杉磯南加州大學(xué)醫(yī)學(xué)院亨德森教授主動與葉馥蓀聯(lián)系，并簽訂了《肝癌與鼻咽癌流行病學(xué)研究》的協(xié)議，由美方提供13萬美元的研究經(jīng)費，雙方進行合作研究。

1981年他承擔(dān)的“六五”國家攻關(guān)項目，“肝癌預(yù)防措施——黃曲霉毒素在肝癌病因的作用及阻斷研究”，1987年獲廣西壯族自治區(qū)科技進步二等獎。

葉馥蓀對肝癌的預(yù)防及有關(guān)治療、預(yù)防肝癌的組織建設(shè)和人體培養(yǎng)也很重視。廣西壯族自治區(qū)政府采納他的意見，成立了扶綏縣肝癌防治研究所。并通過傳、幫、帶及舉辦各級學(xué)習(xí)班，培養(yǎng)了一批肝癌科研骨干及大批基層調(diào)研及防治隊伍。院內(nèi)的腫瘤研究小組，也發(fā)展到約有400人編制的廣西腫瘤防治研究所。

中華醫(yī)學(xué)會全國理事會理事（1980—1985年）

中華內(nèi)科學(xué)會全國委員會委員（1982—1986年）

中國科協(xié)會全國委員會委員（1982—1986年）

自治區(qū)科協(xié)會主席、名譽主席（1982—1986年）

中國抗癌協(xié)會副理事長、名譽副理事長（1984—1988年）。

中共十大代表；

廣西壯族自治區(qū)第五、六屆人大常委會副主任；

1978年獲全國科學(xué)大會先進工作者稱號；

1979年獲全國勞動模范稱號；

黃曲霉毒素、乙型肝病感染等因素對肝癌相互作用的流行病學(xué)（參加），1987年獲“六五”全國攻關(guān)課題自治區(qū)科委二等獎。